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万見
- PDB-2h8b: Solution structure of INSL3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h8b
タイトルSolution structure of INSL3
要素(Insulin-like 3) x 2
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / INSULIN/RELAXIN SUPARFAMILY FOLD / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Relaxin receptors / oocyte maturation / positive regulation of wound healing / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / positive regulation of epithelial cell migration / insulin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / cell-cell signaling / protease binding ...Relaxin receptors / oocyte maturation / positive regulation of wound healing / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / positive regulation of epithelial cell migration / insulin receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / cell-cell signaling / protease binding / G alpha (s) signalling events / spermatogenesis / signaling receptor binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Insulin-like INSL3/INSL4 / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, cartesian dynamics
データ登録者Rosengren, K.J. / Craik, D.J. / Daly, N.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Solution Structure and Characterization of the LGR8 Receptor Binding Surface of Insulin-like Peptide 3
著者: Rosengren, K.J. / Zhang, S. / Lin, F. / Daly, N.L. / Scott, D.J. / Hughes, R.A. / Bathgate, R.A.D. / Craik, D.J. / Wade, J.D.
履歴
登録2006年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月21日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Insulin-like 3
A: Insulin-like 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3062
ポリマ－6,3062
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Insulin-like 3 / Insulin-Like Peptide-3 / INSL3 / Leydig insulin-like peptide / Ley-I-L / Relaxin-like factor


分子量: 3528.118 Da / 分子数: 1 / 断片: Insulin-like 3 B chain / 由来タイプ: 合成
詳細: For this study the peptide has been generated by solid phase peptide synthesis.; This sequence occurs naturally in humans.
参照: UniProt: P51460
#2: タンパク質・ペプチド Insulin-like 3 / Insulin-Like Peptide-3 / INSL3 / Leydig insulin-like peptide / Ley-I-L / Relaxin-like factor


分子量: 2778.189 Da / 分子数: 1 / 断片: Insulin-like 3 A chain / 由来タイプ: 合成
詳細: For this study the peptide has been generated by solid phase peptide synthesis.; This sequence occurs naturally in humans.
参照: UniProt: P51460
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D TOCSY
1212D NOESY
131DQF-COSY
1422D NOESY
1522D TOCSY
162DQF-COSY
2712D TOCSY
2812D NOESY
2922D NOESY
21022D TOCSY
31112D TOCSY
31212D NOESY
31322D NOESY
31422D TOCSY
41512D TOCSY
41612D NOESY
41722D NOESY
41822D TOCSY
51912D TOCSY
52012D NOESY
52122D NOESY
52222D TOCSY
62312D TOCSY
62412D NOESY
62522D NOESY
62622D TOCSY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM INSL3; 90% H2O, 10% D2090% H2O, 10% D20
21mM INSL3; 100% D2O100% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
104ambient 298 K
204ambient 303 K
304ambient 290 K
402.7ambient 298 K
505.1ambient 298 K
606.1ambient 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX7501
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR1.3.5Brukercollection
XEASY1.3.7Bartels, C et al.データ解析
CYANA1Guntert, P. et al.構造決定
CNS1.1精密化
精密化手法: torsion angle dynamics, cartesian dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure calculations and refinements were done in cns using protocols from ARIA.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations, structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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