[日本語] English
万見
- PDB-2gxu: HERA N-terminal domain in complex with orthophosphate, crystal form 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gxu
タイトルHERA N-terminal domain in complex with orthophosphate, crystal form 1
要素heat resistant RNA dependent ATPase
キーワードHYDROLASE / RNA helicase / atomic resolution / AMP complex / ribosome biogenesis / thermophilic
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD box helicase Hera, RNA-binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain ...: / : / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD box helicase Hera, RNA-binding domain / : / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Heat resistant RNA dependent ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure and Nucleotide Binding of the Thermus thermophilus RNA Helicase Hera N-terminal Domain.
著者: Rudolph, M.G. / Heissmann, R. / Wittmann, J.G. / Klostermeier, D.
履歴
登録2006年5月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 300 BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 ... BIOMOLECULE: 1 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THE AUTHORS STATE THE BIOLOGICAL UNIT IS EITHER A MONOMER OR A DIMER AS SHOWN IN REMARK 350.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4382
ポリマ－22,3431
非ポリマー951
水4,125229
1
A: heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子

A: heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8764
ポリマ－44,6862
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)78.554, 53.655, 44.671
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.29, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-522-

HOH

詳細Biological assembly could be a dimer, see publication for details

-
要素

#1: タンパク質 heat resistant RNA dependent ATPase


分子量: 22342.953 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
生物種: Thermus thermophilus / 株: HB-27 / 遺伝子: HERA / プラスミド: pET27b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O07897
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 14% PEG6000, 0.3M CaCl2, 0.1M Tris/HCl pH7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5419 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年4月27日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→50 Å / Num. all: 21117 / Num. obs: 21117 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 21 Å2 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.66→1.72 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1405 / Rsym value: 0.382 / % possible all: 64.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345データ収集
HKL-2000データスケーリング
COMO位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.67→30.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 2.38 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20971 1074 5.1 %RANDOM
Rwork0.16682 ---
obs0.16914 20042 97.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.508 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20.5 Å2
2---0.35 Å20 Å2
3---0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.67→30.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1746 0 5 229 1980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021303
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5462.0172510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96333220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2225261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.65922.85777
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.56415342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.781521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022060
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.21414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.2842
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.21017
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1750.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2620.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9381.51171
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2391.5446
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4921863
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1623710
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4634.5619
LS精密化 シェル解像度: 1.666→1.709 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 55 -
Rwork0.28 1050 -
obs--69.32 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る