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- PDB-2h6e: Crystal structure of the D-arabinose dehydrogenase from Sulfolobu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h6e
タイトルCrystal structure of the D-arabinose dehydrogenase from Sulfolobus solfataricus
要素D-arabinose 1-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / medium chain alcohol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


D-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) / D-arabinose 1-dehydrogenase (NADP+) activity / anion binding / arabinose catabolic process / L-threonine 3-dehydrogenase activity / L-threonine metabolic process / adenyl nucleotide binding / protein tetramerization / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily ...: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-arabinose 1-dehydrogenase (NADP(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Brouns, S.J.J. / Turnbull, A.P. / Akerboom, J. / Willemen, H.L.D.M. / De Vos, W.M. / Van der Oost, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure and Biochemical Properties of the d-Arabinose Dehydrogenase from Sulfolobus solfataricus
著者: Brouns, S.J. / Turnbull, A.P. / Willemen, H.L. / Akerboom, J. / van der Oost, J.
履歴
登録2006年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32014年11月12日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-arabinose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4663
ポリマ－37,3351
非ポリマー1312
水3,873215
1
A: D-arabinose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: D-arabinose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: D-arabinose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: D-arabinose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,86412
ポリマ－149,3414
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_545y+1/2,x-1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation10_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
手法PQS
2
A: D-arabinose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: D-arabinose 1-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,9326
ポリマ－74,6702
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
Buried area4010 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.019, 84.019, 194.979
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細The biological assembly is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operations: -y,-x,-z and -x,-y,z and y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 D-arabinose 1-dehydrogenase / E.C.1.1.1.117 / Adh-4


分子量: 37335.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 株: P2 / 遺伝子: Adh-4 / プラスミド: pET24d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q97YM2, D-arabinose 1-dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.55
詳細: 4 mg/ml protein, 0.1 M HEPES-NaOH, 10% v/v Jeffamine-600, pH 8.55, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.2827 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2827 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 32525 / Num. obs: 32525 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.4 %
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 7 % / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
HKL-2000データ削減
SOLVE位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.663 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.126 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23216 1642 5.1 %RANDOM
Rwork0.1949 ---
all0.19674 30781 --
obs0.19674 30781 98.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.344 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.87 Å20 Å20 Å2
2--0.87 Å20 Å2
3----1.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2412 0 2 215 2629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222527
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2851.9823435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.90334194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.7775342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.73924.94795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.5615454
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.9431513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1850.21744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.170.21237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21346
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.2188
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1820.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1430.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2450.278
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1730.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.93531764
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5483681
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.5152628
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5098972
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.89511799
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 103 -
Rwork0.215 2060 -
obs--91.07 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.06545.2064-13.362311.457-12.752824.2417-0.4447-1.0777-1.4431.31210.48321.3134-0.3895-0.5605-0.03850.1640.00450.01810.1692-0.14250.25270.4603-2.02945.3938
20.88070.4044-0.15725.1243-1.24653.3073-0.1010.26210.0543-0.99730.21880.5366-0.3219-0.2213-0.11780.2496-0.0187-0.06980.05320.09820.053347.168513.999511.1074
30.61150.24541.1024.54210.4071.98620.09210.25020.19770.3442-0.096-0.62370.23350.0030.0039-0.0203-0.0001-0.02790.00130.0260.013660.5259-2.611331.9972
44.0684-0.6042.185.2593-0.08133.8942-0.09360.19010.2267-0.11120.01450.03930.08510.22150.0791-0.0642-0.01190.0025-0.03820.0198-0.061547.2508-4.455128.9858
54.31241.9014-1.67533.5759-0.71391.2038-0.06950.4412-0.11940.2254-0.00160.96410.1323-0.40310.07110.0443-0.02970.02730.1454-0.08380.071617.3673-14.357133.6406
64.59073.89531.55246.20290.98125.3694-0.2133-0.16480.0236-0.3776-0.05780.13880.04290.01570.271-0.02730.0362-0.0098-0.00830.0513-0.031953.78474.380920.4759
73.0340.4333-1.83670.9434-0.38085.8086-0.16410.14320.04140.01060.04070.12190.14740.22530.1234-0.0712-0.0076-0.01840.01530.0497-0.021856.35830.080643.1135
81.665-0.27121.2242.86030.47423.4377-0.11450.11360.095-0.05580.10480.0322-0.15370.340.0097-0.1192-0.0381-0.02150.12310.0353-0.027365.19383.773846.615
91.95270.91070.33981.02160.12931.42830.0163-0.01690.11830.0458-0.00440.18070.2031-0.1014-0.0119-0.0791-0.0054-0.00230.00460.0141-0.022547.9628-5.155850.7107
100.2971-0.2690.36951.5213-1.46843.4423-0.1250.0372-0.03030.25110.24510.0162-0.1499-0.2723-0.12-0.04980.0227-0.00580.02480.0164-0.054148.3864-5.642250.2582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 211 - 21
2X-RAY DIFFRACTION2AA22 - 7622 - 76
3X-RAY DIFFRACTION3AA77 - 9677 - 96
4X-RAY DIFFRACTION4AA97 - 10897 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5AA109 - 126109 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6AA127 - 144127 - 144
7X-RAY DIFFRACTION7AA145 - 172145 - 172
8X-RAY DIFFRACTION8AA173 - 204173 - 204
9X-RAY DIFFRACTION9AA205 - 268205 - 268
10X-RAY DIFFRACTION10AA269 - 344269 - 344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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