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- PDB-2hb9: Crystal Structure of the Zinc-Beta-Lactamase L1 from Stenotrophom... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hb9
タイトルCrystal Structure of the Zinc-Beta-Lactamase L1 from Stenotrophomonas Maltophilia (Inhibitor 3)
要素Metallo-beta-lactamase L1
キーワードHYDROLASE / METALLO / ZN / LACTAMASE
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamases class B signature 1. / Beta-lactamase, class-B, conserved site / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L13 / Metallo-beta-lactamase L1 type 3
類似検索 - 構成要素
生物種Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Nauton, L. / Garau, G. / Kahn, R. / Dideberg, O.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural insights into the design of inhibitors for the L1 metallo-beta-lactamase from Stenotrophomonas maltophilia.
著者: Nauton, L. / Kahn, R. / Garau, G. / Hernandez, J.F. / Dideberg, O.
#1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2004
タイトル: Update of the Standard Numbering Scheme for Class B Beta-Lactamases
著者: Garau, G. / Garcia-Saez, I. / Bebrone, C. / Anne, C. / Mercuri, P. / Galleni, M. / Frere, J.-M. / Dideberg, O.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1995
タイトル: The 3-D Structure of a Zinc Metallo-Beta-Lactamase from Bacillus Cereus Reveals a New Type of Protein Fold
著者: Carfi, A. / Pares, S. / Duee, E. / Galleni, M. / Duez, C. / Frere, J.-M. / Dideberg, O.
履歴
登録2006年6月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999 SEQUENCE THE RESIDUE NUMBERING OF THE COORDINATES IS NON-SEQUENTIAL. MANY NUMBERS WERE SIMPLY ... SEQUENCE THE RESIDUE NUMBERING OF THE COORDINATES IS NON-SEQUENTIAL. MANY NUMBERS WERE SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING AND HAVE NOTHING TO DO WITH LACK OF ELECTRON DENSITY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4767
ポリマ－28,7401
非ポリマー7356
水3,927218
1
A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子

A: Metallo-beta-lactamase L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,90428
ポリマ－114,9624
非ポリマー2,94224
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/31
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/31
Buried area16190 Å2
ΔGint-451 kcal/mol
Surface area37820 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.090, 104.090, 98.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-589-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase L1 / Beta-lactamase type II / Penicillinase


分子量: 28740.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Stenotrophomonas maltophilia (バクテリア)
株: IID 1275 / 細胞内の位置: PERIPLASM / 遺伝子: L1 / プラスミド: PET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) PLYSS / 参照: UniProt: P52700, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-L13 / 4-AMINO-5-(2-METHYLPHENYL)-2,4-DIHYDRO-3H-1,2,4-TRIAZOLE-3-THIONE / 4-アミノ-5-(2-メチルフェニル)-4H-1,2,4-トリアゾ-ル-3-チオ-ル


分子量: 206.267 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H10N4S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.75
詳細: 1.8M AMMONIUM SULFATE, 0.1M HEPES PH 7.75, 1.5% V/V PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 281K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.51 Å / Num. all: 31993 / Num. obs: 31993 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.054 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.381 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.287 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
CCP4モデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1SML

1sml


解像度: 1.75→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 1.747 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.093 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1912 1623 5.1 %RANDOM
Rwork0.1697 ---
obs0.17081 30361 99.43 %-
all-31993 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.876 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2001 0 40 218 2259
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5811.972853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2815260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23223.29588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10715304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.451515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021606
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.21101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21399
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1340.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1940.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7051.51347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15822098
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8543847
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9944.5755
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 111 -
Rwork0.211 2186 -
obs--99.14 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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