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万見
- PDB-2gwr: Crystal structure of the response regulator protein mtrA from Myc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gwr
タイトルCrystal structure of the response regulator protein mtrA from Mycobacterium Tuberculosis
要素DNA-binding response regulator mtrA
キーワードSIGNALING PROTEIN / Two-component regulatory system / Transcription regulation / Phosphorylation / DNA-binding / OmpR family
機能・相同性
機能・相同性情報


biological process involved in interaction with host / phosphorelay response regulator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / protein phosphorylation / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain ...: / : / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA-binding response regulator MtrA
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Friedland, N. / Mack, T.R. / Yu, M. / Bursey, E.H. / Hung, L.W. / Stock, A.M. / Waldo, G.S. / Terwilliger, T.C.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: Domain orientation in the inactive response regulator Mycobacterium tuberculosis MtrA provides a barrier to activation.
著者: Friedland, N. / Mack, T.R. / Yu, M. / Hung, L.W. / Terwilliger, T.C. / Waldo, G.S. / Stock, A.M.
履歴
登録2006年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator mtrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,0734
ポリマ－26,8491
非ポリマー2243
水1,44180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.916, 56.598, 135.069
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding response regulator mtrA


分子量: 26848.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: MT3344, MTCY20B11.21c, mtrA, Rv3246c / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) gold / 参照: UniProt: C6DXJ2, UniProt: P9WGM7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 80 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.79 %
結晶化温度: 277 K / pH: 8
詳細: 10 mM Tris, 100 mM NaCl, 1mM beta-mercaptoethanol, pH 8.0, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97972, 0.97952, 0.91840
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979721
20.979521
30.91841
Reflection

D res low: 50 Å

冗長度 (%)IDAv σ(I) over netI数Rmerge(I) obsΧ2D res high (Å)Num. obs% possible obs
7.519.11000930.1181.512.31331797.7
8.4211.5604420.1131.582.5716267.5
8.638.5611320.1191.292.5709966.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.955099.910.1053.0897.6
3.934.9510010.0781.6198.1
3.443.9399.910.0931.4817.8
3.123.4498.510.1291.4867.6
2.93.1297.710.1751.3477.5
2.732.997.110.2361.2567.5
2.592.7396.510.3241.1977.4
2.482.5995.110.4241.1737.5
2.382.489610.5331.097.4
2.32.3895.310.6471.0156.6
5.385060.320.1032.23910.4
4.275.3864.520.0861.71710.4
3.734.2766.920.0951.6969.5
3.393.7367.720.1131.6718.5
3.153.3968.420.151.6248.1
2.963.1568.520.1951.4117.7
2.822.9669.220.2631.3577.5
2.692.827020.3471.2377.4
2.592.6970.320.4411.2577.4
2.52.5970.320.6031.2087.3
5.385059.730.0931.77410.5
4.275.3864.230.091.46510.5
3.734.2766.430.1031.5139.6
3.393.7366.830.121.3868.6
3.153.3967.330.1561.2568.3
2.963.1566.130.2151.1138.1
2.822.9668.730.2951.0197.8
2.692.8267.630.3921.0477.7
2.592.6968.330.4890.9777.7
2.52.5967.230.6431.0017.3
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 24365 / Num. obs: 24268 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Χ2: 1.789 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2348 / Rsym value: 0.39 / Χ2: 0.978 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→43.309 Å / FOM work R set: 0.814 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.244 886 random
Rwork0.204 --
all0.204 18009 -
obs0.204 18009 -
原子変位パラメータBiso max: 108.637 Å2 / Biso mean: 33.851 Å2 / Biso min: 16.982 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.309 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1746 0 13 80 1839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.229

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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