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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2h21 | ||||||
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タイトル | Structure of Rubisco LSMT bound to AdoMet | ||||||
![]() | Ribulose-1,5 bisphosphate carboxylase/oxygenase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / SET domain / protein lysine methyltransferase | ||||||
機能・相同性 | ![]() [ribulose-bisphosphate carboxylase]-lysine N-methyltransferase / [fructose-bisphosphate aldolase]-lysine N-methyltransferase / [ribulose-bisphosphate carboxylase]-lysine N-methyltransferase activity / protein-lysine N-methyltransferase activity / chloroplast / methylation 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Couture, J.F. / Hauk, G. / Trievel, R.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Catalytic Roles for Carbon-Oxygen Hydrogen Bonding in SET Domain Lysine Methyltransferases. 著者: Couture, J.F. / Hauk, G. / Thompson, M.J. / Blackburn, G.M. / Trievel, R.C. | ||||||
履歴 |
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Remark 999 | The engineered construct possesses an ENLYFQ sequence on its C-terminus due to a TEV protease cleavage site. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 280.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 226 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 59.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 82.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | There are three molecules of LSMT the asymmetric unit. LSMT is a monomer in solution. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50170.633 Da / 分子数: 3 / 断片: Rubisco LSMT (Residues 49-482) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q43088, [ribulose-bisphosphate carboxylase]-lysine N-methyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 100 mM Bis Tris Propane, pH 6.8, 0.87-1.17 M NaAcetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月13日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.7085 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.45→13 Å / Num. all: 98539 / Num. obs: 97807 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 42.5 Å2 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.45→2.54 Å / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 51.8824 Å2 / ksol: 0.344734 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.45→12.99 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.45→2.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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