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- PDB-2han: Structural basis of heterodimeric ecdysteroid receptor interactio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2han
タイトルStructural basis of heterodimeric ecdysteroid receptor interaction with natural response element hsp27 gene promoter
要素
  • 5'-D(*CP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*T)-3'
  • 5'-D(*GP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*T)-3'
  • Ecdysone receptor
  • Protein ultraspiracle
キーワードTranscription/DNA / Transcription regulation / Transcription factor / DNA-binding / Nuclear protein / Nuclear Receptor / Zinc finger / Transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ecdysone biosynthetic process / repressor ecdysone receptor complex / ecdysis, chitin-based cuticle / larval wandering behavior / regulation of Malpighian tubule diameter / cellular response to ecdysone / regulation of neuron remodeling / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Signaling by Retinoic Acid ...ecdysone biosynthetic process / repressor ecdysone receptor complex / ecdysis, chitin-based cuticle / larval wandering behavior / regulation of Malpighian tubule diameter / cellular response to ecdysone / regulation of neuron remodeling / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Signaling by Retinoic Acid / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Cytoprotection by HMOX1 / compound eye photoreceptor fate commitment / larval development / ecdysone receptor holocomplex / activator ecdysone receptor complex / dorsal vessel heart proper cell fate commitment / hatching / regulation of hemocyte proliferation / Recycling of bile acids and salts / Carnitine shuttle / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / histoblast morphogenesis / chitin-based cuticle development / SUMOylation of intracellular receptors / Nuclear Receptor transcription pathway / chitin-based embryonic cuticle biosynthetic process / Malpighian tubule morphogenesis / response to ecdysone / larval central nervous system remodeling / VLDLR internalisation and degradation / ecdysone binding / ecdysone receptor signaling pathway / germ-band shortening / head involution / pupariation / cardioblast differentiation / regulation of development, heterochronic / positive regulation of neuron remodeling / mushroom body development / metamorphosis / border follicle cell migration / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / sperm individualization / imaginal disc-derived wing morphogenesis / autophagic cell death / polytene chromosome / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / hormone binding / peripheral nervous system development / regulation of cellular respiration / regulation of organ growth / cardiac muscle tissue development / dendrite morphogenesis / phagocytosis, engulfment / oogenesis / neuron remodeling / nuclear steroid receptor activity / response to starvation / germ cell development / negative regulation of cell differentiation / epidermis development / long-term memory / regulation of macroautophagy / retinoic acid receptor signaling pathway / core promoter sequence-specific DNA binding / intracellular receptor signaling pathway / steroid binding / cholesterol homeostasis / transcription corepressor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / determination of adult lifespan / response to cocaine / transcription coactivator binding / autophagy / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / nervous system development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / cell adhesion / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / signaling receptor binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / dendrite / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Ecdysteroid receptor / Ecdysone receptor, ligand-binding domain / Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A / Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A / Retinoid X receptor/HNF4 / : / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein ultraspiracle / Ecdysone receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Jakob, M. / Kolodziejczyk, R. / Orlowski, M. / Krzywda, S. / Kowalska, A. / Dutko-Gwozdz, J. / Gwozdz, T. / Kochman, M. / Jaskolski, M. / Ozyhar, A.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Novel DNA-binding element within the C-terminal extension of the nuclear receptor DNA-binding domain.
著者: Jakob, M. / Kolodziejczyk, R. / Orlowski, M. / Krzywda, S. / Kowalska, A. / Dutko-Gwozdz, J. / Gwozdz, T. / Kochman, M. / Jaskolski, M. / Ozyhar, A.
履歴
登録2006年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 5'-D(*CP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*T)-3'
D: 5'-D(*GP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*T)-3'
A: Protein ultraspiracle
B: Ecdysone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8688
ポリマ－36,6064
非ポリマー2624
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.716, 59.790, 65.179
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*AP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*AP*CP*TP*TP*GP*T)-3'


分子量: 6148.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Natural Ecdysone Response Element
#2: DNA鎖 5'-D(*GP*AP*CP*AP*AP*GP*TP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*AP*AP*CP*CP*CP*TP*T)-3'


分子量: 6117.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Natural Ecdysone Response Element

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#3: タンパク質 Protein ultraspiracle / XR2C / Chorion factor 1


分子量: 10818.429 Da / 分子数: 1 / Fragment: Ultraspiracle DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: usp, Cf1, NR2B4 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P20153
#4: タンパク質 Ecdysone receptor / Ecdysteroid receptor / 20-hydroxy-ecdysone receptor / 20E receptor / EcRH


分子量: 13520.830 Da / 分子数: 1 / Fragment: Ecdsyone Receptor DNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: EcR, NR1H1 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P34021

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非ポリマー , 2種, 226分子

#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 21% PEG 3350, 0.1 M NaCl, 0.1 M MES, 1 mM DTT, 5 mikroM ZnCl2, 0.1 M LiCl, 10 mM MgCl2 , pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2NaCl11
3MES11
4DTT11
5ZnCl211
6LiCl11
7MgCl211
8H2O11
9PEG 335012
10NaCl12
11ZnCl212
12LiCl12
13MgCl212
14H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8115 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月5日
放射モノクロメーター: triangular horizontal-focusing Si III monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8115 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 25368 / Num. obs: 25368 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1r0o

1r0o


解像度: 1.95→26.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.242 / SU ML: 0.092 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21706 1272 5.1 %RANDOM
Rwork0.17965 ---
obs0.1816 23899 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.99 Å20 Å20.23 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3----1.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→26.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1348 812 4 222 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0212226
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0292.4183149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.11833725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2695163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021891
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02315
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1880.2382
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2540.21835
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.21006
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2170
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2640.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3610.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0471.5811
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.89821290
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.43531415
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5564.51859
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.286 84
Rwork0.251 1745

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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