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万見
- PDB-2hcz: Crystal structure of EXPB1 (Zea m 1), a beta-expansin and group-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hcz
タイトルCrystal structure of EXPB1 (Zea m 1), a beta-expansin and group-1 pollen allergen from maize
要素Beta-expansin 1a
キーワードALLERGEN / Domain 1 is a beta barrel and Domain 2 is a immunoglobulin like beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type cell wall organization or biogenesis / plant-type cell wall loosening / sexual reproduction / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Major pollen allergen Lol pI / Expansin/Lol pI / Rare lipoprotein A (RlpA)-like double-psi beta-barrel / Expansin, Cellulose-binding-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin/pollen allergen, DPBB domain / Expansin, family-45 endoglucanase-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain ...Major pollen allergen Lol pI / Expansin/Lol pI / Rare lipoprotein A (RlpA)-like double-psi beta-barrel / Expansin, Cellulose-binding-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / Expansin C-terminal domain / Expansin/pollen allergen, DPBB domain / Expansin, family-45 endoglucanase-like domain profile. / Expansin, cellulose-binding-like domain / RlpA-like protein, double-psi beta-barrel domain / Lytic transglycolase / Expansin, cellulose-binding-like domain superfamily / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Yennawar, N.H. / Cosgrove, D.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Crystal structure and activities of EXPB1 (Zea m 1), a beta-expansin and group-1 pollen allergen from maize.
著者: Yennawar, N.H. / Li, L.C. / Dudzinski, D.M. / Tabuchi, A. / Cosgrove, D.J.
履歴
登録2006年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Beta-expansin 1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1232
ポリマ－26,9341
非ポリマー1,1891
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.408, 44.512, 69.467
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 124.640, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Beta-expansin 1a / Pollen allergen Zea m 1 / Zea m I


分子量: 26934.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Zea mays (トウモロコシ) / 組織: pollen / 参照: UniProt: P58738
#2: 多糖 alpha-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D- ...alpha-D-xylopyranose-(1-2)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1189.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DXylpa1-2[DManpa1-3][DManpa1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[DFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/4,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5][a212h-1a_1-5]/1-2-1-3-4-3-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1_d2-e1_d3-f1_d6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Xylp]{}[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 15% PEG 4000, 50mM Sodium Acetate and 0.1M Ammonium Sulphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月1日 / 詳細: Graphite
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→100 Å / Num. all: 7531 / Num. obs: 7013 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 0.958 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.402 / Num. unique all: 705 / Χ2: 0.212 / % possible all: 96.6

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位相決定

Phasing MRRfactor: 0.514 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.478 / Cor.coef. Io to Ic: 0.263
最高解像度最低解像度
Rotation2.75 Å56.796 Å
Translation2.75 Å56.796 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 6886
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.45-10046.50.734503
5.08-6.4545.20.747501
4.47-5.0837.40.807503
4.09-4.4734.40.832507
3.81-4.0937.90.796501
3.6-3.8131.30.827502
3.43-3.634.10.822503
3.29-3.4338.90.816501
3.16-3.2937.90.8504
3.06-3.1637.60.775507
2.96-3.0640.20.761504
2.88-2.9647.30.768509
2.75-2.8847.50.745841

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
直接法4.1位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N10

1n10


解像度: 2.75→29.63 Å / FOM work R set: 0.699 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29 367 4.8 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.233 7531 --
obs0.233 7007 92.1 %-
溶媒の処理Bsol: 46.183 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 56.865 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.64 Å20 Å2-1.449 Å2
2---4.798 Å20 Å2
3---6.439 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→29.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1872 0 80 17 1969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
2.75-2.870.545410.42780821
2.87-3.030.378500.368860910
3.03-3.220.397470.331850897
3.22-3.460.33560.262836892
3.46-3.810.322400.213860900
3.81-4.360.245390.216856895
4.36-5.480.205550.16779834
5.48-250.274380.192813851
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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