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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2han | ||||||
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タイトル | Structural basis of heterodimeric ecdysteroid receptor interaction with natural response element hsp27 gene promoter | ||||||
要素 |
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キーワード | Transcription/DNA / Transcription regulation / Transcription factor / DNA-binding / Nuclear protein / Nuclear Receptor / Zinc finger / Transcription-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ecdysone biosynthetic process / repressor ecdysone receptor complex / ecdysis, chitin-based cuticle / larval wandering behavior / regulation of Malpighian tubule diameter / regulation of neuron remodeling / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Signaling by Retinoic Acid / Transcriptional regulation of granulopoiesis ...ecdysone biosynthetic process / repressor ecdysone receptor complex / ecdysis, chitin-based cuticle / larval wandering behavior / regulation of Malpighian tubule diameter / regulation of neuron remodeling / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Signaling by Retinoic Acid / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cytoprotection by HMOX1 / compound eye photoreceptor fate commitment / larval development / ecdysone receptor holocomplex / dorsal vessel heart proper cell fate commitment / hatching / regulation of hemocyte proliferation / Recycling of bile acids and salts / Carnitine shuttle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / histoblast morphogenesis / chitin-based cuticle development / cellular response to ecdysone / SUMOylation of intracellular receptors / activator ecdysone receptor complex / Nuclear Receptor transcription pathway / chitin-based embryonic cuticle biosynthetic process / Malpighian tubule morphogenesis / response to ecdysone / larval central nervous system remodeling / VLDLR internalisation and degradation / ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / germ-band shortening / head involution / pupariation / cardioblast differentiation / regulation of development, heterochronic / positive regulation of neuron remodeling / mushroom body development / metamorphosis / border follicle cell migration / sperm individualization / imaginal disc-derived wing morphogenesis / autophagic cell death / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / polytene chromosome / hormone binding / peripheral nervous system development / regulation of organ growth / regulation of cellular respiration / cardiac muscle tissue development / dendrite morphogenesis / nuclear steroid receptor activity / neuron remodeling / phagocytosis, engulfment / oogenesis / response to starvation / germ cell development / negative regulation of cell differentiation / epidermis development / regulation of macroautophagy / long-term memory / core promoter sequence-specific DNA binding / steroid binding / transcription corepressor binding / cholesterol homeostasis / determination of adult lifespan / response to cocaine / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / transcription coactivator binding / autophagy / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / cell adhesion / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / signaling receptor binding / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Jakob, M. / Kolodziejczyk, R. / Orlowski, M. / Krzywda, S. / Kowalska, A. / Dutko-Gwozdz, J. / Gwozdz, T. / Kochman, M. / Jaskolski, M. / Ozyhar, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007 タイトル: Novel DNA-binding element within the C-terminal extension of the nuclear receptor DNA-binding domain. 著者: Jakob, M. / Kolodziejczyk, R. / Orlowski, M. / Krzywda, S. / Kowalska, A. / Dutko-Gwozdz, J. / Gwozdz, T. / Kochman, M. / Jaskolski, M. / Ozyhar, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2han.cif.gz | 80.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2han.ent.gz | 54.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2han.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2han_validation.pdf.gz | 454 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2han_full_validation.pdf.gz | 460.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2han_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2han_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/2han ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ha/2han | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1r0oS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 CD
#1: DNA鎖 | 分子量: 6148.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Natural Ecdysone Response Element |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 6117.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Natural Ecdysone Response Element |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#3: タンパク質 | 分子量: 10818.429 Da / 分子数: 1 / Fragment: Ultraspiracle DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: usp, Cf1, NR2B4 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P20153 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 13520.830 Da / 分子数: 1 / Fragment: Ecdsyone Receptor DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: EcR, NR1H1 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P34021 |
-非ポリマー , 2種, 226分子
#5: 化合物 | ChemComp-ZN / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 21% PEG 3350, 0.1 M NaCl, 0.1 M MES, 1 mM DTT, 5 mikroM ZnCl2, 0.1 M LiCl, 10 mM MgCl2 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8115 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月5日 |
放射 | モノクロメーター: triangular horizontal-focusing Si III monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8115 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 25368 / Num. obs: 25368 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 24.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1r0o 解像度: 1.95→26.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.242 / SU ML: 0.092 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.648 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→26.92 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
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