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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h2w | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Homoserine O-succinyltransferase (EC 2.3.1.46) (Homoserine O-transsuccinylase) (HTS) (tm0881) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.52 A resolution | ||||||
要素 | Homoserine O-succinyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / tm0881 / Homoserine O-succinyltransferase / (EC 2.3.1.46) / Homoserine O-transsuccinylase / HTS / (tm0881) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 homoserine O-succinyltransferase activity / L-methionine biosynthetic process from homoserine via O-succinyl-L-homoserine and cystathionine / homoserine O-acetyltransferase / homoserine O-acetyltransferase activity / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of Homoserine O-succinyltransferase (EC 2.3.1.46) (Homoserine O-transsuccinylase) (HTS) (tm0881) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.52 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S) ...BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE. | ||||||
Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH FOLLOWED BY THE RESIDUES ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHH FOLLOWED BY THE RESIDUES 1-300 OF THE TARGET SEQUENCE. THE CONSTRUCT WITH RESIDUES 301-304 ELIMINATED PRODUCED THE BEST DIFFRACTING CRYSTAL. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h2w.cif.gz | 74.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h2w.ent.gz | 53.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h2w.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h2w_validation.pdf.gz | 426.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2h2w_full_validation.pdf.gz | 429.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2h2w_validation.xml.gz | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h2w_validation.cif.gz | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/2h2w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/2h2w | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2ghrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A BIOLOGICALLY SIGNIFICANT OLIGIMERIZATION STATE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36772.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: metA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZY3, homoserine O-succinyltransferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8 詳細: 10.0% iso-Propanol, 0.1M Imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年9月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.52→42.3 Å / Num. obs: 13643 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.98 % / Biso Wilson estimate: 70.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 1.481 / Net I/σ(I): 18.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2GHR 解像度: 2.52→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 21.895 / SU ML: 0.221 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.502 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. DUE TO STRONG SALT AND SOLVENT RINGS, 1024 REFLECTIONS BETWEEN 2.90-3.02 ANGSTROMS WERE OMITTED FROM THE REFINEMENT. 3. THE LARGE GAP ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. DUE TO STRONG SALT AND SOLVENT RINGS, 1024 REFLECTIONS BETWEEN 2.90-3.02 ANGSTROMS WERE OMITTED FROM THE REFINEMENT. 3. THE LARGE GAP BETWEEN THE RWORK AND RFREE IS LIKELY DUE TO ARTIFACTS IN THE DIFFRACTION IMAGES. 4. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.358 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.52→42.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.52→2.584 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
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