[日本語] English
万見
- PDB-2gwe: Crystal structure of D(G4T4G4) with six quadruplexes in the asymm... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gwe
タイトルCrystal structure of D(G4T4G4) with six quadruplexes in the asymmetric unit.
要素5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
キーワードDNA / OXYTRICHA / G-QUARTET / G-QUADRUPLEX / G-TETRAD / G-TETRAPLEX / SIX QUADRUPLEXES / ASYMMETRIC UNIT.
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lee, M.P.H. / Haider, S. / Parkinson, G.N. / Neidle, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of D(G4T4G4) with four and six quadruplexes in the asymmetric unit.
著者: Lee, M.P.H. / Haider, S. / Parkinson, G.N. / Neidle, S.
履歴
登録2006年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: computing
改定 1.62023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
G: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
I: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
J: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
K: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
L: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,83842
ポリマ－45,66612
非ポリマー1,17330
水2,936163
1
A: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8067
ポリマ－7,6112
非ポリマー1955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8067
ポリマ－7,6112
非ポリマー1955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8067
ポリマ－7,6112
非ポリマー1955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
H: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8067
ポリマ－7,6112
非ポリマー1955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
I: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
J: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8067
ポリマ－7,6112
非ポリマー1955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
K: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
L: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8067
ポリマ－7,6112
非ポリマー1955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.645, 78.881, 97.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*GP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3805.460 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: OXYTRICHA NOVA TELOMERIC SEQUENCE
#2: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.3 %
結晶化温度: 285 K / pH: 7
詳細: MAGNESIUM CHLORIDE, POTASSIUM CHLORIDE, SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE, DNA, BR-ACO-19, MPD, POTASSIUM CACODYLATE BUFFER, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K, pH 7.00
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MAGNESIUM CHLORIDE11
2POTASSIUM CHLORIDE11
3SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE11
4MPD11
5POTASSIUM CACODYLATE11
6H2O11
7MAGNESIUM CHLORIDE12
8POTASSIUM CHLORIDE12
9MPD12
10POTASSIUM CACODYLATE12

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.862451
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年4月28日 / 詳細: A CYLINDRICAL GRAZING INCIDENCE MIRROR
放射モノクロメーター: LIQUID NITROGEN COOLED CHANNEL-CUT SILICON MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.862451 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→17 Å / Num. obs: 18290 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 4.95 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 15.46
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.263 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
CNS精密化
ADSCデータ収集
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: THE FIRST QUADRUPLEX OF NDB ENTRY CODE UD0014 OR PDB ENTRY CODE 1JRN WITH NOTHING ELSE.

1jrn


解像度: 2.2→8 Å / Num. parameters: 12931 / Num. restraintsaints: 15033 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 1787 9.994 %RANDOM
all0.233 17881 --
obs0.229 -83.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-228
原子変位パラメータBiso mean: 14.91 Å2
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 3229
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3036 30 163 3229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.003
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.04
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.077
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る