+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h4o | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray Crystal Structure of Protein yonK from Bacillus subtilis. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR415 | ||||||
要素 | YonK protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / Bsu2107 (YonK protein) | ||||||
機能・相同性 | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #10 / Bacillus phage SPbeta, YonK / YonK superfamily / YonK protein / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Other non-globular / Special / SPbeta prophage-derived uncharacterized protein YonK 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Seetharaman, J. / Sue, M. / Forouhar, F. / Ken, C. / Bonnie, C. / Ma, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the hypothetical protein from bacillus subtilis (yonk). 著者: Seetharaman, J. / Sue, M. / Forouhar, F. / Ken, C. / Bonnie, C. / Ma, L. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h4o.cif.gz | 58.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2h4o.ent.gz | 47.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h4o.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h4o_validation.pdf.gz | 452.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2h4o_full_validation.pdf.gz | 457.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2h4o_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h4o_validation.cif.gz | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/2h4o | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
---|---|
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9012.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yonK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10 / 参照: UniProt: O31947 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: PEG 1000, 100mM TAPS pH 9.0, 120mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97913, 0.97941, 0.96780 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月24日 / 詳細: Mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 15558 / Num. obs: 15092 / % possible obs: 0.97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: -0.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 17.7 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.91 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Mean I/σ(I) obs: 16.1 / Num. unique all: 1704 / Rsym value: 0.181 / % possible all: 0.99 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.8→28.34 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 868587.01 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 44.8049 Å2 / ksol: 0.320902 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.4 Å2
| |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→28.34 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
| |||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|