PDB-2gvh: Crystal structure of Acyl-CoA hydrolase (15159470) from AGROBACTE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gvh

タイトル

Crystal structure of Acyl-CoA hydrolase (15159470) from AGROBACTERIUM TUMEFACIENS at 2.65 A resolution

要素

AGR_L_2016p

キーワード

HYDROLASE / 15159470 / Acyl-CoA hydrolase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI

機能・相同性

機能・相同性情報

long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / acyl-CoA metabolic process / fatty acid catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Acyl-CoA hydrolase (15159470) from AGROBACTERIUM TUMEFACIENS at 2.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2006年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年1月25日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gvh.cif.gz	151.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gvh.ent.gz	117.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/2gvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/2gvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1ydg-2 2ide-2 4pyd-d 2ekn-1 3jqj-1 5b12-2 5f51-1 1gqf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 354259

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: AGR_L_2016p

B: AGR_L_2016p

C: AGR_L_2016p

ヘテロ分子

95.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.209, 121.209, 81.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	PHE	PHE	1	A	A	9 - 69	21 - 81
2	1	PRO	PRO	PHE	PHE	1	B	B	10 - 69	22 - 81
3	1	GLU	GLU	PHE	PHE	1	C	C	8 - 69	20 - 81
4	2	ARG	ARG	PRO	PRO	2	A	A	70 - 72	82 - 84
5	2	ARG	ARG	PRO	PRO	2	B	B	70 - 72	82 - 84
6	2	ARG	ARG	PRO	PRO	2	C	C	70 - 72	82 - 84
7	3	ALA	ALA	HIS	HIS	1	A	A	73 - 77	85 - 89
8	3	ALA	ALA	HIS	HIS	1	B	B	73 - 77	85 - 89
9	3	ALA	ALA	HIS	HIS	1	C	C	73 - 77	85 - 89
10	4	ILE	ILE	GLY	GLY	1	A	A	78 - 89	90 - 101
11	4	ILE	ILE	GLY	GLY	1	B	B	78 - 89	90 - 101
12	4	ILE	ILE	GLY	GLY	1	C	C	78 - 89	90 - 101
13	5	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	90	102
14	5	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	90	102
15	5	ARG	ARG	ARG	ARG	3	C	C	90	102
16	6	ARG	ARG	GLY	GLY	1	A	A	91 - 125	103 - 137
17	6	ARG	ARG	GLY	GLY	1	B	B	91 - 125	103 - 137
18	6	ARG	ARG	GLY	GLY	1	C	C	91 - 125	103 - 137
19	7	GLU	GLU	THR	THR	4	A	A	124 - 138	136 - 150
20	7	GLU	GLU	THR	THR	4	B	B	124 - 138	136 - 150
21	7	GLU	GLU	THR	THR	4	C	C	124 - 138	136 - 150
22	8	GLU	GLU	ALA	ALA	6	A	A	139 - 147	151 - 159
23	8	GLU	GLU	ALA	ALA	6	B	B	139 - 147	151 - 159
24	8	GLU	GLU	ALA	ALA	6	C	C	139 - 147	151 - 159
25	9	VAL	VAL	GLY	GLY	1	A	A	151 - 220	163 - 232
26	9	VAL	VAL	GLY	GLY	1	B	B	151 - 220	163 - 232
27	9	VAL	VAL	GLY	GLY	1	C	C	151 - 220	163 - 232
28	10	ARG	ARG	SER	SER	5	A	A	221 - 225	233 - 237
29	10	ARG	ARG	SER	SER	5	B	B	221 - 225	233 - 237
30	10	ARG	ARG	SER	SER	5	C	C	221 - 225	233 - 237
31	11	ILE	ILE	ASP	ASP	1	A	A	226 - 254	238 - 266
32	11	ILE	ILE	ASP	ASP	1	B	B	226 - 254	238 - 266
33	11	ILE	ILE	ASP	ASP	1	C	C	226 - 254	238 - 266
34	12	ARG	ARG	ILE	ILE	1	A	A	258 - 262	270 - 274
35	12	ARG	ARG	ILE	ILE	1	B	B	258 - 262	270 - 274
36	12	ARG	ARG	ILE	ILE	1	C	C	258 - 262	270 - 274

#1: タンパク質	AGR_L_2016p 分子量: 31961.771 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) 株: str. C58 / 遺伝子: 15159470 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 15159470, UniProt: Q7CTE6*PLUS, acyl-CoA hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.133836 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.750973 %
結晶化	温度: 277 K 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop pH: 8 詳細: 10.0% iso-Propanol, 0.1M Imidazole pH 8.0, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月3日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97942 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→48.7 Å / Num. obs: 35343 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 59.625 Å² / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 1.051 / Net I/σ(I): 10.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	Χ²	% possible all
2.5-2.59	55.1	2.5	0.508	2244	0.955	55.1
2.59-2.69	63.1	2.9	0.477	2586	1.014
2.69-2.82	70.8	3.2	0.393	2891	1.018
2.82-2.96	82.1	3.4	0.309	3339	1.054
2.96-3.15	90.7	3.6	0.23	3715	1.044
3.15-3.39	99	3.7	0.169	4059	1.138
3.39-3.73	100	3.8	0.12	4091	1.095
3.73-4.27	99.9	3.8	0.086	4111	0.958
4.27-5.39	99.6	3.8	0.069	4104	1.002
5.39-99	99.5	3.7	0.081	4203	1.133

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
DENZO		データ削減
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→48.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 20.06 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.411 / ESU R Free: 0.264
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. THE FOLLOWING AREAS HAVE POOR DENSITIES: 73-77, 138-147, 221-225, 254-262. DENSITY FOR LOOPS BETWEEN 138-147, 254-262 ISN'T OF SUFFICIENT QUALITY TO ASSIGN MAIN CHAIN AND SIDE CHAIN ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.244	1773	5 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
all	0.227	-	-	-
obs	0.22663	35321	86.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 66.083 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.13 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-5.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5443	0	1	0	5444

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	5545
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.41	1.94	7530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.055	5	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.575	22.108	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.311	15	823
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.227	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	895
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	3818
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.093	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.19	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.258	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.549	3	3694
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.779	5	5876
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.355	7	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.949	9	1654

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1576	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	B	1576	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	C	1576	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
1	A	123	MEDIUM POSITIONAL	0.3	0.5
2	B	123	MEDIUM POSITIONAL	0.48	0.5
3	C	123	MEDIUM POSITIONAL	0.35	0.5
1	A	48	LOOSE POSITIONAL	0.94	5
2	B	48	LOOSE POSITIONAL	1.17	5
3	C	48	LOOSE POSITIONAL	1.66	5
1	A	1576	TIGHT THERMAL	0.14	0.5
2	B	1576	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
3	C	1576	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
1	A	123	MEDIUM THERMAL	1.31	2
2	B	123	MEDIUM THERMAL	1.73	2
3	C	123	MEDIUM THERMAL	1.21	2
1	A	48	LOOSE THERMAL	9.71	10
2	B	48	LOOSE THERMAL	8.46	10
3	C	48	LOOSE THERMAL	6.25	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.569 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	86	-
R_work	0.337	1559	-
obs	-	1645	54.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2672	-0.9121	-0.6436	2.8775	-0.7454	0.9846	-0.0981	-0.2978	-0.419	0.3341	0.0549	-0.0495	0.0917	0.0992	0.0432	0.0674	0.0278	0.0655	-0.0483	0.1155	-0.1107	42.6188	14.138	18.8651
2	2.3143	-0.2785	-0.6021	3.0992	-0.3814	0.9987	-0.0691	0.0561	-0.4999	-0.2085	-0.1343	-0.3827	0.2369	0.1241	0.2034	-0.0463	0.0214	0.1231	-0.0697	0.0025	-0.1418	61.1782	20.4389	-4.2218
3	2.4754	-0.3682	-0.9272	1.3359	-0.2516	1.1281	0.066	0.2468	0.0175	-0.0592	-0.0631	0.1449	-0.1227	-0.0998	-0.0029	-0.1	0.0284	0.0219	-0.1333	0.0119	-0.2917	38.1233	39.039	2.1972

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	9 - 143	21 - 155
2	1	C	C	147 - 262	159 - 274
3	2	B	B	10 - 143	22 - 155
4	2	A	A	147 - 262	159 - 274
5	3	C	C	7 - 143	19 - 155
6	3	B	B	144 - 262	156 - 274

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)