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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2grm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PrgX/iCF10 complex | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / receptor / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #400 / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shi, K. / Kozlowicz, B.K. / Gu, Z.Y. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A. / Dunny, G.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular basis for control of conjugation by bacterial pheromone and inhibitor peptides. 著者: Kozlowicz, B.K. / Shi, K. / Gu, Z.Y. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A. / Dunny, G.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 192 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 156.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 458 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 493.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -x, -y, z+1/2. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37077.516 Da / 分子数: 3 / 変異: Y231C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 790.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.16 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 / 詳細: LiCl, pH 5.6, EVAPORATION, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月1日 |
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→40 Å / Num. all: 24750 / Num. obs: 24503 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 5.1 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.18 Å / % possible all: 95.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.5006 Å2 / ksol: 0.315236 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 100.5 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→39.62 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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