PDB-2gpv: Estrogen Related Receptor-gamma ligand binding domain complexed w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gpv

タイトル

Estrogen Related Receptor-gamma ligand binding domain complexed with 4-hydroxy-tamoxifen and a SMRT peptide

要素

Estrogen-related receptor gamma
Nuclear receptor corepressor 2

キーワード

TRANSCRIPTION / Estrogen related receptor / ERR / ERRg / ESRRG / Nuclear Receptor / Steroid Receptor / SMRT / Tamoxifen

機能・相同性

機能・相同性情報

AF-2 domain binding / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of cellular ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / Notch binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway ...AF-2 domain binding / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / regulation of cellular ketone metabolic process / nuclear glucocorticoid receptor binding / Notch binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / Notch-HLH transcription pathway / nuclear retinoid X receptor binding / Regulation of MECP2 expression and activity / estrous cycle / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of miRNA transcription / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / : / transcription repressor complex / steroid binding / lactation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cerebellum development / SUMOylation of transcription cofactors / HDACs deacetylate histones / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / PPARA activates gene expression / HCMV Early Events / Nuclear Receptor transcription pathway / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / nuclear receptor activity / histone deacetylase binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / nuclear matrix / transcription corepressor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / response to estradiol / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear body / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Wang, L. / Zuercher, W.J. / Consler, T.G. / Lambert, M.H. / Miller, A.B. / Osband-miller, L.A. / McKee, D.D. / Willson, T.M. / Nolte, R.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: X-ray crystal structures of the estrogen-related receptor-gamma ligand binding domain in three functional states reveal the molecular basis of small molecule regulation.
著者: Wang, L. / Zuercher, W.J. / Consler, T.G. / Lambert, M.H. / Miller, A.B. / Orband-Miller, L.A. / McKee, D.D. / Willson, T.M. / Nolte, R.T.

履歴

登録	2006年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2020年1月22日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details ..._pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details
改定 1.5	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gpv.cif.gz	267.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gpv.ent.gz	218.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gpv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gpv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gpv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gp7SC 2gpoC 2gppC 2gpuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4g0b-d 5kya-d 3ob6-d 3pwv-d 3jq1-d 4kxf-5 6cwz-d 2dbu-d 2y53-d 2fln-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (2) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (4) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (2) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #28 - 2002年4月炭疽毒素 (Anthrax Toxin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#45 - 2003年9月
エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor)
類似性 (2)
#155 - 2012年11月
ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (4)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (2)
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ユビキチン (Ubiquitin)
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#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
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炭疽毒素 (Anthrax Toxin)
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#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Estrogen-related receptor gamma

B: Estrogen-related receptor gamma

C: Estrogen-related receptor gamma

D: Estrogen-related receptor gamma

E: Estrogen-related receptor gamma

F: Estrogen-related receptor gamma

G: Nuclear receptor corepressor 2

H: Nuclear receptor corepressor 2

I: Nuclear receptor corepressor 2

ヘテロ分子

167 kDa, 9 ポリマー
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1

A: Estrogen-related receptor gamma

B: Estrogen-related receptor gamma

D: Estrogen-related receptor gamma

E: Estrogen-related receptor gamma

G: Nuclear receptor corepressor 2

H: Nuclear receptor corepressor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 6 ポリマー
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2

C: Estrogen-related receptor gamma

F: Estrogen-related receptor gamma

I: Nuclear receptor corepressor 2

ヘテロ分子

C: Estrogen-related receptor gamma

F: Estrogen-related receptor gamma

I: Nuclear receptor corepressor 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	200.22, 117.17, 90.47
Angle α, β, γ (deg.)	90, 102.36, 90
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-42- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	A
2	2	B
3	2	C
1	3	G
2	3	H
3	3	I

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	ILE	ILE	A	A	232 - 438	4 - 210
2	1	PRO	PRO	ILE	ILE	B	B	233 - 438	5 - 210
3	1	PRO	PRO	ILE	ILE	C	C	233 - 438	5 - 210
4	1	PRO	PRO	ILE	ILE	D	D	233 - 438	5 - 210
5	1	TYR	TYR	ILE	ILE	E	E	234 - 438	6 - 210
6	1	PRO	PRO	ILE	ILE	F	F	233 - 438	5 - 210
1	2	LYS	LYS	GLU	GLU	A	A	439 - 455	211 - 227
2	2	LYS	LYS	GLU	GLU	B	B	439 - 455	211 - 227
3	2	LYS	LYS	GLU	GLU	C	C	439 - 455	211 - 227
1	3	GLY	GLY	GLY	GLY	G	G	1319 - 1330	4 - 15
2	3	GLY	GLY	GLY	GLY	H	H	1319 - 1330	4 - 15
3	3	GLY	GLY	GLY	GLY	I	I	1319 - 1330	4 - 15

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Estrogen-related receptor gamma / Estrogen receptor-related protein 3 / ERR gamma-2 分子量: 26084.373 Da / 分子数: 6 / 断片: Ligand Binding Domain (residues 229-458) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRG / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62508
#2: タンパク質・ペプチド	Nuclear receptor corepressor 2 / N-CoR2 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRT / SMRTe / Thyroid- ...N-CoR2 / Silencing mediator of retinoic acid and thyroid hormone receptor / SMRT / SMRTe / Thyroid- / retinoic-acid-receptor-associated corepressor / T3 receptor- associating factor / TRAC / CTG repeat protein 26 / SMAP270 / 分子量: 2599.999 Da / 分子数: 3 / 断片: LXXLL Motif (residues 2338-2359) / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 参照: UniProt: Q9Y618, UniProt: Q4RA23*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-OHT / 4-HYDROXYTAMOXIFEN / cis-4-ヒドロキシタモキシフェン分子量: 387.514 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₂₉NO₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 7% PEG3350 0.2M Lithium Acetate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→50 Å / Num. all: 48079 / Num. obs: 43368 / % possible obs: 90.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Χ²: 1.018
反射シェル	解像度: 2.85→2.95 Å / % possible obs: 39.9 % / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.298 / Num. measured obs: 1891 / Χ²: 0.86 / % possible all: 38.21

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MAR345		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2GP7

2gp7

解像度: 2.85→19.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.819 / SU B: 34.341 / SU ML: 0.319 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.279	1359	3.1 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
all	0.221	47597	-	-
obs	0.221	43251	90.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.974 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10545	0	174	61	10780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	10995
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7335
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.164	2.006	14878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.863	3	18121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.155	5	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.385	25.804	460
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.053	15	2066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.966	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.056	0.2	1716
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	12144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2049
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.231	0.2	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	7227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	5449
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	5602
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.027	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.17	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.252	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.335	1.5	7033
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.068	1.5	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.536	2	10833
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.83	3	4638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.297	4.5	4045

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms	タイプ	Weight
1	1	A	1192	0.19	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	2	B	1192	0.19	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	3	C	1192	0.18	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	4	D	1192	0.2	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	5	E	1192	0.2	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	6	F	1192	0.2	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	1	A	1463	0.57	LOOSE POSITIONAL	5
1	2	B	1463	0.59	LOOSE POSITIONAL	5
1	3	C	1463	0.53	LOOSE POSITIONAL	5
1	4	D	1463	0.78	LOOSE POSITIONAL	5
1	5	E	1463	0.55	LOOSE POSITIONAL	5
1	6	F	1463	0.56	LOOSE POSITIONAL	5
1	1	A	1192	0.32	MEDIUM THERMAL	2
1	2	B	1192	0.27	MEDIUM THERMAL	2
1	3	C	1192	0.27	MEDIUM THERMAL	2
1	4	D	1192	0.27	MEDIUM THERMAL	2
1	5	E	1192	0.3	MEDIUM THERMAL	2
1	6	F	1192	0.32	MEDIUM THERMAL	2
1	1	A	1463	0.89	LOOSE THERMAL	10
1	2	B	1463	0.85	LOOSE THERMAL	10
1	3	C	1463	0.88	LOOSE THERMAL	10
1	4	D	1463	0.8	LOOSE THERMAL	10
1	5	E	1463	0.78	LOOSE THERMAL	10
1	6	F	1463	0.93	LOOSE THERMAL	10
2	1	A	94	0.35	MEDIUM POSITIONAL	0.5
2	2	B	94	0.32	MEDIUM POSITIONAL	0.5
2	3	C	94	0.32	MEDIUM POSITIONAL	0.5
2	1	A	130	0.9	LOOSE POSITIONAL	5
2	2	B	130	0.86	LOOSE POSITIONAL	5
2	3	C	130	0.73	LOOSE POSITIONAL	5
2	1	A	94	0.25	MEDIUM THERMAL	2
2	2	B	94	0.2	MEDIUM THERMAL	2
2	3	C	94	0.2	MEDIUM THERMAL	2
2	1	A	130	0.58	LOOSE THERMAL	10
2	2	B	130	0.47	LOOSE THERMAL	10
2	3	C	130	0.49	LOOSE THERMAL	10
3	1	G	63	0.51	MEDIUM POSITIONAL	0.5
3	2	H	63	0.31	MEDIUM POSITIONAL	0.5
3	3	I	63	0.37	MEDIUM POSITIONAL	0.5
3	1	G	66	0.99	LOOSE POSITIONAL	5
3	2	H	66	0.91	LOOSE POSITIONAL	5
3	3	I	66	0.81	LOOSE POSITIONAL	5
3	1	G	63	0.17	MEDIUM THERMAL	2
3	2	H	63	0.25	MEDIUM THERMAL	2
3	3	I	63	0.25	MEDIUM THERMAL	2
3	1	G	66	0.96	LOOSE THERMAL	10
3	2	H	66	0.99	LOOSE THERMAL	10
3	3	I	66	0.6	LOOSE THERMAL	10

LS精密化シェル

解像度: 2.85→2.922 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.444	40	-
R_work	0.299	1272	-
all	-	1312	-
obs	-	-	38.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1299	0.4065	0.0508	2.964	0.9184	4.2817	0.1058	-0.1082	0.0659	0.2227	-0.1272	0.1168	-0.1978	0.0031	0.0214	-0.1491	0.0284	0.0927	-0.2671	0.0261	-0.1417	38.529	0.949	43.962
2	1.6328	-1.061	-1.0771	5.0717	1.2065	3.976	-0.0384	0.145	-0.1079	-0.1703	-0.1446	0.1461	0.4402	0.0324	0.1829	-0.0695	0.0802	0.109	-0.2278	0.0268	-0.123	28.379	-16.923	87.165
3	4.0818	-0.6747	-1.1429	1.7229	0.6444	4.5301	0.0145	-0.1792	-0.0374	0.094	0.052	0.0562	-0.2576	-0.5111	-0.0664	-0.1779	0.0746	-0.0264	-0.1167	0.019	-0.0944	67.056	-17.736	109.052
4	0.8674	-0.1713	0.0314	3.9246	0.7288	3.2174	-0.1523	-0.1122	-0.1366	0.2104	-0.0894	0.5884	0.4333	-0.4552	0.2418	-0.017	-0.0316	0.1386	-0.1321	0.0167	-0.0272	26.162	-20.49	43.048
5	1.9945	-1.0331	0.6678	2.3765	-1.0926	2.5239	0.1367	0.227	0.0078	-0.1592	-0.1193	0.2025	-0.2637	-0.0824	-0.0174	-0.0426	0.062	0.112	-0.2112	-0.0329	-0.1298	20.144	5.705	88.841
6	1.5898	-0.1315	1.1627	0.4282	-0.2303	2.5552	-0.0129	-0.1041	-0.1606	0.0502	0.0025	-0.0591	0.0982	0.3676	0.0104	-0.124	0.0651	0.0722	-0.1149	-0.0111	0.0097	86.417	-29.24	109.651

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	232 - 439	4 - 211
2	1	G	G	1319 - 1330	4 - 15
3	2	B	B	233 - 439	5 - 211
4	2	H	H	1319 - 1330	4 - 15
5	3	C	C	233 - 439	5 - 211
6	3	I	I	1319 - 1330	4 - 15
7	4	D	D	233 - 441	5 - 213
8	4	A	A	440 - 455	212 - 227
9	5	E	E	234 - 441	6 - 213
10	5	C	C	440 - 455	212 - 227
11	6	F	F	233 - 440	5 - 212
12	6	B	B	440 - 455	212 - 227

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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