PDB-2gr2: Crystal structure of Ferredoxin reductase, BphA4 (oxidized form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gr2

タイトル

Crystal structure of Ferredoxin reductase, BphA4 (oxidized form)

要素

ferredoxin reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Flavoprotein

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas sp. KKS102 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Difference Fourier / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Senda, T. / Senda, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A ferredoxin reductase BphA4 uses a butterfly motion of FAD to regulate affinity for ferredoxin
著者: Senda, M. / Kishigami, S. / Kimura, S. / Ishida, T. / Fukuda, M. / Senda, T.

履歴

登録	2006年4月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年5月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gr2.cif.gz	96 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gr2.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gr2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gr2_validation.pdf.gz	982.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gr2_full_validation.pdf.gz	987.5 KB	表示
XML形式データ	2gr2_validation.xml.gz	19.1 KB	表示
CIF形式データ	2gr2_validation.cif.gz	28.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2gr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/2gr2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gr1C 2gr3C 2gqw 2gqy PDB 未公開エントリ 2gqz PDB 未公開エントリ 2gr0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h4v-1 2gr3-1 4h4y-1 4h4u-1 2gqw-1 4h4z-1 2gr0-1 4h4s-1 4h4t-1 4h4p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (3) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: ferredoxin reductase

ヘテロ分子

44.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ferredoxin reductase

ヘテロ分子

A: ferredoxin reductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
89.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.683, 98.683, 172.572
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

詳細

The second part of the biological assembly is generated by (x, x-y, 1/6-z).

#1: タンパク質	ferredoxin reductase / Ferredoxin reductase BphA4 分子量: 43221.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. KKS102 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: GenBank: 9929802, UniProt: Q52437*PLUS, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 2M Sodium formate, 0.1M Sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月4日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 42769 / Num. obs: 42769 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 22
反射シェル	解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 92.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
XTALVIEW		精密化

精密化

構造決定の手法: Difference Fourier / 解像度: 1.85→32.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.946 / SU B: 5.483 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23742	2129	5 %	RANDOM
R_work	0.19898	-	-	-
all	0.20089	40127	-	-
obs	0.20089	40127	97.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.59 Å²	-0.3 Å²	0 Å²
2-	-	-0.59 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→32.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2977	0	89	233	3299

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	3151
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.569	2.009	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.691	5	408
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.913	22.56	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.111	15	466
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.333	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	507
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2391
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	221
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.2	0.2	40
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.275	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.888	1.5	2072
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.298	2	3211
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.272	3	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.53	4.5	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.847→1.895 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.34	140	-
R_work	0.237	2712	-
obs	-	-	90.28 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9084	-0.4267	0.2288	1.4127	0.5442	0.8621	-0.0394	-0.0775	0.0052	0.1022	-0.0268	0.1336	0.0468	-0.0649	0.0662	-0.0929	0.0014	0.0245	-0.1372	-0.0187	-0.0833	53.82	12.177	12.036
2	0.8047	0.2167	-0.13	0.8266	-0.3183	1.0621	-0.0958	0.1452	-0.0422	-0.0048	0.0309	-0.1628	-0.0874	0.2491	0.0649	-0.0851	-0.0518	0.0009	-0.0011	-0.0085	-0.0471	81.347	20.776	4.931
3	2.6097	-0.3953	-0.2414	2.7344	1.8676	4.3452	-0.215	-0.3824	0.1357	0.6029	0.0739	-0.1574	0.228	0.1465	0.1411	0.0678	0.0378	-0.0713	-0.0748	-0.0189	-0.0716	74.919	19.54	32.765
4	2.0771	1.3351	0.7503	1.97	1.6219	1.4391	-0.0374	-0.0974	-0.1283	-0.0179	0.1465	0.019	-0.1139	-0.084	-0.1092	0.1415	0.0121	0.0027	0.0948	-0.0176	0.1573	63.37	12.907	9.452

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	6 - 111	6 - 111
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	238 - 317	238 - 317
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	112 - 237	112 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	318 - 406	318 - 406
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	B	1449	1

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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