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- PDB-2gnu: The crystallization of reaction center from Rhodobacter sphaeroid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gnu
タイトルThe crystallization of reaction center from Rhodobacter sphaeroides occurs via a new route
要素(Reaction center protein ...) x 3
キーワードPHOTOSYNTHESIS / Reaction centre / Ubiquinone B
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal ...Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / BACTERIOPHEOPHYTIN A / CARDIOLIPIN / : / UBIQUINONE-10 / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center subunit H
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wadsten, P. / Woehri, A.B. / Snijder, A. / Katona, G. / Gardiner, A.T. / Cogdell, R.J. / Neutze, R. / Engstroem, S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Lipidic sponge phase crystallization of membrane proteins
著者: Wadsten, P. / Woehri, A.B. / Snijder, A. / Katona, G. / Gardiner, A.T. / Cogdell, R.J. / Neutze, R. / Engstroem, S.
履歴
登録2006年4月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Reaction center protein H chain
L: Reaction center protein L chain
M: Reaction center protein M chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,44915
ポリマ－90,5133
非ポリマー8,93612
水2,792155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area31570 Å2
ΔGint-232 kcal/mol
Surface area28590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.422, 100.422, 235.412
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
詳細subunits H, L and M form a heterotrimer which is the biologically arrangement

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要素

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Reaction center protein ... , 3種, 3分子 HLM

#1: タンパク質 Reaction center protein H chain / Photosynthetic reaction center H subunit


分子量: 25423.156 Da / 分子数: 1
断片: Reaction Center Protein H chain, Cytoplasmic domain, residue 11-245
由来タイプ: 天然 / 詳細: lacking carotenoids / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P0C0Y7, UniProt: Q7B302*PLUS
#2: タンパク質 Reaction center protein L chain / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: lacking carotenoids / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P0C0Y8
#3: タンパク質 Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center M subunit


分子量: 33743.766 Da / 分子数: 1 / 断片: Reaction Center Protein M chain, residue 2-301 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: lacking carotenoids / 由来: (天然) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) / 株: R26 / 参照: UniProt: P0C0Y9

-
非ポリマー , 8種, 167分子

#4: 化合物 ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#6: 化合物 ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)


分子量: 863.343 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C59H90O4
#7: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-BPH / BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン


分子量: 889.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H76N4O6
#10: 化合物 ChemComp-CDL / CARDIOLIPIN / DIPHOSPHATIDYL GLYCEROL / BIS-(1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHO)-1',3'-SN-GLYCEROL


分子量: 1464.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C81H156O17P2 / コメント: リン脂質*YM
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: 20% jeffamine M600, 1M HEPES, 0.7M (NH4)2SO4, 2.5% 1,2,3-heptanetriol, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月2日
放射モノクロメーター: DIAMOND C111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→117.851 Å / Num. obs: 61848 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rsym value: 0.117 / Net I/σ(I): 5.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRsym value
2.2-2.321004.90.6410.94364988930.641
2.32-2.4610011.30.4561.69547684490.456
2.46-2.6310011.30.3422.28985179440.342
2.63-2.8410011.30.2213.48386774360.221
2.84-3.1199.911.20.1524.97676168360.152
3.11-3.4899.911.10.1017.16939762400.101
3.48-4.0299.8110.068106082455180.068
4.02-4.9299.610.90.05312.35097546910.053
4.92-6.9699.310.70.05711.23946036900.057
6.96-52.6398.49.60.04611.12063321510.046

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.331 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.734
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å50.78 Å
Translation3 Å50.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1OGV

1ogv


解像度: 2.2→19.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 6.31 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.216 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 3129 5.1 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.202 ---
obs-61641 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.641 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6419 0 471 155 7045
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0227154
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6582.0539833
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1765813
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.40422.688279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.78215957
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4471530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.21007
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025501
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.23536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.24814
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2337
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2120.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.26
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0041.54147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.62726453
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.09134777
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2494.53372
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 260 -
Rwork0.347 4094 -
obs-4354 98.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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