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- PDB-2h0k: Crystal Structure of a Mutant of Rat Annexin A5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2h0k
タイトルCrystal Structure of a Mutant of Rat Annexin A5
要素Annexin A5
キーワードBLOOD CLOTTING / PHOSPHOLIPID MEMBRANE BINDING PROTEINS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of prolactin secretion / cellular response to gonadotropin-releasing hormone / Platelet degranulation / regulation of flagellated sperm motility / endothelial microparticle / cellular response to lead ion / P-type calcium transporter activity / response to thyroid hormone / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane ...negative regulation of prolactin secretion / cellular response to gonadotropin-releasing hormone / Platelet degranulation / regulation of flagellated sperm motility / endothelial microparticle / cellular response to lead ion / P-type calcium transporter activity / response to thyroid hormone / calcium-dependent phospholipid binding / vesicle membrane / phosphatidylserine binding / peptide hormone binding / intercalated disc / negative regulation of blood coagulation / axon terminus / cell projection / sarcolemma / receptor tyrosine kinase binding / Z disc / response to calcium ion / synaptic vesicle membrane / blood coagulation / synaptic vesicle / perikaryon / positive regulation of apoptotic process / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / calcium ion binding / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Annexin A5 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. ...Annexin A5 / Annexin / Annexin repeat, conserved site / Annexin repeat signature. / Annexin / Annexin / Annexin repeats / Annexin repeat / Annexin superfamily / Annexin repeat profile. / Annexin V; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Granier, T. / Langlois D'Estaintot, B. / Gallois, B. / Tessier, B. / Brisson, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2011
タイトル: Annexin-A5 assembled into two-dimensional arrays promotes cell membrane repair.
著者: Bouter, A. / Gounou, C. / Berat, R. / Tan, S. / Gallois, B. / Granier, T. / d'Estaintot, B.L. / Poschl, E. / Brachvogel, B. / Brisson, A.R.
履歴
登録2006年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月2日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年1月9日Group: Database references
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Annexin A5
B: Annexin A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,05124
ポリマ－71,1702
非ポリマー88222
水2,648147
1
A: Annexin A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,02612
ポリマ－35,5851
非ポリマー44111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Annexin A5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,02612
ポリマ－35,5851
非ポリマー44111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.108, 67.184, 112.313
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.79, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAMETMETAA2 - 261 - 25
21ALAALAMETMETBB2 - 261 - 25
12GLYGLYASPASPAA30 - 31929 - 318
22GLYGLYASPASPBB30 - 31929 - 318

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Annexin A5 / Annexin V / Lipocortin V / Endonexin II / Calphobindin I / CBP-I / Placental anticoagulant protein ...Annexin V / Lipocortin V / Endonexin II / Calphobindin I / CBP-I / Placental anticoagulant protein I / PAP-I / PP4 / Thromboplastin inhibitor / Vascular anticoagulant-alpha / VAC-alpha / Anchorin CII


分子量: 35584.848 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Anxa5 / プラスミド: PET3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14668
#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: PEG 8000, CALCIUM ACETATE, SODIUM CACODYLATE, SODIUM AZIDE, PH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K, pH 6.40

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年11月24日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→33.59 Å / Num. all: 19089 / Num. obs: 19089 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 41 Å2 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.76→2.91 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.374 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A8A

1a8a


解像度: 2.76→33.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.396 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 981 5.1 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.201 18179 --
obs0.201 18179 97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20.34 Å2
2--1.04 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→33.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4996 0 22 147 5165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0225152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2291.9776858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9585638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35524.8250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.85915934
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1811536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2782
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023816
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.22483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23606
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2214
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2420.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.26
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0750.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.20933220
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.165050
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.51861932
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1731808
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1100tight positional0.030.05
21164tight positional0.030.05
183medium positional0.190.5
21139medium positional0.190.5
1100tight thermal0.050.5
21164tight thermal0.060.5
183medium thermal0.452
21139medium thermal0.442
LS精密化 シェル解像度: 2.76→2.83 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 65 -
Rwork0.271 1173 -
obs--83.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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