PDB-2gv9: Crystal structure of the Herpes Simplex virus type 1 DNA polymerase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gv9

タイトル

Crystal structure of the Herpes Simplex virus type 1 DNA polymerase

要素

DNA polymerase

キーワード

TRANSFERASE / Polymerase alpha fold

機能・相同性

機能・相同性情報

viral DNA genome replication / ribonuclease H / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Liu, S.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the herpes simplex virus 1 DNA polymerase.
著者: Liu, S. / Knafels, J.D. / Chang, J.S. / Waszak, G.A. / Baldwin, E.T. / Deibel, M.R. / Thomsen, D.R. / Homa, F.L. / Wells, P.A. / Tory, M.C. / Poorman, R.A. / Gao, H. / Qiu, X. / Seddon, A.P.

履歴

登録	2006年5月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb2gv9.ent.gz	324.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gv9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gv9_validation.pdf.gz	475.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gv9_full_validation.pdf.gz	541.8 KB	表示
XML形式データ	2gv9_validation.xml.gz	74 KB	表示
CIF形式データ	2gv9_validation.cif.gz	100.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/2gv9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/2gv9	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6gri-d 3c2w-2 3nhq-2 5j72-d 6nna-d 3c2w-4 4o0m-d 1z0c-1 3c2w-1 4nst-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA polymerase

B: DNA polymerase

ヘテロ分子

266 kDa, 2 ポリマー
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1

A: DNA polymerase

登録者が定義した集合体
133 kDa, 1 ポリマー
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2

B: DNA polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
133 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	103.917, 125.550, 220.577
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 4

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	PHE	PHE	A	A	60 - 140	18 - 98
2	1	1	GLY	GLY	PHE	PHE	B	B	60 - 140	18 - 98
1	1	2	ASN	ASN	TYR	TYR	A	A	141 - 362	99 - 320
2	1	2	ASN	ASN	TYR	TYR	B	B	141 - 362	99 - 320
3	2	2	PRO	PRO	THR	THR	A	A	594 - 639	552 - 597
4	2	2	PRO	PRO	THR	THR	B	B	594 - 639	552 - 597
1	1	3	LYS	LYS	LEU	LEU	A	A	363 - 593	321 - 551
2	1	3	LYS	LYS	LEU	LEU	B	B	363 - 593	321 - 551
1	1	4	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	704 - 766	662 - 724
2	1	4	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	704 - 766	662 - 724
3	2	4	GLY	GLY	LYS	LYS	A	A	826 - 953	784 - 911
4	2	4	GLY	GLY	LYS	LYS	B	B	826 - 953	784 - 911
1	1	5	THR	THR	LEU	LEU	A	A	969 - 990	927 - 948
2	1	5	THR	THR	LEU	LEU	B	B	969 - 990	927 - 948
3	2	5	TYR	TYR	LYS	LYS	A	A	1160 - 1189	1118 - 1147
4	2	5	TYR	TYR	LYS	LYS	B	B	1160 - 1189	1118 - 1147
1	1	6	ALA	ALA	HIS	HIS	A	A	767 - 825	725 - 783
2	1	6	ALA	ALA	HIS	HIS	B	B	767 - 825	725 - 783

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	DNA polymerase 分子量: 132757.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) 属: Simplexvirus / 株: KOS / 遺伝子: UL30 / プラスミド: MBP-HSV1 POL 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P04292, DNA-directed DNA polymerase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#4: 化合物	ChemComp-GAI / GUANIDINE / グアニジン分子量: 59.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₅N₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100mM HEPES, 50mM ammonium sulphate, 5mM DTT, 100mM guanidine-HCl, 4% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1.0, 0.9794, 0.9504

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年11月1日

放射

モノクロメーター: Graphite / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	0.9794	1
3	0.9504	1

反射

解像度: 2.675→48.3 Å / Num. all: 81295 / Num. obs: 81295 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 4 / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 30.2

反射シェル

解像度: 2.675→2.8 Å / 冗長度: 8.2 % / R_merge(I) obs: 0.849 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
ADSC		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.68→48.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 27.05 / SU ML: 0.261 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.349 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28057	4070	5 %	RANDOM
R_work	0.22182	-	-	-
obs	0.2248	77153	98.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.287 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→48.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15905	0	15	87	16007

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	16290
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11160
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.815	1.964	22094
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.016	3	26997
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.824	5	2007
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.247	22.703	740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.681	15	2687
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.384	15	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	2457
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	18135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3537
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.249	0.2	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	11632
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.198	0.2	7911
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.097	0.2	8971
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	419
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.154	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.317	0.2	87
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.918	1.5	12676
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.137	1.5	4071
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.137	2	16138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.707	3	7293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.51	4.5	5956
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1134	medium positional	0.6	0.5
2	3558	medium positional	0.83	0.5
3	2951	medium positional	0.68	0.5
4	2517	medium positional	0.99	0.5
5	646	medium positional	0.49	0.5
6	803	medium positional	0.62	0.5
1	1134	medium thermal	1.71	4
2	3558	medium thermal	1.38	4
3	2951	medium thermal	1.8	4
4	2517	medium thermal	0.93	4
5	646	medium thermal	1.04	4
6	803	medium thermal	1.15	4

LS精密化シェル

解像度: 2.675→2.745 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.415	223	-
R_work	0.359	4876	-
obs	-	-	85.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.179	0.0276	-0.6644	1.8116	1.1677	2.1018	-0.2296	-0.3088	-0.2393	0.1513	0.0984	-0.1919	0.2304	0.049	0.1312	-0.1335	0.1069	0.0652	0.0878	0.1569	0.0223	56.7981	62.7605	17.6741
2	1.832	1.0513	-0.2783	2.794	-0.5974	1.3842	-0.0607	0.0619	-0.3162	-0.639	-0.0657	0.0263	0.425	0.002	0.1264	-0.1704	0.107	-0.0403	-0.1305	-0.1015	-0.0632	38.3133	-36.5872	2.8223
3	4.1082	2.8955	2.8728	6.6092	0.1555	2.7738	-0.3323	0.2318	-0.0811	0.1096	0.063	-0.6587	-0.1818	-0.6513	0.2693	0.0207	-0.163	0.1835	0.0139	-0.0619	-0.0613	46.118	46.0566	1.8027
4	0.9388	0.4039	-0.3544	2.4068	1.1489	1.6321	0.0911	-0.1755	0.2415	-0.1384	0.0719	-0.5053	0.003	0.5081	-0.1631	-0.3154	0.0151	0.0039	0.0707	-0.1209	0.0757	62.5821	-4.942	11.4367
5	1.4769	0.3443	-0.5343	2.4978	-0.2945	0.7351	0.0911	-0.3701	0.107	0.1137	-0.1657	0.2254	0.0525	0.0201	0.0746	-0.3032	0.037	-0.0323	-0.0046	-0.1481	-0.0803	32.4328	-24.4795	16.1708
6	2.0501	0.3791	-0.785	0.8412	0.9872	1.9634	0.0212	0.4476	0.0127	-0.1189	0.3844	0.0349	-0.2423	-0.0602	-0.4056	0.1748	-0.1717	0.3637	-0.0291	-0.1265	0.1623	21.7171	31.7776	15.174
7	4.0509	0.3448	-1.8373	0.568	0.2258	1.7319	0.2321	-0.6376	0.3619	0.4337	0.0353	0.1628	-0.2886	0.3044	-0.2674	-0.0133	-0.2214	0.0806	0.0282	-0.2271	-0.0601	39.59	16.728	44.6527
8	2.4057	0.7038	-0.4833	6.0221	2.2597	1.4748	-0.0256	0.0961	0.1882	-0.1662	0.1565	-0.2195	-0.0688	-0.0314	-0.1309	0.0934	0.0595	0.3513	-0.1564	0.0546	-0.0541	4.6636	57.3902	39.8927
9	1.2471	-0.719	-0.6846	5.0969	2.1384	1.9514	-0.0535	-0.086	-0.0272	0.4387	0.1196	0.1362	0.2053	0.2038	-0.0662	0.0011	-0.0711	0.1533	-0.013	-0.0282	-0.1928	18.3724	-18.9167	53.9984
10	2.5603	0.8706	2.3266	1.1602	-1.6826	9.1961	-0.1221	0.2801	-0.3045	0.2792	-0.0367	-0.3886	0.1226	0.3307	0.1588	0.1375	-0.0883	0.2883	-0.0096	-0.033	0.2889	44.9279	35.4897	13.5312
11	1.545	0.7553	0.3441	2.473	0.4715	1.5844	0.2302	-0.0768	0.0273	-0.0669	-0.1696	0.1318	-0.1514	0.1821	-0.0606	-0.31	-0.0738	0.0117	-0.0582	-0.2592	-0.0549	44.3891	10.1302	22.1637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	61 - 613
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	61 - 140
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	614 - 639
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	141 - 362
5	X-RAY DIFFRACTION	4	B	594 - 639
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	363 - 593
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	701 - 766
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	826 - 956
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	701 - 766
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	826 - 956
11	X-RAY DIFFRACTION	8	A	957 - 1197
12	X-RAY DIFFRACTION	9	B	957 - 1197
13	X-RAY DIFFRACTION	10	A	767 - 825
14	X-RAY DIFFRACTION	11	B	767 - 825

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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