PDB-2gqb: Solution Structure of a conserved unknown protein RPA2825 from Rh...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gqb

タイトル

Solution Structure of a conserved unknown protein RPA2825 from Rhodopseudomonas palustris; (Northeast Structural Genomics Consortium Target RpT4; Ontario Centre for Structural Proteomics Target rp2812 )

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein conserved unknown protein / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

Domain of unknown function DUF3597 / Domain of unknown function (DUF3597) / : / DUF3597 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Srisailam, S. / Lukin, J.A. / Yee, A. / Lemak, A. / Arrowsmith, C.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of a conserved unknown protein RPA2825 from Rhodopseudomonas palustris
著者: Srisailam, S. / Lukin, J.A. / Yee, A. / Lemak, A. / Arrowsmith, C.H.

履歴

登録	2006年4月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gqb.cif.gz	737.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gqb.ent.gz	618.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gqb_validation.pdf.gz	339.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gqb_full_validation.pdf.gz	469 KB	表示
XML形式データ	2gqb_validation.xml.gz	38.8 KB	表示
CIF形式データ	2gqb_validation.cif.gz	65.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/2gqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gq/2gqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1wis-d 3pbf-d 6duw-d 3par-d 1joy-d 3pmd-d 3ncw-2 1scv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: RpT4

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

13.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 13447.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 39649746, UniProt: Q6N5Z3*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	2	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	1mM Protein, U-15N,13C; 10mM MOPS; 450mM NaCl; 0.01% NaN3	95% H2O/5% D2O
2	1mM Protein, U-15N,13C; 10mM MOPS; 450mM NaCl; 0.01% NaN3	100% D2O

試料状態

イオン強度: 450 mM NaCl, 10 mM MOPS / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin	1.3	Bruker Inc	collection
NMRPipe	2.3	Delaglio, F. et al	解析
Sparky	3.106	Goddard, T.D. and Kneller, D.G., UCSF	データ解析
CYANA	2.1	Gunter, P.	構造決定
CNS	1.1	Brunger, A.T. et al	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: 2136 NOE distance restraints 44 Hydron bond restraints 141 Angle restraints

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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