[日本語] English
万見
- PDB-2gpt: Crystal structure of Arabidopsis Dehydroquinate dehydratase-shiki... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gpt
タイトルCrystal structure of Arabidopsis Dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase in complex with tartrate and shikimate
要素3-dehydroquinate dehydratase/ shikimate 5-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / LYASE / Type I dehydroquinate dehydratase / AroE / shikimate dehydrogenase / Arabidopsis thaliana / shikimate / tartrate / bifunctional enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / embryo development ending in seed dormancy / chorismate biosynthetic process / chloroplast stroma / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process ...shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / embryo development ending in seed dormancy / chorismate biosynthetic process / chloroplast stroma / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / chloroplast / NADP binding
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain ...Shikimate dehydrogenase / Quinate/shikimate 5-dehydrogenase/glutamyl-tRNA reductase / Shikimate / quinate 5-dehydrogenase / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / 3-dehydroquinate dehydratase type I / Type I 3-dehydroquinase / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SKM / L(+)-TARTARIC ACID / Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Singh, S.A. / Christendat, D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Structure of Arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase and implications for metabolic channeling in the shikimate pathway
著者: Singh, S.A. / Christendat, D.
履歴
登録2006年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate dehydratase/ shikimate 5-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,6055
ポリマ－57,0891
非ポリマー5164
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.934, 96.934, 116.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
詳細The biological assembly is a monomer

-
要素

#1: タンパク質 3-dehydroquinate dehydratase/ shikimate 5-dehydrogenase


分子量: 57088.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9SQT8, 3-dehydroquinate dehydratase, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 化合物 ChemComp-SKM / (3R,4S,5R)-3,4,5-TRIHYDROXYCYCLOHEX-1-ENE-1-CARBOXYLIC ACID / SHIKIMATE / シキミ酸


分子量: 174.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H10O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.4 mM Sodium Tartrate tetrahydrate, 0.1 M tri-Sodium Citrate dihydrate pH5.6, 2.8 M Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X8C10.9795
シンクロトロンNSLS X8C21.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.11
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 46428 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 42.9
反射 シェル最高解像度: 1.95 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.537 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CAD4データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→28.46 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 279246.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 1309 3 %RANDOM
Rwork0.232 ---
all0.229 ---
obs0.232 43932 94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.1233 Å2 / ksol: 0.362598 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20.18 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.63 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.27 Å0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3840 0 32 271 4143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.231.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.772
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.582.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 170 2.5 %
Rwork0.292 6535 -
obs--87.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protviv.paramprotviv.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION4shk.paramtarviv.top
X-RAY DIFFRACTION5tarviv.paramshk.top

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る