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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gtj | ||||||
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タイトル | Reduced form of ADAP hSH3-N-domain | ||||||
要素 | FYN-binding protein | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / SH3 / redox | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 anchoring junction / Signal regulatory protein family interactions / Generation of second messenger molecules / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / actin cytoskeleton / T cell receptor signaling pathway / immune response / signaling receptor binding / lipid binding ...anchoring junction / Signal regulatory protein family interactions / Generation of second messenger molecules / protein localization to plasma membrane / integrin-mediated signaling pathway / actin cytoskeleton / T cell receptor signaling pathway / immune response / signaling receptor binding / lipid binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
データ登録者 | Zimmermann, J. / Kuehne, R. / Freund, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Redox-Regulated Conformational Changes in an SH3 Domain 著者: Zimmermann, J. / Kuhne, R. / Sylvester, M. / Freund, C. #1: ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2005 タイトル: NMR assignment of the reduced and oxidized forms of the human ADAP hSH3-1 domain. 著者: Zimmermann, J. / Freund, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gtj.cif.gz | 612 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gtj.ent.gz | 514.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gtj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gtj_validation.pdf.gz | 347.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gtj_full_validation.pdf.gz | 490.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gtj_validation.xml.gz | 34.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gtj_validation.cif.gz | 57.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gtj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/2gtj | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11061.803 Da / 分子数: 1 / 断片: hSH3-N (reduced) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FYB, SLAP130 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: O15117 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1mM hSH3-N, 20 mM sodium phosphate, 150 mM NaCl, pH 7.4 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料状態 | イオン強度: 150 mM / pH: 7.4 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 詳細: structures were calculated with XPLOR-NIH, the final structures were subjected to water refinement with XPLOR-NIH | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |