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万見
- PDB-2h5x: RuvA from Mycobacterium tuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h5x
タイトルRuvA from Mycobacterium tuberculosis
要素Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / RECOMBINATION / RUVA / HOLLIDAY JUNCTION BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / SOS response / four-way junction DNA binding / double-strand break repair via homologous recombination / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / DNA damage response ...Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / SOS response / four-way junction DNA binding / double-strand break repair via homologous recombination / DNA recombination / DNA helicase / DNA repair / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / Ubiquitin-associated (UBA) domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 ...Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / Bacterial DNA recombination protein RuvA / Ubiquitin-associated (UBA) domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Nucleic acid-binding proteins / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvA / Holliday junction branch migration complex subunit RuvA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Prabu, J.R. / Thamotharan, S. / Khanduja, J.S. / Alipio, E.Z. / Kim, C.Y. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Segelke, B. / Lekin, T. / Toppani, D. ...Prabu, J.R. / Thamotharan, S. / Khanduja, J.S. / Alipio, E.Z. / Kim, C.Y. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Segelke, B. / Lekin, T. / Toppani, D. / Hung, L.W. / Yu, M. / Bursey, E. / Muniyappa, K. / Chandra, N.R. / Vijayan, M.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.F / 年: 2006
タイトル: Structure of Mycobacterium tuberculosis RuvA, a protein involved in recombination.
著者: Prabu, J.R. / Thamotharan, S. / Khanduja, J.S. / Alipio, E.Z. / Kim, C.Y. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Segelke, B. / Lekin, T. / Toppani, D. / Hung, L.W. / Yu, M. / Bursey, E. / ...著者: Prabu, J.R. / Thamotharan, S. / Khanduja, J.S. / Alipio, E.Z. / Kim, C.Y. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C. / Segelke, B. / Lekin, T. / Toppani, D. / Hung, L.W. / Yu, M. / Bursey, E. / Muniyappa, K. / Chandra, N.R. / Vijayan, M.
履歴
登録2006年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
C: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
D: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,2178
ポリマ－80,8494
非ポリマー3684
水4,864270
1
A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
C: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
D: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
ヘテロ分子

A: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
B: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
C: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
D: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,43416
ポリマ－161,6988
非ポリマー7378
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)137.642, 137.642, 88.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細The biological assembly is a Octamer generated from the tetramer in the asymmetric unit by the following symmetry operation. Symmetry: Y,X,-Z+1

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要素

#1: タンパク質
Holliday junction ATP-dependent DNA helicase ruvA


分子量: 20212.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: ruvA / プラスミド: pET-28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P66744, UniProt: P9WGW3*PLUS, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 270 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein stock was buffered in 20 mM Tris-HCl at pH 8.0 with 100 mM sodium chloride and 10 mM b-ME. 0.1 M sodium succinate at pH 5.5 and 1.7 M ammonium sulfate was used as a precipitant, VAPOR ...詳細: Protein stock was buffered in 20 mM Tris-HCl at pH 8.0 with 100 mM sodium chloride and 10 mM b-ME. 0.1 M sodium succinate at pH 5.5 and 1.7 M ammonium sulfate was used as a precipitant, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月3日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→45 Å / Num. obs: 23937 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 38 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2325 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1BVS

1bvs
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.7→44.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2661258.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: MLF FUNCTION THROUGHOUT THE REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1157 4.8 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.233 23897 99.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.4038 Å2 / ksol: 0.347335 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.28 Å20 Å20 Å2
2---7.28 Å20 Å2
3---14.55 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.57 Å0.44 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→44.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5265 0 24 270 5559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.37
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.67
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.373 189 4.9 %
Rwork0.324 3634 -
obs--97.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2gol_xplor_par.txtgol_xplor_top.txt
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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