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- PDB-2gq2: Mycobacterium tuberculosis ThyX-NADP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gq2
タイトルMycobacterium tuberculosis ThyX-NADP complex
要素Thymidylate synthase thyX
キーワードTRANSFERASE / M.TUBERCULOSIS / THYX / FDTS / TSCP / Flavin dependent Thymidylate synthase / inhibitor design / bivalent drugs
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3180 / Helix Hairpins - #440 / Helix Hairpins - #450 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special ...Alpha-Beta Plaits - #3180 / Helix Hairpins - #440 / Helix Hairpins - #450 / Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile. / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / : / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Flavin-dependent thymidylate synthase / Flavin-dependent thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Turley, S. / Sibley, C.H. / Hol, W.G.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: NADP+ expels both the co-factor and a substrate analog from the Mycobacterium tuberculosis ThyX active site: opportunities for anti-bacterial drug design.
著者: Sampathkumar, P. / Turley, S. / Sibley, C.H. / Hol, W.G.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure of the Mycobacterium tuberculosis Flavin Dependent Thymidylate Synthase (MtbThyX) at 2.0A Resolution
著者: Sampathkumar, P. / Turley, S. / Ulmer, J.E. / Rhie, H.G. / Sibley, C.H. / Hol, W.G.
履歴
登録2006年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase thyX
B: Thymidylate synthase thyX
C: Thymidylate synthase thyX
D: Thymidylate synthase thyX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,70835
ポリマ－115,8804
非ポリマー5,82831
水6,900383
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25120 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area34310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.007, 78.090, 88.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51A
61B
71C
81D
91A
101B
111C
121D
131A
141B
151C
161D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRSERSERAA4 - 484 - 48
21THRTHRSERSERBB4 - 484 - 48
31THRTHRSERSERCC4 - 484 - 48
41THRTHRSERSERDD4 - 484 - 48
52THRTHRTYRTYRAA56 - 10856 - 108
62THRTHRTYRTYRBB54 - 10854 - 108
72THRTHRTYRTYRCC54 - 10854 - 108
82THRTHRTYRTYRDD54 - 10854 - 108
93VALVALALAALAAA116 - 152116 - 152
103VALVALALAALABB116 - 152116 - 152
113VALVALALAALACC116 - 152116 - 152
123VALVALALAALADD116 - 152116 - 152
134LYSLYSSERSERAA165 - 244165 - 244
144LYSLYSSERSERBB165 - 244165 - 244
154LYSLYSSERSERCC165 - 244165 - 244
164LYSLYSSERSERDD165 - 244165 - 244
詳細Biological assembly is a tetramer composed of A, B, C and D chains

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Thymidylate synthase thyX / TS / TSase


分子量: 28969.977 Da / 分子数: 4 / 変異: I65M / L175M double mutant / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RV / 遺伝子: thyX, RV2754C / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS
参照: UniProt: P66930, UniProt: P9WG57*PLUS, thymidylate synthase (FAD)

-
非ポリマー , 6種, 414分子

#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION


分子量: 126.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100mM sodium acetate, 200mM pottasium iodide, 2mM DTT and 13-15% PEG3350, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月18日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 64080 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 23.4 Å2 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 6498 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2AF6

2af6


解像度: 2.1→35.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 5.21 / SU ML: 0.143 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.209
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25464 2809 5 %RANDOM
Rwork0.21185 ---
obs0.21404 53189 96.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.209 Å0.266 Å
Luzzati sigma a-0.143 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6983 0 263 383 7629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0227411
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3991.97510140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8835914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.38822.395309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.737151047
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2881563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025574
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.23445
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.25140
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2440
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1460.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7061.54606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31827376
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.05632837
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3234.52760
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1563 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.380.5
2Bmedium positional0.370.5
3Cmedium positional0.460.5
4Dmedium positional0.380.5
1Amedium thermal0.862
2Bmedium thermal0.792
3Cmedium thermal0.872
4Dmedium thermal0.62
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 224 -
Rwork0.217 3967 -
obs--99.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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