PDB-2gs5: 1.5 A Crystal Structure of a Conserved Protein of Unknown Functio...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gs5

タイトル

1.5 A Crystal Structure of a Conserved Protein of Unknown Function from Corvnebacterium diphtheriae

要素

Conserved hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / Corvnebacterium diphtheria / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

VC0467-like / VC0467-like / Protein of unknown function UPF0301 / AlgH-like / 3-Layer(aba) Sandwich / cytosol / Alpha Beta / YqgE/AlgH family protein

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Zhang, R. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.5A crystal structure of a conserved hypothetical protein from Corvnebacterium diphtheriae
著者: Zhang, R. / Hatzos, C. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2006年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gs5.cif.gz	56.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gs5.ent.gz	39.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gs5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gs5_validation.pdf.gz	423.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gs5_full_validation.pdf.gz	425.9 KB	表示
XML形式データ	2gs5_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	2gs5_validation.cif.gz	19.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/2gs5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gs/2gs5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4p49-d 2rf6-d 2ql6-16 2qlk-d 1oar-4 3tvl-2 3lf4-d 6hfo-d 1jk1-d 3r2v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC82954

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Conserved hypothetical protein

21.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.735, 74.914, 36.597
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.83, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

This protein existed as monomer

#1: タンパク質	Conserved hypothetical protein 分子量: 21761.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌) 生物種: Corynebacterium diphtheriae / 株: NCTC13129 / 遺伝子: GI:38201165 / プラスミド: PDM68 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q6NEA9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 257 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.19 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.15M DL-malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月27日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→37.5 Å / Num. all: 29183 / Num. obs: 27257 / % possible obs: 93.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 15 Å² / R_merge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 17.78
反射シェル	解像度: 1.5→1.54 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.236 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2135 / % possible all: 62.94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELXE		モデル構築
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.5→37.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 2.445 / SU ML: 0.048 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.083
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21024	1435	5 %	RANDOM
R_work	0.18357	-	-	-
all	0.18493	29183	-	-
obs	0.18493	27257	93.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.785 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.07 Å²	0 Å²	0.33 Å²
2-	-	0.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.038 Å	0.031 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	0.5 Å	0.029 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→37.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1466	0	0	257	1723

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	1503
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.233	1.962	2057
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.866	3	2426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.885	5	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.705	24.308	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.486	15	224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.186	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1695
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	291
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.218	0.2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	752
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	768
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	180
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.132	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.215	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.959	1.5	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.146	1.5	382
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.01	2	1565
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.929	3	592
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.784	4.5	492

LS精密化シェル

解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	74	-
R_work	0.217	1344	-
obs	-	1344	62.94 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 6.468 Å / Origin y: 10.251 Å / Origin z: 18.996 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0362 Å²	-0.0066 Å²	0 Å²	-	-0.0235 Å²	-0.0055 Å²	-	-	-0.0185 Å²
L	0.7374 °²	-0.0518 °²	-0.1479 °²	-	0.5276 °²	-0.2829 °²	-	-	0.9557 °²
S	-0.0122 Å °	0.0267 Å °	-0.0212 Å °	0.0038 Å °	0.0156 Å °	0.0569 Å °	0.0681 Å °	-0.0395 Å °	-0.0034 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 40	1 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	41 - 80	41 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	81 - 120	81 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	121 - 160	121 - 160
5	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	161 - 193	161 - 193

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関連情報:EMDBヘッダ

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