[日本語] English
万見
- PDB-2h0r: Structure of the Yeast Nicotinamidase Pnc1p -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h0r
タイトルStructure of the Yeast Nicotinamidase Pnc1p
要素Nicotinamidase
キーワードHYDROLASE / nicotinamidase / NAD+ salvage pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate nucleotide salvage / negative regulation of DNA amplification / nicotinamidase activity / nicotinamidase / rDNA heterochromatin formation / subtelomeric heterochromatin formation / peroxisome / chromosome, telomeric region / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Hu, G. / Hart, P.J. / McAlister-Henn, L.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the yeast nicotinamidase Pnc1p.
著者: Hu, G. / Taylor, A.B. / McAlister-Henn, L. / Hart, P.J.
履歴
登録2006年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Nicotinamidase
B: Nicotinamidase
C: Nicotinamidase
D: Nicotinamidase
E: Nicotinamidase
F: Nicotinamidase
G: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,67014
ポリマ－175,2127
非ポリマー4587
水00
1
A: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0962
ポリマ－25,0301
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0962
ポリマ－25,0301
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0962
ポリマ－25,0301
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0962
ポリマ－25,0301
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0962
ポリマ－25,0301
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0962
ポリマ－25,0301
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Nicotinamidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0962
ポリマ－25,0301
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)302.040, 302.040, 112.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 1 - 216 / Label seq-ID: 1 - 216

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG

-
要素

#1: タンパク質
Nicotinamidase / Nicotine deamidase / NAMase


分子量: 25030.332 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: MMYO11 / 参照: UniProt: P53184, nicotinamidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.9M sodium citrate, 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 19-BM11.0332
シンクロトロンAPS 19-BM21.0719
シンクロトロンALS 8.2.131.1401,1.1405,1.1390
シンクロトロンALS 8.2.141.8
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1CCD2004年2月11日
CUSTOM-MADE2CCD2004年8月19日
ADSC QUANTUM 2103CCD2004年11月23日
ADSC QUANTUM 2104CCD2004年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
21.07191
31.14011
41.14051
51.1391
61.81
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 84498 / Num. obs: 84498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 71.5 Å2 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 8439 / Rsym value: 0.559 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 多重同系置換・異常分散
解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 22.497 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.255 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21997 4226 5 %RANDOM
Rwork0.18912 ---
all0.19066 80251 --
obs0.19066 80251 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 77.431 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.7 Å20.35 Å20 Å2
2--0.7 Å20 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12341 0 7 0 12348
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02212663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3311.93617227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.57751505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.624.713609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.969152205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.2181549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.25955
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.28718
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1430.2419
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1340.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1580.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1170.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4191.57686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.778212425
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.31935594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1324.54802
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1763 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Aloose positional0.395
2Bloose positional0.365
3Cloose positional0.355
4Dloose positional0.375
5Eloose positional0.495
6Floose positional0.495
7Gloose positional0.375
1Aloose thermal3.2110
2Bloose thermal2.3210
3Cloose thermal1.7610
4Dloose thermal2.2910
5Eloose thermal1.9110
6Floose thermal1.9610
7Gloose thermal1.8810
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 308 -
Rwork0.259 5957 -
obs-6265 99.97 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3489-0.07720.31712.6394-1.28523.6878-0.09140.0393-0.0805-0.27810.03630.07010.1824-0.24280.0551-0.52630.0743-0.0199-0.4207-0.0431-0.5184-44.0149267.4255.9927
23.3780.3498-0.63942.537-0.76563.0905-0.0154-0.46860.45840.4291-0.0634-0.4138-0.23190.57840.0788-0.44710.0510.0048-0.1055-0.0472-0.292-10.5656267.905714.9839
32.2453-0.7722-0.12132.4398-0.11295.3552-0.2238-0.34760.62850.31270.1037-0.2574-0.96190.14130.1201-0.12430.1592-0.0793-0.2744-0.1429-0.2438-52.7329298.527217.584
42.8765-0.5636-0.40734.29620.19853.4075-0.15070.7025-0.3217-0.5967-0.0177-0.18590.31010.2230.1684-0.24590.22570.10590.2511-0.0446-0.18511.9042250.1705-11.8303
53.10340.20170.19112.31960.02492.6422-0.053-0.5228-0.30720.67610.0057-0.29210.388-0.04020.04740.13390.51480.07090.63-0.04540.387827.6001234.48055.0548
61.7369-0.20780.27223.29480.4063.6234-0.15510.47010.7835-0.35860.1126-0.0583-0.7291-0.03140.04250.13660.4510.02940.56730.04460.550150.9712233.6467-20.2325
73.7355-0.05210.88112.6338-0.32564.4693-0.0636-0.0824-0.48250.24430.05210.61060.5029-0.73910.0114-0.10260.28420.1130.3063-0.08040.037765.6205203.7313-11.5816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 216
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 216
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 216
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 216
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 216
7X-RAY DIFFRACTION7G1 - 216

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る