ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | CBASS | | データ収集 | HKL-2000 | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 開始モデル: PDB ENTRY 1Z7I, 2DJL 解像度: 1.6→18.9 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 421128.02 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD FUNCTION
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.238 | 289 | 9.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.187 | - | - | - |
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all | 0.195 | - | - | - |
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obs | 0.187 | 2909 | 92.4 % | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.0464 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 25.9 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.31 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.31 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.62 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.22 Å | 0.16 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.12 Å | 0.12 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→18.9 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 162 | 1 | 31 | 194 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.01 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.8 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d30.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d2.09 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.037 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.244 | 44 | 11.7 % |
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Rwork | 0.213 | 333 | - |
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obs | - | 333 | 75 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | protein_rep.paramprotein.topX-RAY DIFFRACTION | 2 | water_rep.paramdna-rna.top | X-RAY DIFFRACTION | 3 | ion.paramwater.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | dna-rna_ums.par | ion.topX-RAY DIFFRACTION | 5 | | ums.top | | | | | | |
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