PDB-2h0r: Structure of the Yeast Nicotinamidase Pnc1p

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h0r

タイトル

Structure of the Yeast Nicotinamidase Pnc1p

要素

Nicotinamidase

キーワード

HYDROLASE / nicotinamidase / NAD+ salvage pathway

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinate nucleotide salvage / negative regulation of DNA amplification / nicotinamidase activity / nicotinamidase / rDNA heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / peroxisome / chromosome, telomeric region / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散,

多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Taylor, A.B. / Hu, G. / Hart, P.J. / McAlister-Henn, L.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the yeast nicotinamidase Pnc1p.
著者: Hu, G. / Taylor, A.B. / McAlister-Henn, L. / Hart, P.J.

履歴

登録	2006年5月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h0r.cif.gz	299.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h0r.ent.gz	247.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h0r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3v8e-7 3v8e-3 3v8e-1 3v8e-4 3v8e-5 5za7-d 3v8e-2 1fjl-1 4nfz-2 1owi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinamidase

B: Nicotinamidase

C: Nicotinamidase

D: Nicotinamidase

E: Nicotinamidase

F: Nicotinamidase

G: Nicotinamidase

ヘテロ分子

176 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nicotinamidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nicotinamidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Nicotinamidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Nicotinamidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Nicotinamidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Nicotinamidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Nicotinamidase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	302.040, 302.040, 112.120
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 216 / Label seq-ID: 1 - 216

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E
6	F	F
7	G	G

#1: タンパク質	Nicotinamidase / Nicotine deamidase / NAMase 分子量: 25030.332 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: MMYO11 / 参照: UniProt: P53184, nicotinamidase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.9M sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1
4		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-BM	1	1.0332
シンクロトロン	APS	19-BM	2	1.0719
シンクロトロン	ALS	8.2.1	3	1.1401,1.1405,1.1390
シンクロトロン	ALS	8.2.1	4	1.8

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
CUSTOM-MADE	1	CCD	2004年2月11日
CUSTOM-MADE	2	CCD	2004年8月19日
ADSC QUANTUM 210	3	CCD	2004年11月23日
ADSC QUANTUM 210	4	CCD	2004年11月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0332	1
2	1.0719	1
3	1.1401	1
4	1.1405	1
5	1.139	1
6	1.8	1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 84498 / Num. obs: 84498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 71.5 Å² / R_sym value: 0.07 / Net I/σ(I): 21

反射シェル

解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 8439 / R_sym value: 0.559 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散,

多重同系置換・異常分散
解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 22.497 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21997	4226	5 %	RANDOM
R_work	0.18912	-	-	-
all	0.19066	80251	-	-
obs	0.19066	80251	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7 Å²	0.35 Å²	0 Å²
2-	-	0.7 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12341	0	7	0	12348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	12663
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.331	1.936	17227
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.577	5	1505
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.6	24.713	609
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.969	15	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.218	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	1911
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9576
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	5955
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	8718
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.143	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.134	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.117	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.419	1.5	7686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.778	2	12425
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.319	3	5594
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.132	4.5	4802

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1763 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	loose positional	0.39	5
2	B	loose positional	0.36	5
3	C	loose positional	0.35	5
4	D	loose positional	0.37	5
5	E	loose positional	0.49	5
6	F	loose positional	0.49	5
7	G	loose positional	0.37	5
1	A	loose thermal	3.21	10
2	B	loose thermal	2.32	10
3	C	loose thermal	1.76	10
4	D	loose thermal	2.29	10
5	E	loose thermal	1.91	10
6	F	loose thermal	1.96	10
7	G	loose thermal	1.88	10

LS精密化シェル

解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.291	308	-
R_work	0.259	5957	-
obs	-	6265	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3489	-0.0772	0.3171	2.6394	-1.2852	3.6878	-0.0914	0.0393	-0.0805	-0.2781	0.0363	0.0701	0.1824	-0.2428	0.0551	-0.5263	0.0743	-0.0199	-0.4207	-0.0431	-0.5184	-44.0149	267.425	5.9927
2	3.378	0.3498	-0.6394	2.537	-0.7656	3.0905	-0.0154	-0.4686	0.4584	0.4291	-0.0634	-0.4138	-0.2319	0.5784	0.0788	-0.4471	0.051	0.0048	-0.1055	-0.0472	-0.292	-10.5656	267.9057	14.9839
3	2.2453	-0.7722	-0.1213	2.4398	-0.1129	5.3552	-0.2238	-0.3476	0.6285	0.3127	0.1037	-0.2574	-0.9619	0.1413	0.1201	-0.1243	0.1592	-0.0793	-0.2744	-0.1429	-0.2438	-52.7329	298.5272	17.584
4	2.8765	-0.5636	-0.4073	4.2962	0.1985	3.4075	-0.1507	0.7025	-0.3217	-0.5967	-0.0177	-0.1859	0.3101	0.223	0.1684	-0.2459	0.2257	0.1059	0.2511	-0.0446	-0.1851	1.9042	250.1705	-11.8303
5	3.1034	0.2017	0.1911	2.3196	0.0249	2.6422	-0.053	-0.5228	-0.3072	0.6761	0.0057	-0.2921	0.388	-0.0402	0.0474	0.1339	0.5148	0.0709	0.63	-0.0454	0.3878	27.6001	234.4805	5.0548
6	1.7369	-0.2078	0.2722	3.2948	0.406	3.6234	-0.1551	0.4701	0.7835	-0.3586	0.1126	-0.0583	-0.7291	-0.0314	0.0425	0.1366	0.451	0.0294	0.5673	0.0446	0.5501	50.9712	233.6467	-20.2325
7	3.7355	-0.0521	0.8811	2.6338	-0.3256	4.4693	-0.0636	-0.0824	-0.4825	0.2443	0.0521	0.6106	0.5029	-0.7391	0.0114	-0.1026	0.2842	0.113	0.3063	-0.0804	0.0377	65.6205	203.7313	-11.5816

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 216
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 216
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 216
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 216
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 216
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 216
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 216

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