PDB-2grv: Crystal Structure of LpqW

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2grv

タイトル

Crystal Structure of LpqW

要素

LpqW

キーワード

BIOSYNTHETIC PROTEIN / substrate-binding protein scaffold

機能・相同性

機能・相同性情報

glycolipid biosynthetic process / phosphatidylinositol metabolic process / phospholipid biosynthetic process / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Marland, Z. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Hijacking of a Substrate-binding Protein Scaffold for use in Mycobacterial Cell Wall Biosynthesis
著者: Marland, Z. / Beddoe, T. / Zaker-Tabrizi, L. / Lucet, I.S. / Brammananth, R. / Whisstock, J.C. / Wilce, M.C. / Coppel, R.L. / Crellin, P.K. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2006年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2grv.cif.gz	303.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2grv.ent.gz	243.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2grv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2grv_validation.pdf.gz	383.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2grv_full_validation.pdf.gz	397.9 KB	表示
XML形式データ	2grv_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	2grv_validation.cif.gz	49 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2grv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2grv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4pkh-2 6lzr-1 1esv-d 6lzq-d 1nmd-d 6lzr-2 4ieb-d 5on1-2 5vg7-1 5l8d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LpqW

B: LpqW

C: LpqW

196 kDa, 3 ポリマー
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1

A: LpqW

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: LpqW

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー
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3

C: LpqW

登録者が定義した集合体
65.3 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	188.572, 312.035, 104.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-749- HOH
2	1	B-667- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
1	2	A
2	2	C
1	3	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 3

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	VAL	VAL	A	A	25 - 363	46 - 384
1	2	ARG	ARG	LEU	LEU	A	A	379 - 466	400 - 487
2	2	ARG	ARG	LEU	LEU	C	C	379 - 466	400 - 487
1	3	GLN	GLN	THR	THR	A	A	516 - 599	537 - 620

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

The biological assembly is a monomer

#1: タンパク質	LpqW 分子量: 65304.008 Da / 分子数: 3 / 断片: Ectodomain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 生物種: Mycobacterium smegmatis / 株: MC2155 / 遺伝子: lpqW / プラスミド: pET28b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q1TT16, UniProt: A0R2I8*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 20-24% PEG 4000, 8-16% 2-propanol, 0.1M sodium citrate, 10mM DTT, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月30日
放射	モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.4→158.11 Å / Num. obs: 115857 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 10998 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
ADSC		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 2.4→100 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 13.523 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	3473	3 %	RANDOM
R_work	0.2159	-	-	-
obs	0.21684	112319	96.61 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.308 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.83 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	3.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→100 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11479	0	0	536	12015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	11668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.037	1.971	16025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.999	5	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.738	24.355	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.212	15	1708
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.728	15	87
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	9009
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	5311
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.298	0.2	8015
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.201	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.19	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.736	3	7885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.354	5	12451
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.092	7	4287
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.246	10	3574

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
2	352	tight positional	0.04	0.05
3	336	tight positional	0.03	0.05
2	268	loose positional	0.4	5
3	269	loose positional	0.27	5
2	352	tight thermal	0.1	0.5
3	336	tight thermal	0.05	0.5
2	268	loose thermal	1.7	10
3	269	loose thermal	1.45	10

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	226	-
R_work	0.32	7362	-
obs	-	-	86.38 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9753	0.2479	0.0437	1.366	0.2226	0.829	0.104	-0.3887	-0.456	-0.0252	-0.1179	-0.1442	0.1027	0.1369	0.014	-0.1891	-0.0298	-0.0204	-0.1202	0.2144	-0.0455	35.841	51.18	68.72
2	1.8376	0.1216	0.0368	1.7876	0.1828	0.6014	0.0301	-0.4322	0.0543	-0.0939	-0.0807	-0.18	-0.0913	0.0877	0.0506	-0.2125	-0.0934	-0.0404	-0.1015	0.0471	-0.1962	37.216	71.881	68.38
3	2.0607	0.0828	0.3449	1.812	0.6665	1.7415	0.0932	-0.6066	-0.403	0.1429	-0.0437	-0.0352	0.2119	-0.028	-0.0494	-0.1872	-0.1061	-0.043	-0.0228	0.2079	-0.1352	28.115	54.529	74.811
4	2.0966	0.3821	0.726	1.364	0.5283	2.0592	0.0838	-0.5389	-0.0475	0.3794	-0.3954	0.2805	0.1435	-0.6404	0.3117	0.1461	-0.0996	0.1848	-0.074	-0.1038	0.0893	-19.6	-16.198	16.341
5	2.0003	0.8826	0.6049	1.7423	0.78	2.9132	-0.1192	-0.1464	0.1065	-0.0496	-0.3302	0.467	-0.0606	-0.7413	0.4494	0.0009	-0.0246	0.0554	-0.0646	-0.2306	0.1989	-26.092	-17.766	-3.41
6	3.4843	1.0899	0.7863	1.8547	1.0663	2.5589	0.2714	-0.4569	-0.5271	0.5472	-0.4343	0.1249	0.6041	-0.7494	0.1629	0.2914	-0.2583	0.2116	-0.119	-0.0353	0.1641	-21.538	-26.353	14.344
7	2.6314	0.2367	1.0929	1.0723	0.3619	2.2779	-0.0625	0.7301	-0.1363	-0.1382	-0.0156	-0.1182	-0.2488	0.3811	0.0781	-0.137	-0.0092	0.0211	-0.0026	-0.0365	-0.262	16.015	68.01	26.262
8	3.1842	-1.0435	1.3787	2.2227	-1.153	3.273	0.2614	0.479	-0.9332	-0.2624	0.0096	-0.0637	0.612	0.0345	-0.271	-0.0564	0.0243	-0.0561	-0.1523	-0.239	0.0077	10.297	48.27	29.519
9	4.0166	1.047	1.4803	1.1067	0.35	2.4586	-0.1362	0.4105	0.0493	-0.0852	-0.0412	0.0356	-0.3716	0.0272	0.1774	-0.1387	0.0619	-0.0081	-0.1552	-0.0673	-0.2949	6.44	68.231	30.017

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	25 - 278	46 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	279 - 366	300 - 387
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	379 - 468	400 - 489
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	516 - 566	537 - 587
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	567 - 599	588 - 620
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	25 - 278	46 - 299
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	279 - 362	300 - 383
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	379 - 466	400 - 487
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	517 - 566	538 - 587
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	567 - 599	588 - 620
11	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	25 - 278	46 - 299
12	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	279 - 363	300 - 384
13	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	379 - 466	400 - 487
14	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	516 - 566	537 - 587
15	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	567 - 599	588 - 620

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