PDB-2gp7: Estrogen Related Receptor-gamma ligand binding domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gp7

タイトル

Estrogen Related Receptor-gamma ligand binding domain

要素

Estrogen-related receptor gamma

キーワード

TRANSCRIPTION / Estrogen related receptor / ERR / ERRg / ESRRG / Nuclear Receptor / Steroid Receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

AF-2 domain binding / nuclear steroid receptor activity / retinoic acid receptor signaling pathway / estrogen response element binding / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / steroid binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Wang, L. / Zuercher, W.J. / Consler, T.G. / Lambert, M.H. / Miller, A.B. / Osband-miller, L.A. / McKee, D.D. / Willson, T.M. / Nolte, R.T.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: X-ray crystal structures of the estrogen-related receptor-gamma ligand binding domain in three functional states reveal the molecular basis of small molecule regulation.
著者: Wang, L. / Zuercher, W.J. / Consler, T.G. / Lambert, M.H. / Miller, A.B. / Orband-Miller, L.A. / McKee, D.D. / Willson, T.M. / Nolte, R.T.

履歴

登録	2006年4月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年10月24日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gp7.cif.gz	188 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gp7.ent.gz	150.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gp7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gp7_validation.pdf.gz	447.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gp7_full_validation.pdf.gz	454 KB	表示
XML形式データ	2gp7_validation.xml.gz	33.5 KB	表示
CIF形式データ	2gp7_validation.cif.gz	47.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gp7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gp7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gpoC 2gppC 2gpuC 2gpvC 3ertS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2zbs-1 6k3n-1 6i63-1 6knr-d 2zas-1 1vjb-d 2v0m-1 6i62-1 6i66-1 6w80-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #45 - 2003年9月エストロゲン受容体 (Estrogen Receptor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Estrogen-related receptor gamma

B: Estrogen-related receptor gamma

C: Estrogen-related receptor gamma

D: Estrogen-related receptor gamma

ヘテロ分子

104 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Estrogen-related receptor gamma

B: Estrogen-related receptor gamma

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Estrogen-related receptor gamma

D: Estrogen-related receptor gamma

登録者が定義した集合体
52.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.388, 80.369, 211.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 235 - 458 / Label seq-ID: 7 - 230

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	Estrogen-related receptor gamma / Estrogen receptor-related protein 3 / ERR gamma-2 分子量: 26084.373 Da / 分子数: 4 / 断片: Residues 229-458 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRG / プラスミド: pRSET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62508
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 253 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1m Tris pH8.0 15mM CaCl2 30% PEG600 2% PEG35K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 32729 / % possible obs: 84.3 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Χ²: 0.918

反射シェル

解像度 (Å)	% possible obs (%)	R_merge(I) obs	Num. measured obs	Χ²	Diffraction-ID
2.45-2.54	36.8	0.737	1395	0.673	1
2.54-2.64	59.5	0.572	2281	0.642	1
2.64-2.76	76.6	0.476	2918	0.754	1
2.76-2.9	85.8	0.395	3286	0.774	1
2.9-3.09	89.8	0.268	3450	0.797	1
3.09-3.32	95.4	0.172	3670	0.795	1
3.32-3.66	99.1	0.109	3837	0.934	1
3.66-4.19	99.9	0.074	3901	1.042	1
4.19-5.28	100	0.055	3937	1.166	1
5.28-50	97.6	0.033	4054	0.965	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
ADSC		データ収集
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ERT

3ert

解像度: 2.45→48.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / SU B: 20.787 / SU ML: 0.238 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.059 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	1019	3.1 %	RANDOM
R_work	0.207	-	-	-
all	0.209	38693	-	-
obs	0.209	32672	84.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.62 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7086	0	1	253	7340

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	7303
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6835
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.158	1.989	9896
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.781	3	15988
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.351	5	913
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.585	25.981	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.824	15	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.02	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	1162
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	7965
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	1742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.172	0.2	6289
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3594
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	3915
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	259
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.201	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.245	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.211	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.2	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.031	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.528	1.5	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.106	1.5	1818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.864	2	7349
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.942	3	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.508	4.5	2547

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms	タイプ	Weight
1	A	1268	0.04	TIGHT POSITIONAL	0.05
2	B	1268	0.04	TIGHT POSITIONAL	0.05
3	C	1268	0.04	TIGHT POSITIONAL	0.05
4	D	1268	0.03	TIGHT POSITIONAL	0.05
1	A	1996	0.39	MEDIUM POSITIONAL	0.5
2	B	1996	0.31	MEDIUM POSITIONAL	0.5
3	C	1996	0.31	MEDIUM POSITIONAL	0.5
4	D	1996	0.32	MEDIUM POSITIONAL	0.5
1	A	1268	0.06	TIGHT THERMAL	0.5
2	B	1268	0.06	TIGHT THERMAL	0.5
3	C	1268	0.05	TIGHT THERMAL	0.5
4	D	1268	0.05	TIGHT THERMAL	0.5
1	A	1996	0.3	MEDIUM THERMAL	2
2	B	1996	0.28	MEDIUM THERMAL	2
3	C	1996	0.26	MEDIUM THERMAL	2
4	D	1996	0.25	MEDIUM THERMAL	2

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.514 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	32	-
R_work	0.386	934	-
all	-	966	-
obs	-	-	34.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9036	-0.1436	0.209	0.8201	0.1287	0.951	-0.0313	-0.0345	-0.1082	0.051	0.0312	0.1009	0.1785	-0.0508	0.0001	0.0144	-0.0134	0.0226	-0.071	0.0112	0.036	17.862	10.548	7.43
2	0.5776	-0.2247	0.0358	1.0651	-0.5434	1.2042	-0.0673	-0.097	0.0769	0.0017	0.0443	-0.0562	-0.0062	0.1029	0.023	-0.0041	0.0373	-0.0018	-0.0041	-0.0012	-0.0062	30.058	14.049	30.91
3	3.1913	0.2056	-1.4371	0.2331	-0.2471	2.2558	0.1523	-0.2964	0.4225	0.0781	-0.028	-0.1584	-0.1021	0.0567	-0.1244	0.09	0.0024	-0.0158	0.0421	-0.0915	0.1195	-6.261	44.3	46.412
4	1.4538	-0.4949	-0.4848	2.2363	-0.1456	2.7425	0.2899	0.2287	0.5516	-0.2576	0.0192	0.0045	-0.3699	-0.3061	-0.3091	0.2363	0.1194	0.112	0.0588	0.0763	0.2991	-0.888	54.434	22.261

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL / Auth seq-ID: 235 - 458 / Label seq-ID: 7 - 230

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	2	B	B
3	3	C	C
4	4	D	D

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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