PDB-2h0b: Crystal Structure of the second LNS/LG domain from Neurexin 1 alpha

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2h0b

タイトル

Crystal Structure of the second LNS/LG domain from Neurexin 1 alpha

要素

Neurexin-1-alpha

キーワード

CELL ADHESION / b-sandwich

機能・相同性

機能・相同性情報

neuroligin family protein binding / cell projection / presynaptic membrane / cell adhesion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Sheckler, L.R. / Henry, L. / Sugita, S. / Sudhof, T.C. / Rudenko, G.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of the Second LNS/LG Domain from Neurexin 1{alpha}: Ca2+ binding and the effects of alternative splicing
著者: Sheckler, L.R. / Henry, L. / Sugita, S. / Sudhof, T.C. / Rudenko, G.

履歴

登録	2006年5月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 999

SEQUENCE The sequence corresponds to isoform 9 of UNP entry NRX1A_BOVIN.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2h0b.cif.gz	164.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2h0b.ent.gz	127.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2h0b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2h0b_validation.pdf.gz	463.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2h0b_full_validation.pdf.gz	472.2 KB	表示
XML形式データ	2h0b_validation.xml.gz	38.1 KB	表示
CIF形式データ	2h0b_validation.cif.gz	50.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/2h0b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5glx-d 2jnp-d 2w7u-2 3s8j-1 5b5s-d 2i2s-2 2ayk-d 2w7u-3 2w7u-4 5a0d-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (4) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (4) #17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Neurexin-1-alpha

B: Neurexin-1-alpha

C: Neurexin-1-alpha

D: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

81.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Neurexin-1-alpha

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.032, 61.586, 66.640
Angle α, β, γ (deg.)	78.47, 78.74, 84.68
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	A
6	1	B
7	1	C
8	1	D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	280 - 357	4 - 81
2	1	GLU	GLU	PRO	PRO	B	B	280 - 357	4 - 81
3	1	GLU	GLU	PRO	PRO	C	C	280 - 357	4 - 81
4	1	GLU	GLU	PRO	PRO	D	D	280 - 357	4 - 81
5	2	GLY	GLY	HIS	HIS	A	A	360 - 473	84 - 182
6	2	GLY	GLY	HIS	HIS	B	B	360 - 473	84 - 182
7	2	GLY	GLY	HIS	HIS	C	C	360 - 473	84 - 182
8	2	GLY	GLY	HIS	HIS	D	D	360 - 473	84 - 182

#1: タンパク質	Neurexin-1-alpha / Neurexin I-alpha 分子量: 20353.170 Da / 分子数: 4 / 断片: second LNS/LG domain (residues 295-476) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: NRXN1 / プラスミド: PGEX-KG / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q28146
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.74 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% P8000, 0.1M Tris, 5mM CaCl2, 1% glycerol, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CHESS

/ ビームライン: F2 / 波長: 0.978952, 0.979338, 0.980111

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月1日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.978952	1
2	0.979338	1
3	0.980111	1

Reflection

D res high: 2.1 Å / D res low: 40 Å

冗長度 (%)	ID	Av σ(I) over netI	数	R_merge(I) obs	Χ²	Num. obs	% possible obs
3.7	1	10.9	190980	0.089	1.5	52304	98.1
3.7	2	12.2	191448	0.09	1.55	52276	98.2
3.6	3	11.3	187261	0.072	0.96	51547	96.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.52	40	99.5	1	0.063	3.671	3.8
3.59	4.52	99.1	1	0.059	1.79	3.9
3.14	3.59	98.8	1	0.075	1.592	3.9
2.85	3.14	98.5	1	0.098	1.5	3.9
2.65	2.85	98.2	1	0.134	1.381	3.8
2.49	2.65	98	1	0.179	1.113	3.7
2.37	2.49	97.6	1	0.213	0.955	3.6
2.26	2.37	97.6	1	0.26	0.811	3.6
2.18	2.26	97.3	1	0.305	0.958	3.4
2.1	2.18	96.6	1	0.324	0.714	2.9
4.52	40	99.5	2	0.056	2.235	3.9
3.59	4.52	99.1	2	0.07	2.201	3.9
3.14	3.59	98.8	2	0.087	2.061	3.9
2.85	3.14	98.5	2	0.101	1.774	3.9
2.65	2.85	98.2	2	0.13	1.671	3.8
2.49	2.65	98	2	0.166	1.253	3.7
2.37	2.49	97.7	2	0.194	1.037	3.6
2.26	2.37	97.6	2	0.235	0.89	3.6
2.18	2.26	97.3	2	0.276	1.163	3.4
2.1	2.18	96.9	2	0.291	0.778	2.9
4.52	40	99.5	3	0.039	1	3.9
3.59	4.52	99.1	3	0.047	1.005	3.9
3.14	3.59	98.8	3	0.065	1.07	3.9
2.85	3.14	98.5	3	0.088	1.072	3.9
2.65	2.85	98.2	3	0.13	1.097	3.8
2.49	2.65	98	3	0.176	0.928	3.7
2.37	2.49	97.6	3	0.213	0.833	3.6
2.26	2.37	97.3	3	0.24	0.759	3.5
2.18	2.26	93	3	0.257	0.968	3.2
2.1	2.18	85.9	3	0.265	0.771	2.7

反射

解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 51547 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 0.964 / Net I/σ(I): 11.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	2.7	0.265	4563	0.771	1	85.9
2.18-2.26	3.2	0.257	4969	0.968	1	93
2.26-2.37	3.5	0.24	5250	0.759	1	97.3
2.37-2.49	3.6	0.213	5173	0.833	1	97.6
2.49-2.65	3.7	0.176	5231	0.928	1	98
2.65-2.85	3.8	0.13	5245	1.097	1	98.2
2.85-3.14	3.9	0.088	5249	1.072	1	98.5
3.14-3.59	3.9	0.065	5267	1.07	1	98.8
3.59-4.52	3.9	0.047	5291	1.005	1	99.1
4.52-40	3.9	0.039	5309	1	1	99.5

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	40.976	0.988	0.001	0.013	0.66
2	Se	26.405	0.569	0.346	0.513	0.677
3	Se	60	0.725	0.56	0.453	0.781
4	Se	41.338	0.265	0.298	0.072	0.618
5	Se	39.15	0.384	0.656	0.287	0.8
6	Se	23.181	0.823	0.968	0.891	0.683
7	Se	39.915	0.971	0.091	0.275	0.729
8	Se	43.872	0.423	0.515	0.015	0.827
9	Se	41.208	0.988	0.85	0.541	0.645
10	Se	30.775	0.151	0.887	0.348	0.519
11	Se	36.817	0.63	0.32	0.698	0.539
12	Se	32.239	0.345	0.53	0.218	0.484
13	Se	38.689	0.001	0.761	0.832	0.467
14	Se	25.012	0.603	0.209	0.832	0.407
15	Se	58.326	0.164	0.966	0.963	0.65
16	Se	57.783	0.811	0.88	0.541	0.519

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 22156

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
9.13-100	56.6	0.905	512
7.51-9.13	52.8	0.911	501
6.65-7.51	60	0.896	516
6.09-6.65	63.3	0.891	503
5.65-6.09	60.7	0.894	556
5.3-5.65	52.7	0.897	596
5-5.3	60.1	0.898	601
4.75-5	53.3	0.914	660
4.53-4.75	52.2	0.909	700
4.34-4.53	57.5	0.882	720
4.18-4.34	54.4	0.881	755
4.03-4.18	68.8	0.848	774
3.89-4.03	65.7	0.812	794
3.77-3.89	65.6	0.832	847
3.66-3.77	66	0.833	859
3.56-3.66	64.4	0.829	877
3.46-3.56	71.6	0.815	915
3.38-3.46	73.5	0.799	932
3.3-3.38	68.4	0.787	955
3.22-3.3	70.9	0.76	963
3.15-3.22	72.1	0.747	997
3.08-3.15	70.4	0.749	1033
3.02-3.08	75.5	0.735	1045
2.96-3.02	77.2	0.712	1072
2.91-2.96	76.2	0.692	1066
2.86-2.91	80.4	0.639	1103
2.8-2.86	77.4	0.599	1304

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.05	位相決定
直接法		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 10.098 / SU ML: 0.137 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The authors state that the following water molecules have shown varying quality of electron density as refinement of the model progressed and are therefore considered not reliably known: HOH ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.233	2577	5 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
all	0.186	-	-	-
obs	0.18607	51492	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.373 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.21 Å²	3.82 Å²	-0.68 Å²
2-	-	0.15 Å²	-0.71 Å²
3-	-	-	-1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5553	0	28	444	6025

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	5672
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.391	1.95	7674
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.085	5	719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.836	25.333	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.908	15	933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.045	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	863
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	3763
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	457
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.133	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.229	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.253	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.068	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.741	1.5	3666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.042	2	5749
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.014	3	2250
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.005	4.5	1925

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1303 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
2	B	LOOSE POSITIONAL	0.4	5
3	C	LOOSE POSITIONAL	0.44	5
4	D	LOOSE POSITIONAL	0.39	5
1	A	LOOSE THERMAL	1.63	10
2	B	LOOSE THERMAL	1.58	10
3	C	LOOSE THERMAL	1.66	10
4	D	LOOSE THERMAL	1.73	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.286	158	-
R_work	0.248	3087	-
obs	-	3245	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1744	-1.0625	0.7758	2.4769	-0.1437	4.0717	0.2082	0.0648	-0.1702	-0.0255	-0.0969	0.0233	0.2985	0.0552	-0.1113	-0.1882	-0.0572	0.0182	-0.1876	0.0145	-0.1438	1.2632	5.3942	51.5698
2	2.2995	-0.7619	0.1012	2.8266	0.7323	3.4326	-0.092	-0.1057	0.0822	0.0479	0.0888	-0.0796	-0.1219	-0.0139	0.0032	-0.2272	-0.0564	0.0114	-0.1826	0.0242	-0.1577	9.8688	-1.5674	16.5624
3	3.7993	-3.0095	0.7416	4.5808	-0.3568	2.8048	0.0913	0.1279	0.1074	-0.2031	-0.1212	-0.2079	-0.021	0.3101	0.0299	-0.0958	0.0003	-0.0017	-0.0505	-0.0033	-0.1663	41.3158	32.8735	29.8594
4	3.6221	-2.8025	-0.2295	4.7081	0.3913	1.7215	0.165	0.0225	0.2444	-0.2322	-0.2018	-0.2105	0.0462	-0.1629	0.0369	-0.101	-0.0602	0.033	-0.1507	0.0038	-0.1135	28.6061	25.2002	-0.4187

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	280 - 475	4 - 184
2	2	B	B	280 - 475	4 - 184
3	3	C	C	278 - 475	2 - 184
4	4	D	D	279 - 475	3 - 184

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)