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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h5m
タイトルNMR Solution Structure of a GCN5-like putative N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus complexed with acetyl-CoA. Northeast Structural Genomics Consortium Target ZR31
要素Acetyltransferase, GNAT family
キーワードTRANSFERASE / GNAT / N-acetyltransferase domain / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / transferase activity
類似検索 - 分子機能
Yjdj-type Gcn5-related N-acetyltransferase / Gcn5-related N-acetyltransferase / GCN5-related N-acetyl-transferase / Yjdj-type Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL COENZYME *A / Acetyltransferase, GNAT family / Acetyltransferase, GNAT family
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR / Refinement was conducted with HADDOCK. Starting structures were the 1R57 ensemble, which is the protein in the absence of ligand
データ登録者Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Acton, T.B. / Ma, L. / Xiao, R.B. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Struct.Funct.Genom. / 年: 2008
タイトル: Structure of an acetyl-CoA binding protein from Staphylococcus aureus representing a novel subfamily of GCN5-related N-acetyltransferase-like proteins
著者: Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Murray, D. / Acton, T.B. / Ma, L.C. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2006年5月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年12月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase, GNAT family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,4412
ポリマ－11,6321
非ポリマー8101
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1no criteria

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要素

#1: タンパク質 Acetyltransferase, GNAT family / SACOL2532


分子量: 11631.878 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: COL / 解説: construct provides C-terminal His Tag (8 residues) / 遺伝子: SACOL2532 / プラスミド: pET21 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HD32, UniProt: A0A0H2WXG3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME *A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P2-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略)


分子量: 809.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H38N7O17P3S

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111H-15N HSQC
2224D 13C-separated NOESY
2323D edited-filtered 1H-C13 NOESY HSQC
2422D doubly C12-filtered 1H-1H NOESY
2522D doubly C12-filtered 1H-1H TOCSY
2621H-13C HSQC
NMR実験の詳細Text: the sample contained isotope labeled protein and unlabeled ligand

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM SACOL2532 U-15N,13C; 5 mM acetyl-CoA, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 0.02% NaN35% D2O, 95% H2O
21 mM SACOL2532 U-15N,13C; 5 mM acetyl-CoA, 20 mM MES, 100 mM NaCl, 5 mM CaCl2, 0.02% NaN3100% D2O
試料状態イオン強度: 0.115 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA9001
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
HADDOCK1.3A. Bonvin精密化
Felix97MSIデータ解析
精密化手法: Refinement was conducted with HADDOCK. Starting structures were the 1R57 ensemble, which is the protein in the absence of ligand
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: no criteria
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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