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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gp0 | ||||||
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タイトル | HePTP Catalytic Domain (residues 44-339), S225D mutant | ||||||
要素 | Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 7 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / HePTP / Human Hemapoietic Tyrosine Phosphatase Catalytic Domain / PTPN7 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / mitotic spindle / Negative regulation of MAPK pathway / microtubule cytoskeleton / MAPK cascade ...Interleukin-37 signaling / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / cytoplasmic side of plasma membrane / mitotic spindle / Negative regulation of MAPK pathway / microtubule cytoskeleton / MAPK cascade / cell junction / protein kinase binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Page, R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: HePTP Catalytic Domain (residues 44-339), S225D mutant 著者: Page, R. / Mustelin, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2gp0.cif.gz | 80 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2gp0.ent.gz | 58.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2gp0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2gp0_validation.pdf.gz | 448.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2gp0_full_validation.pdf.gz | 450.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2gp0_validation.xml.gz | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2gp0_validation.cif.gz | 24.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gp0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/2gp0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1zc0S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35364.000 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic Domain (residues 65-360) / 変異: S225D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35236, protein-tyrosine-phosphatase |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.91 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: K/Na Phosphate, Ammonium Acetate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年4月1日 |
放射 | モノクロメーター: Osmic / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 33843 / Num. obs: 33843 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.118 / Net I/σ(I): 9.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.12 Å / % possible obs: 82.5 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.456 / Num. unique obs: 2882 / Χ2: 0.958 / % possible all: 82.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB Entry 1ZC0 解像度: 2.05→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.278 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.125 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.403 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.104 Å / Total num. of bins used: 20
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