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- PDB-2h1c: Crystal Structure of FitAcB from Neisseria gonorrhoeae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h1c
タイトルCrystal Structure of FitAcB from Neisseria gonorrhoeae
要素(Trafficking protein ...) x 2
キーワードGENE REGULATION / DNA binding / PIN domain / RHH domain
機能・相同性
機能・相同性情報


migration in host / RNA nuclease activity / sequence-specific DNA binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Antitoxin FitA-like, ribbon-helix-helix / : / PIN domain / VapC family / 5'-nuclease / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / PIN domain / PIN-like domain superfamily ...: / Antitoxin FitA-like, ribbon-helix-helix / : / PIN domain / VapC family / 5'-nuclease / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / PIN domain / PIN-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Antitoxin FitA / Toxin FitB / Toxin FitB / Antitoxin FitA
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Mattison, K. / Wilbur, J.S. / So, M. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of FitAB from Neisseria gonorrhoeae bound to DNA reveals a tetramer of toxin-antitoxin heterodimers containing pin domains and ribbon-helix-helix motifs.
著者: Mattison, K. / Wilbur, J.S. / So, M. / Brennan, R.G.
履歴
登録2006年5月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月6日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trafficking protein B
B: Trafficking protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5768
ポリマ－17,2522
非ポリマー3246
水1,60389
1
A: Trafficking protein B
B: Trafficking protein A
ヘテロ分子

A: Trafficking protein B
B: Trafficking protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,15216
ポリマ－34,5044
非ポリマー64812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7540 Å2
ΔGint-147 kcal/mol
Surface area14200 Å2
手法PISA
2
A: Trafficking protein B
B: Trafficking protein A
ヘテロ分子

A: Trafficking protein B
B: Trafficking protein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,15216
ポリマ－34,5044
非ポリマー64812
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)69.970, 50.700, 48.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.55, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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Trafficking protein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Trafficking protein B


分子量: 15321.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: fitB / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RF91, UniProt: Q5F882*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Trafficking protein A


分子量: 1930.253 Da / 分子数: 1 / Fragment: Residues: 46-64 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: fitA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RF92, UniProt: Q5F881*PLUS

-
非ポリマー , 4種, 95分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 0.26 M sodium phosphate/citrate pH 4.7 and 2.0 M ammonium sulphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111
シンクロトロンALS 8.2.120.9796, 0.9686, 0.9794
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2005年3月8日
ADSC QUANTUM 2102CCD2005年3月8日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal, Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Double crystal, Si(111)MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97961
30.96861
40.97941
反射解像度: 1.8→39.11 Å / Num. all: 31002 / Num. obs: 13340 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 9.7 / Biso Wilson estimate: 18.8 Å2 / Limit h max: 34 / Limit h min: -38 / Limit k max: 28 / Limit k min: -38 / Limit l max: 26 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 855178.06 / Observed criterion F min: 6.8 / Rsym value: 0.055
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique all: 13340 / Rsym value: 0.222 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
ADSCデータ収集
MOSFLMデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→39.11 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 1369 10.3 %RANDOM
Rwork0.191 ---
all0.223 13858 --
obs0.223 13340 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 56.4884 Å2 / ksol: 0.409027 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 64.77 Å2 / Biso mean: 21.76 Å2 / Biso min: 6.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.16 Å20 Å2-1.88 Å2
2--1.11 Å20 Å2
3---2.05 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.18 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.17 Å0.11 Å
Luzzati d res high-1.8
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1217 0 17 89 1323
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg20.5
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.84
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8-1.880.2681579.60.24814730.0211716163094.9
1.88-1.980.26317610.60.20814830.021705165997.3
1.98-2.110.2418310.80.18915140.0181740169797.5
2.11-2.270.2551549.20.19415230.0211722167797.4
2.27-2.50.23417410.30.18415100.0181731168497.2
2.5-2.860.21918310.80.17915090.0161746169296.9
2.86-3.60.2317610.60.19914800.0171731165695.7
3.6-39.110.18716610.10.1814790.0151783164592.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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