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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h5r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of mStrawberry at pH 10.5 | ||||||
要素 | mStrawberry | ||||||
キーワード | LUMINESCENT PROTEIN / beta barrel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Discosoma sp. (イソギンチャク) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Shu, X. / Remington, S.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006 タイトル: Novel Chromophores and Buried Charges Control Color in mFruits 著者: Shu, X. / Shaner, N.C. / Yarbrough, C.A. / Tsien, R.Y. / Remington, S.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | SEQUENCE The residues 66, 67, 68 constitute the chromophore CRO 66. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h5r.cif.gz | 60.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h5r.ent.gz | 47.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h5r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h5r_validation.pdf.gz | 422.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2h5r_full_validation.pdf.gz | 431.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2h5r_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h5r_validation.cif.gz | 22.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/2h5r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h5/2h5r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological unit: monomer one monomer per asymmetric unit |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26675.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク) 断片: Coral / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Y8*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 100 mM CAPS pH 11.5, 1.1M NaCitrate, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.2 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 30663 / Num. obs: 30663 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 64 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.6→50 Å / Num. parameters: 18409 / Num. restraintsaints: 22369 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
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Refine analyze | Num. disordered residues: 7 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 2025.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å
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拘束条件 |
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