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- PDB-2gvk: Crystal structure of a dye-decolorizing peroxidase (DyP) from Bac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gvk
タイトルCrystal structure of a dye-decolorizing peroxidase (DyP) from Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 at 1.6 A resolution
要素Heme peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / pc04261d / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI / Heme peroxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxidase activity / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Dyp-type peroxidase, C-terminal / Dyp-type peroxidase, N-terminal / DyP-type peroxidase family. / Dyp-type peroxidase / Dimeric alpha-beta barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Unknown ligand / : / Peroxidase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Crystal structures of two novel dye-decolorizing peroxidases reveal a beta-barrel fold with a conserved heme-binding motif.
著者: Zubieta, C. / Krishna, S.S. / Kapoor, M. / Kozbial, P. / McMullan, D. / Axelrod, H.L. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / ...著者: Zubieta, C. / Krishna, S.S. / Kapoor, M. / Kozbial, P. / McMullan, D. / Axelrod, H.L. / Miller, M.D. / Abdubek, P. / Ambing, E. / Astakhova, T. / Carlton, D. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Deller, M.C. / Duan, L. / Elsliger, M.A. / Feuerhelm, J. / Grzechnik, S.K. / Hale, J. / Hampton, E. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kumar, A. / Marciano, D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Okach, L. / Oommachen, S. / Reyes, R. / Rife, C.L. / Schimmel, P. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / White, A. / Xu, Q. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2006年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 999SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,19613
ポリマ－35,6361
非ポリマー56012
水5,747319
1
A: Heme peroxidase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)217,17678
ポリマ－213,8176
非ポリマー3,35972
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area29340 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area62540 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)109.090, 109.090, 122.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Heme peroxidase


分子量: 35636.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_1219 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 29338526, UniProt: Q8A8E8*PLUS

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非ポリマー , 6種, 331分子

#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 4.5
詳細: 0.2M Li2SO4, 2.5M NaCl, 0.1M Acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97920, 0.97903, 0.91837
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月12日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.979031
30.918371
反射解像度: 1.6→29.05 Å / Num. obs: 56989 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 14.16 % / Biso Wilson estimate: 24.466 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.6-1.6690.40.8842.3707131018198.7
1.66-1.72940.7173.1688509135
1.72-1.895.20.56747972010539
1.8-1.996.40.415.38256510884
1.9-2.0297.50.2767.78002510522
2.02-2.1798.40.19310.37745110151
2.17-2.39990.12614.78225810740
2.39-2.7399.50.09418.48142710609
2.7399.80.06268247310787

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
XDSデータ削減
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.6→28.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.838 / SU ML: 0.05 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPOR DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE M ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPOR DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE M RESIDUES WAS REDUCED TO 0.7 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. THE ELECTRON DENISTY FOR RESIDUES 246-247 WAS DIFFICULT TO INTERPRET AND MAY BE POORLY MODELLED. 4. UNL (UNKNOWN LIGAND) WAS MODELLED INTO EXTRA DENSITY NEAR RESIDUES 247-249. THIS REGION MAY DENOTE THE PROTEIN ACTIVE SITE. 5. ADDITIONAL DENSITY NEAR UNL WAS INTERPRETED TO BE WATER. 6. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. THE MEAN B VALUE INCLUDING THE INDIVIDUAL AND TLS COMPONENTS IS 20.7 A**2.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19 2886 5.1 %RANDOM
Rwork0.164 ---
all0.165 ---
obs0.16542 56989 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.932 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20.28 Å20 Å2
2--0.56 Å20 Å2
3----0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→28.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2388 0 37 319 2744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0222660
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9571.9523637
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.57135552
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.995367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.63324.436133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.04315439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.5441515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.2536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2020.22345
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.21302
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21435
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1620.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1430.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.050.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2730.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2460.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.40811629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0251668
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.01732652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63451051
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1388955
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 218 -
Rwork0.243 3916 -
obs-4134 99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.1592-0.4698-0.17436.91143.481410.9094-0.1460.0416-0.52950.2411-0.07960.21420.5801-0.23840.22550.0667-0.00360.00580.0220.00510.012455.73744.7836.313
20.80270.1766-0.13310.2684-0.10450.5636-0.00560.06920.0542-0.01330.02530.0069-0.05040.0015-0.01970.0362-0.00120.00490.00630.0107-0.020751.76754.25915.208
30.7203-0.29-0.10210.28970.08410.43410.02440.08880.0047-0.01650.00980.0332-0.0197-0.145-0.03430.04270.0033-0.00740.04940.0275-0.003339.92856.94513.344
420.01398.72374.489311.10952.297310.18920.01681.0173-0.7085-0.40490.3467-0.60250.0050.5338-0.36350.04280.00430.02950.0857-0.0184-0.03467.65252.3931.449
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
118 - 209 - 21
2221 - 22222 - 223
33223 - 308224 - 309
44309 - 316310 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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