[日本語] English
万見
- PDB-2gpy: Crystal structure of putative O-methyltransferase from Bacillus h... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gpy
タイトルCrystal structure of putative O-methyltransferase from Bacillus halodurans
要素O-methyltransferase
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (uridine) methyltransferase activity / tRNA methylation / S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
tRNA 5-hydroxyuridine methyltransferase / : / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / tRNA 5-hydroxyuridine methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ramagopal, U.A. / Patskovsky, Y.V. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of putative O-methyltransferase from Bacillus halodurans
著者: Ramagopal, U.A. / Patskovsky, Y.V. / Almo, S.C.
履歴
登録2006年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.62021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle ...audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: O-methyltransferase
B: O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,33112
ポリマ－54,7182
非ポリマー61310
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area18770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.567, 62.807, 137.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological unit apperas to be a dimer

-
要素

#1: タンパク質 O-methyltransferase


分子量: 27359.082 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア)
株: C-125 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 10173888, UniProt: Q9KDE1*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.44 %
解説: The crystals were soaked in 4mM ZnCl2 for a day before data collection
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEGMME 2K, 25mM MgCl2, 10% Glycerol, Tris-Bis, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A11.074
シンクロトロンNSLS X9A20.98
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年11月1日
MAR CCD 165 mm2CCD2005年3月20日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0741
20.981
反射解像度: 1.9→34.44 Å / Num. obs: 35229 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.042 / Χ2: 0.779 / Net I/σ(I): 33.68
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 3492 / Rsym value: 0.239 / Χ2: 0.503 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
CBASSデータ収集
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→34.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.48 / SU ML: 0.101 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1762 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
all0.208 35229 --
obs0.206 35151 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.369 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.92 Å20 Å20 Å2
2---1.63 Å20 Å2
3---0.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3071 0 10 179 3260
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0223253
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4931.9764397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4645396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.8523.252163
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.68415604
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7841530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022492
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.21570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.22203
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2200
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2570.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.267
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1230.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0721.52023
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.423139
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97631385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8934.51258
LS精密化 シェル解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 118 -
Rwork0.203 2430 -
obs-2548 98.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4806-0.08220.65763.755-1.24142.50990.06870.1414-0.1309-0.2078-0.098-0.18990.3480.23960.0294-0.15230.02670.011-0.1688-0.0031-0.180540.13115.0518.297
213.2472-2.61995.71288.2335-0.949910.28970.0950.19730.5374-0.27530.0141-0.6125-0.13380.743-0.1092-0.194-0.03910.0701-0.1438-0.0249-0.074545.70132.8746.51
31.37450.0642-0.42095.00620.31952.15240.0325-0.0520.06180.3387-0.01880.2728-0.1351-0.0322-0.0137-0.14740.00250.0169-0.2072-0.0052-0.180432.11247.54523.073
48.31560.13430.31368.38930.11135.1452-0.2856-0.1435-0.57590.59350.22090.33620.4105-0.13430.06470.00490.03320.0444-0.24530.027-0.190634.00430.03928.108
563.145-27.754814.973758.2426-17.350614.6749-0.7687-1.8730.1996-0.3751.12843.6321.3545-1.5289-0.35970.2556-0.1387-0.16840.32530.00710.4126-3.37413.49941.077
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA21 - 16021 - 160
22AA190 - 214190 - 214
33BB21 - 16021 - 160
44BB190 - 215190 - 215
55BB226 - 233226 - 233

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る