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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h6e | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the D-arabinose dehydrogenase from Sulfolobus solfataricus | ||||||
![]() | D-arabinose 1-dehydrogenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / medium chain alcohol dehydrogenase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Brouns, S.J.J. / Turnbull, A.P. / Akerboom, J. / Willemen, H.L.D.M. / De Vos, W.M. / Van der Oost, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure and Biochemical Properties of the d-Arabinose Dehydrogenase from Sulfolobus solfataricus 著者: Brouns, S.J. / Turnbull, A.P. / Willemen, H.L. / Akerboom, J. / van der Oost, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 434 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y,-x,-z and -x,-y,z and y,x,-z |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37335.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q97YM2, D-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+] | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.55 詳細: 4 mg/ml protein, 0.1 M HEPES-NaOH, 10% v/v Jeffamine-600, pH 8.55, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月19日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2827 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 32525 / Num. obs: 32525 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 % |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7 % / % possible all: 93 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.344 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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