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- PDB-2gr3: Crystal structure of Ferredoxin reductase, BphA4 (oxidized form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gr3
タイトルCrystal structure of Ferredoxin reductase, BphA4 (oxidized form)
要素ferredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Reductase, C-terminal / Reductase C-terminal / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain ...Reductase, C-terminal / Reductase C-terminal / : / FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Enolase-like; domain 1 / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FORMIC ACID / : / Ferredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas sp. KKS102 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Senda, T. / Senda, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A ferredoxin reductase BphA4 uses a butterfly motion of FAD to regulate affinity for ferredoxin
著者: Senda, M. / Kishigami, S. / Kimura, S. / Ishida, T. / Fukuda, M. / Senda, T.
履歴
登録2006年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ferredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1064
ポリマ－43,1821
非ポリマー9243
水5,549308
1
A: ferredoxin reductase
ヘテロ分子

A: ferredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,2128
ポリマ－86,3642
非ポリマー1,8476
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)98.107, 98.107, 170.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細The second part of the biological assembly is generated by (x, x-y, 1/6-z).

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要素

#1: タンパク質 ferredoxin reductase / Ferredoxin reductase BphA4


分子量: 43182.145 Da / 分子数: 1 / 変異: W320F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas sp. KKS102 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: GenBank: 9929802, UniProt: Q52437*PLUS, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 2M Sodium formate, 0.1M Sodium acetate, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月5日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→12 Å / Num. all: 75156 / Num. obs: 75156 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 23.49
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.87 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
XDSデータスケーリング
XTALVIEW精密化
精密化構造決定の手法: Difference Fourier / 解像度: 1.5→11.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.601 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.068 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20628 3751 5 %RANDOM
Rwork0.1902 ---
all0.19101 71253 --
obs0.19101 71253 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.365 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å2-0.36 Å20 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→11.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2953 0 62 308 3323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2831.9964219
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3645407
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.00223.14121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65515457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8141528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.21470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22144
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1150.2267
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6631.52053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06123207
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.83131152
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9294.51011
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.538 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 234 -
Rwork0.263 4434 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5888-0.16840.15370.93380.31720.5079-0.0071-0.04420.00870.06390.0040.01320.038-0.04220.0031-0.00870.00910.0112-0.0457-0.0243-0.055353.684612.166911.9435
21.35990.47850.02150.714-0.28040.865-0.10710.2461-0.1120.01110.073-0.1654-0.05720.19420.034-0.0695-0.03470.01090.0138-0.0592-0.037581.176220.54125.1396
31.7939-0.3755-0.33072.2851.133.0406-0.1186-0.20350.00220.44470.02-0.1270.12830.10140.09860.04870.0195-0.0693-0.0686-0.018-0.069474.576519.633632.7845
40.2474-0.4764-0.15060.93880.26320.1247-0.11680.10270.1287-0.03940.0813-0.01-0.06720.10770.03550.07790.01580.00340.0602-0.0280.036763.24912.9089.3466
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA5 - 1115 - 111
2X-RAY DIFFRACTION1AA238 - 317238 - 317
3X-RAY DIFFRACTION2AA112 - 237112 - 237
4X-RAY DIFFRACTION3AA318 - 406318 - 406
5X-RAY DIFFRACTION4AB14491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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