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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2gn1 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of dimeric biodegradative threonine deaminase (TdcB) from Salmonella typhimurium at 2.2A resolution (Triclinic form with one dimer of TdcB in the asymmetric unit) | ||||||
![]() | Threonine dehydratase catabolic | ||||||
![]() | LYASE / TdcB / Biodegradative threonine deaminase / PLP / CMP / Threonine dehydratase / L-threonine metabolism | ||||||
機能・相同性 | ![]() threonine ammonia-lyase / threonine deaminase activity / L-threonine catabolic process to propionate / L-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase activity / threonine catabolic process / L-serine catabolic process / isoleucine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of Salmonella typhimurium biodegradative threonine deaminase and its complex with CMP provide structural insights into ligand-induced oligomerization and enzyme activation. 著者: Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006 タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of biodegradative threonine deaminase (TdcB) from Salmonella typhimurium 著者: Simanshu, D.K. / Chittori, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 105.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 454.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 461 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36887.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: IFO 12529 / 遺伝子: tdcB / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.15 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M citrate buffer pH 6.0, 20% PEG 3350 and 10% 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月24日 / 詳細: Osmic mirror |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 29556 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 12.19 % / Biso Wilson estimate: 31.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 22.18 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.222 / Mean I/σ(I) obs: 4.98 / Num. unique all: 2494 / % possible all: 84.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: BIODEGRADATIVE THREONINE DEAMINASE FROM SALMONELLA TYPHIMURIUM (PDB CODE 1GN0) 解像度: 2.2→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 13.718 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.816 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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