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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h2e | ||||||
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タイトル | Structure of Rubisco LSMT bound to AzaAdoMet and Lysine | ||||||
要素 | Ribulose-1,5 bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit N-methyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / SET domain / protein lysine methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [ribulose-bisphosphate carboxylase]-lysine N-methyltransferase / [fructose-bisphosphate aldolase]-lysine N-methyltransferase / [ribulose-bisphosphate carboxylase]-lysine N-methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / chloroplast / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pisum sativum (エンドウ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | ||||||
データ登録者 | Couture, J.F. / Hauk, G. / Trievel, R.C. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006 タイトル: Catalytic Roles for Carbon-Oxygen Hydrogen Bonding in SET Domain Lysine Methyltransferases. 著者: Couture, J.F. / Hauk, G. / Thompson, M.J. / Blackburn, G.M. / Trievel, R.C. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | The engineered construct possesses an ENLYFQ sequence on its C-terminus due to a TEV protease cleavage site. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2h2e.cif.gz | 277.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2h2e.ent.gz | 223.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2h2e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2h2e_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2h2e_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2h2e_validation.xml.gz | 58 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2h2e_validation.cif.gz | 79.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/2h2e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/2h2e | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | There are three molecules of LSMT in the asymmetric unit. LSMT is a monomer in solution. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50170.633 Da / 分子数: 3 / 断片: Rubisco LSMT (Residues 49-482) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: RBCMT / プラスミド: pDEST14 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 参照: UniProt: Q43088, [ribulose-bisphosphate carboxylase]-lysine N-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.82 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 100 mM NaCitrate pH 6.8, 1.43-1.74 M NaAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→16.8 Å / Num. all: 87141 / Num. obs: 85610 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 5.5 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→16.73 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 582909.51 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.878 Å2 / ksol: 0.357042 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 71.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→16.73 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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