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- PDB-2hbb: Crystal Structure of the N-terminal Domain of Ribosomal Protein L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hbb
タイトルCrystal Structure of the N-terminal Domain of Ribosomal Protein L9 (NTL9)
要素50S ribosomal protein L9
キーワードRNA BINDING PROTEIN / L9 / ribosomal protein / NTL9
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal ...Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal Protein L9; domain 1 / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL9
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Cho, J.-H. / Kim, E.Y. / Schindelin, H. / Raleigh, D.P.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Energetically significant networks of coupled interactions within an unfolded protein.
著者: Cho, J.H. / Meng, W. / Sato, S. / Kim, E.Y. / Schindelin, H. / Raleigh, D.P.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Interpretation of p-cyanophenylalanine fluorescence in proteins in terms of solvent exposure and contribution of side-chain quenchers: a combined fluorescence, IR and molecular dynamics study.
著者: Taskent-Sezgin, H. / Chung, J. / Patsalo, V. / Miyake-Stoner, S.J. / Miller, A.M. / Brewer, S.H. / Mehl, R.A. / Green, D.F. / Raleigh, D.P. / Carrico, I.
履歴
登録2006年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32013年10月23日Group: Database references
改定 1.42014年8月13日Group: Database references
改定 1.52014年9月24日Group: Database references
改定 1.62017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.72024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8215
ポリマ－5,5601
非ポリマー2624
水93752
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子

A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,64210
ポリマ－11,1192
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-195 kcal/mol
Surface area5930 Å2
手法PISA, PQS
3
A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子

A: 50S ribosomal protein L9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,64210
ポリマ－11,1192
非ポリマー5238
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area610 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area7240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.918, 53.918, 36.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-135-

HOH

21A-152-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L9 / BL17


分子量: 5559.564 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
遺伝子: rplI / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02417
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10 mM Imidazole (pH 8.0), 200 mM Zn Acetate, 2.5 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
1,21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月2日
放射
IDプロトコル散乱光タイプWavelength-ID
1Single wavelenthx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 4752 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.112 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Num. unique all: 406 / Χ2: 1.066 / % possible all: 85.8

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.586 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.267
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å38.13 Å
Translation3.5 Å38.13 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.56 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 202 4.5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.199 ---
obs0.199 4526 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.226 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数390 0 4 52 446
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.989523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.636550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.27527.33315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.2581583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3940.228
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.060.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2050.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3530.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0810.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1511.5255
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9152393
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.293150
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.7974.5130
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 11 -
Rwork0.217 307 -
obs-318 99.07 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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