[日本語] English
万見
- PDB-2h1o: Structure of FitAB bound to IR36 DNA fragment -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h1o
タイトルStructure of FitAB bound to IR36 DNA fragment
要素
  • IR36-strand 1
  • IR36-strand 2
  • Trafficking protein A
  • Trafficking protein B
キーワードGENE REGULATION/DNA COMPLEX / PIN domain / RHH protein / DNA binding (デオキシリボ核酸) / tetramer of dimers / GENE REGULATION-DNA COMPLEX COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


migration in host / RNA nuclease activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
PIN domain / VapC family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / 5'-nuclease / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / PIN domain / PIN-like domain superfamily / ロスマンフォールド ...PIN domain / VapC family / Met repressor-like / Arc Repressor Mutant / 5'-nuclease / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / PIN domain / PIN-like domain superfamily / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Antitoxin FitA / Toxin FitB / Toxin FitB / Antitoxin FitA
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Mattison, K. / Wilbur, J.S. / So, M. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of FitAB from Neisseria gonorrhoeae bound to DNA reveals a tetramer of toxin-antitoxin heterodimers containing pin domains and ribbon-helix-helix motifs.
著者: Mattison, K. / Wilbur, J.S. / So, M. / Brennan, R.G.
履歴
登録2006年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月6日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
U: IR36-strand 1
V: IR36-strand 2
A: Trafficking protein B
B: Trafficking protein B
C: Trafficking protein B
D: Trafficking protein B
E: Trafficking protein A
F: Trafficking protein A
G: Trafficking protein A
H: Trafficking protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,17910
ポリマ－115,17910
非ポリマー00
水82946
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.040, 82.403, 135.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: DNA鎖 IR36-strand 1


分子量: 11169.996 Da / 分子数: 1 / 変異: iodo / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence upstream of FitAB promoter region
#2: DNA鎖 IR36-strand 2


分子量: 11198.117 Da / 分子数: 1 / 変異: iodo / 由来タイプ: 合成 / 詳細: sequence upstream of FitAB promoter region
#3: タンパク質
Trafficking protein B


分子量: 15919.320 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: fitB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 / 参照: UniProt: Q9RF91, UniProt: Q5F882*PLUS
#4: タンパク質
Trafficking protein A


分子量: 7283.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: fitA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 / 参照: UniProt: Q9RF92, UniProt: Q5F881*PLUS
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.94 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 4.0, 0.27 M sodium acetate, pH 7.0, 7.2 % PEG 20,000, 7.2 % PEG monomethyl ether 550, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium acetate11
2PEG11
3PEG monomethyl ether11
4H2O11
5sodium acetate12
6PEG12
7PEG monomethyl ether12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月8日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→70.36 Å / Num. all: 33360 / Num. obs: 33243 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.5 / Rsym value: 0.178 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 2.99→3.14 Å / Mean I/σ(I) obs: 44 / Rsym value: 0.015 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2H1C

2h1c


解像度: 3→70.36 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 3316 10 %random
Rwork0.212 ---
all0.269 33257 --
obs0.269 33243 100 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 25.6821 Å2 / ksol: 0.316642 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 40.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.49 Å20 Å2-12.4 Å2
2---17.57 Å20 Å2
3---0.09 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.56 Å0.46 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→70.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6390 1470 0 46 7906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg21.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.04
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
3-3.140.3933809.30.32737150.024100409599.9
3.14-3.30.32842810.40.25937040.0164137413299.9
3.3-3.510.30241210.10.24336790.0154096409199.9
3.51-3.780.2894089.70.21437790.0144191418799.9
3.78-4.160.27244210.60.19737110.01341544153100
4.16-4.760.233415100.18137280.0114145414399.9
4.76-60.273939.40.21237840.01441784177100
6-70.360.21343810.30.17638270.014276426599.7

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る