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万見
- PDB-2hd0: Structure of the catalytic domain of hepatitis C virus NS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hd0
タイトルStructure of the catalytic domain of hepatitis C virus NS2
要素Protease NS2-3 (p23)
キーワードHYDROLASE / Cysteine Protease / Dimer / Composite Active Site
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet ...positive regulation of hexokinase activity / modulation by virus of host cellular process / translocation of peptides or proteins into host cell cytoplasm / Toll-like receptor 2 binding / viral capsid assembly / adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / TBC/RABGAPs / hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / positive regulation of cytokinesis / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / negative regulation of protein secretion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / kinase binding / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Monooxygenase / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 ...Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Monooxygenase / : / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / SH3 type barrels. / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Roll / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.28 Å
データ登録者Lorenz, I.C. / Rice, C.M. / Marcotrigiano, J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2006
タイトル: Structure of the catalytic domain of the hepatitis C virus NS2-3 protease.
著者: Lorenz, I.C. / Marcotrigiano, J. / Dentzer, T.G. / Rice, C.M.
履歴
登録2006年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease NS2-3 (p23)
B: Protease NS2-3 (p23)
C: Protease NS2-3 (p23)
D: Protease NS2-3 (p23)
E: Protease NS2-3 (p23)
F: Protease NS2-3 (p23)
G: Protease NS2-3 (p23)
H: Protease NS2-3 (p23)
I: Protease NS2-3 (p23)
J: Protease NS2-3 (p23)
K: Protease NS2-3 (p23)
L: Protease NS2-3 (p23)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,81524
ポリマ－167,11612
非ポリマー3,69912
水3,171176
1
A: Protease NS2-3 (p23)
B: Protease NS2-3 (p23)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0226
ポリマ－27,8532
非ポリマー1,1694
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area12830 Å2
手法PISA
2
C: Protease NS2-3 (p23)
D: Protease NS2-3 (p23)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1453
ポリマ－27,8532
非ポリマー2921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4420 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13910 Å2
手法PISA
3
E: Protease NS2-3 (p23)
F: Protease NS2-3 (p23)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4374
ポリマ－27,8532
非ポリマー5852
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
4
G: Protease NS2-3 (p23)
H: Protease NS2-3 (p23)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1453
ポリマ－27,8532
非ポリマー2921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area14610 Å2
手法PISA
5
I: Protease NS2-3 (p23)
J: Protease NS2-3 (p23)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9205
ポリマ－27,8532
非ポリマー1,0673
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
6
K: Protease NS2-3 (p23)
L: Protease NS2-3 (p23)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1453
ポリマ－27,8532
非ポリマー2921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4820 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area12920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.812, 68.819, 125.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protease NS2-3 (p23)


分子量: 13926.373 Da / 分子数: 12 / 断片: protease domain of NS2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hepatitis C virus (ウイルス) / 属: Hepacivirus / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P27958, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 糖 ChemComp-DMU / DECYL-BETA-D-MALTOPYRANOSIDE / DECYLMALTOSIDE / デシルβ-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 482.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5 0.8 M Ammonium Acetate 0.25 M Lithium Chloride 12% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
3931
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X9A10.97927
シンクロトロンNSLS X9A20.97939
シンクロトロンNSLS X29A31.1
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2004年11月18日
MAR CCD 165 mm2CCD2004年11月18日
ADSC QUANTUM 3153CCD2005年3月2日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111MADMx-ray1
2Si 111MADMx-ray1
3Si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979271
20.979391
31.11
反射解像度: 2.28→30 Å / Num. obs: 75215 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.28→2.36 Å / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.175 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.28→30 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.268 7521 RANDOM
Rwork0.226 --
all-82381 -
obs-75215 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.28→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11501 0 253 176 11930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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