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万見
- PDB-2h3n: Crystal structure of a surrogate light chain (LAMBDA5 and VpreB) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h3n
タイトルCrystal structure of a surrogate light chain (LAMBDA5 and VpreB) homodimer
要素
  • Ig lambda-5
  • VpreB protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta sheets / v- and c-type immunoglobulin fold
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / Cell surface interactions at the vascular wall / antigen binding / immune response / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin iota chain / Immunoglobulin lambda-like polypeptide 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bankovich, A.J. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2007
タイトル: Structural insight into pre-B cell receptor function
著者: Bankovich, A.J. / Raunser, S. / Juo, Z.S. / Walz, T. / Davis, M.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2006年5月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VpreB protein
B: Ig lambda-5
C: VpreB protein
D: Ig lambda-5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1384
ポリマ－48,1384
非ポリマー00
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7310 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area20230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.169, 72.814, 115.201
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Each VpreB molecule assembles with one lambda5 molecule to produce a surrogate light chain heterodimer. The structures displays a dimer of two of these heterodimers

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要素

#1: タンパク質 VpreB protein / Immunoglobulin iota chain / V(pre)B protein / CD179a antigen


分子量: 11346.762 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VPREB1, VPREB / 器官 (発現宿主): eggs / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P12018
#2: タンパク質 Ig lambda-5 / Immunoglobulin lambda-like polypeptide 1 / Immunoglobulin-related protein 14.1 / Immunoglobulin ...Immunoglobulin lambda-like polypeptide 1 / Immunoglobulin-related protein 14.1 / Immunoglobulin omega polypeptide / CD179b antigen


分子量: 12722.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGLL1, IGL1 / 器官 (発現宿主): eggs / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P15814
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12% PEG 5000 MME and 100mM BisTris pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 21790 / Num. obs: 20984 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.3→2.41 Å / % possible all: 84.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
ADSCデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
CNS精密化
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.281 1049 CNS
Rwork0.228 --
all0.2281 21790 -
obs0.2281 20984 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.686 Å20 Å20 Å2
2--11.941 Å20 Å2
3---7.744 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3322 0 0 68 3390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.4481.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.6632
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.5732
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.8772.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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