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- PDB-2grv: Crystal Structure of LpqW -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2grv
タイトルCrystal Structure of LpqW
要素LpqW
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / substrate-binding protein scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid biosynthetic process / phospholipid biosynthetic process / phosphatidylinositol metabolic process / :
類似検索 - 分子機能
Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll ...Dipeptide-binding Protein; domain 1 / Dipeptide-binding Protein; Domain 1 / Dipeptide-binding Protein; domain 3 / Dipeptide-binding Protein; Domain 3 / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Roll / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable monoacyl phosphatidylinositol tetramannoside-binding protein LpqW / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Marland, Z. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Hijacking of a Substrate-binding Protein Scaffold for use in Mycobacterial Cell Wall Biosynthesis
著者: Marland, Z. / Beddoe, T. / Zaker-Tabrizi, L. / Lucet, I.S. / Brammananth, R. / Whisstock, J.C. / Wilce, M.C. / Coppel, R.L. / Crellin, P.K. / Rossjohn, J.
履歴
登録2006年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LpqW
B: LpqW
C: LpqW


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,9123
ポリマ－195,9123
非ポリマー00
水9,656536
1
A: LpqW


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3041
ポリマ－65,3041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: LpqW


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3041
ポリマ－65,3041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: LpqW


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3041
ポリマ－65,3041
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)188.572, 312.035, 104.145
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-749-

HOH

21B-667-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
12A
22C
13A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAVALAA25 - 36346 - 384
12ARGLEUAA379 - 466400 - 487
22ARGLEUCC379 - 466400 - 487
13GLNTHRAA516 - 599537 - 620

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 LpqW


分子量: 65304.008 Da / 分子数: 3 / 断片: Ectodomain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
生物種: Mycobacterium smegmatis / 株: MC2155 / 遺伝子: lpqW / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1TT16, UniProt: A0R2I8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20-24% PEG 4000, 8-16% 2-propanol, 0.1M sodium citrate, 10mM DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月30日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.4→158.11 Å / Num. obs: 115857 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10998 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→100 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 13.523 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3473 3 %RANDOM
Rwork0.2159 ---
obs0.21684 112319 96.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.308 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.83 Å20 Å20 Å2
2--3.43 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11479 0 0 536 12015
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02211668
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0371.97116025
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.99951527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.73824.355473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.212151708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7281587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.21897
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029009
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1820.25311
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.28015
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.2673
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.190.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.73637885
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.354512451
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09274287
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.246103574
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
2352tight positional0.040.05
3336tight positional0.030.05
2268loose positional0.45
3269loose positional0.275
2352tight thermal0.10.5
3336tight thermal0.050.5
2268loose thermal1.710
3269loose thermal1.4510
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 226 -
Rwork0.32 7362 -
obs--86.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.97530.24790.04371.3660.22260.8290.104-0.3887-0.456-0.0252-0.1179-0.14420.10270.13690.014-0.1891-0.0298-0.0204-0.12020.2144-0.045535.84151.1868.72
21.83760.12160.03681.78760.18280.60140.0301-0.43220.0543-0.0939-0.0807-0.18-0.09130.08770.0506-0.2125-0.0934-0.0404-0.10150.0471-0.196237.21671.88168.38
32.06070.08280.34491.8120.66651.74150.0932-0.6066-0.4030.1429-0.0437-0.03520.2119-0.028-0.0494-0.1872-0.1061-0.043-0.02280.2079-0.135228.11554.52974.811
42.09660.38210.7261.3640.52832.05920.0838-0.5389-0.04750.3794-0.39540.28050.1435-0.64040.31170.1461-0.09960.1848-0.074-0.10380.0893-19.6-16.19816.341
52.00030.88260.60491.74230.782.9132-0.1192-0.14640.1065-0.0496-0.33020.467-0.0606-0.74130.44940.0009-0.02460.0554-0.0646-0.23060.1989-26.092-17.766-3.41
63.48431.08990.78631.85471.06632.55890.2714-0.4569-0.52710.5472-0.43430.12490.6041-0.74940.16290.2914-0.25830.2116-0.119-0.03530.1641-21.538-26.35314.344
72.63140.23671.09291.07230.36192.2779-0.06250.7301-0.1363-0.1382-0.0156-0.1182-0.24880.38110.0781-0.137-0.00920.0211-0.0026-0.0365-0.26216.01568.0126.262
83.1842-1.04351.37872.2227-1.1533.2730.26140.479-0.9332-0.26240.0096-0.06370.6120.0345-0.271-0.05640.0243-0.0561-0.1523-0.2390.007710.29748.2729.519
94.01661.0471.48031.10670.352.4586-0.13620.41050.0493-0.0852-0.04120.0356-0.37160.02720.1774-0.13870.0619-0.0081-0.1552-0.0673-0.29496.4468.23130.017
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA25 - 27846 - 299
2X-RAY DIFFRACTION1AA279 - 366300 - 387
3X-RAY DIFFRACTION2AA379 - 468400 - 489
4X-RAY DIFFRACTION3AA516 - 566537 - 587
5X-RAY DIFFRACTION3AA567 - 599588 - 620
6X-RAY DIFFRACTION4BB25 - 27846 - 299
7X-RAY DIFFRACTION4BB279 - 362300 - 383
8X-RAY DIFFRACTION5BB379 - 466400 - 487
9X-RAY DIFFRACTION6BB517 - 566538 - 587
10X-RAY DIFFRACTION6BB567 - 599588 - 620
11X-RAY DIFFRACTION7CC25 - 27846 - 299
12X-RAY DIFFRACTION7CC279 - 363300 - 384
13X-RAY DIFFRACTION8CC379 - 466400 - 487
14X-RAY DIFFRACTION9CC516 - 566537 - 587
15X-RAY DIFFRACTION9CC567 - 599588 - 620

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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