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- PDB-2hac: Structure of Zeta-Zeta Transmembrane Dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hac
タイトルStructure of Zeta-Zeta Transmembrane Dimer
要素T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transmembrane / alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / Nef and signal transduction / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains ...gamma-delta T cell receptor complex / Fc-gamma receptor III complex / Fc-gamma receptor signaling pathway / gamma-delta T cell activation / alpha-beta T cell receptor complex / positive regulation of protein localization to cell surface / Nef and signal transduction / T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / FCGR activation / PD-1 signaling / Role of phospholipids in phagocytosis / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein tyrosine kinase binding / FCGR3A-mediated phagocytosis / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / transmembrane signaling receptor activity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / protein complex oligomerization / T cell receptor signaling pathway / protein-containing complex assembly / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta subunit/High affinity IgE receptor gamma subunit / T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Chou, J.J. / Wucherpfennig, K.W. / Schnell, J.R. / Call, M.E.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / : 2006
タイトル: The structure of the zetazeta transmembrane dimer reveals features essential for its assembly with the T cell receptor.
著者: Call, M.E. / Schnell, J.R. / Xu, C. / Lutz, R.A. / Chou, J.J. / Wucherpfennig, K.W.
履歴
登録2006年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain
B: T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5112
ポリマ-7,5112
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 30structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド T-cell surface glycoprotein CD3 zeta chain / T-cell receptor T3 zeta chain


分子量: 3755.474 Da / 分子数: 2 / 断片: transmembrane region (28-60) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD3Z, T3Z, TCRZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20963

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111gradient-enhanced HNCA
1223D 15N-separated NOESY
1323D 15N-separated NOESY
1423D 13C-separated NOESY
1533D 15N-separated NOESY
164standard HSQC and TROSY-HSQC for D(NH) couplings; 2D (CA)CONH quantitative JCH experiment for D(CaHa) couplings

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1.0 mM disulfide crosslinked zeta-zeta dimer U-15N,U-13C,85%-2H. Sodium dodecyl sulfate (40 mM) and dodecyl phosphocholine (200 mM), 95% H2O, 5% D2O.95% H2O/5% D2O
20.5-1.0 mM disulfide crosslinked zeta-zeta dimer U-15N,U-13C. Sodium dodecyl sulfate (40 mM) and dodecyl phosphocholine (200 mM), 95% H2O, 5% D2O.95% H2O/5% D2O
30.5-1.0 mM disulfide crosslinked zeta-zeta dimer, mixed-label. One monomer: U-15N,U-2H. Other monomer: natural abundance isotopes. Sodium dodecyl sulfate (40 mM) and dodecyl phosphocholine (200 mM), 95% H2O, 5% D2O.95% H2O/5% D2O
40.5-1.0 mM disulfide crosslinked zeta-zeta dimer U-15N,U-13C. Sodium dodecyl sulfate (40 mM) and dodecyl phosphocholine (200 mM), 95% H2O, 5% D2O. 5% polyacrylamide gel.95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 20 mM sodium phosphate buffer / pH: 7.0 / : ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipe1Frank Delaglio解析
CARA1.5Rochus Kellerデータ解析
XPLOR-NIH2.11Charles Schwieters精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 426 intramolecular NOE restraints, 46 intermolecular NOE restraints, 42 dihedral angle restraints, 70 residual dipolar coupling restraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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