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- PDB-2gn0: Crystal structure of dimeric biodegradative threonine deaminase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gn0
タイトルCrystal structure of dimeric biodegradative threonine deaminase (TdcB) from Salmonella typhimurium at 1.7 A resolution (Triclinic form with one complete subunit built in alternate conformation)
要素Threonine dehydratase catabolic
キーワードLYASE / TdcB / Biodegradative threonine deaminase / PLP / Threonine dehydratase / L-threonine metabolism / Alternate conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


threonine ammonia-lyase / L-threonine catabolic process to propionate / threonine deaminase activity / L-serine ammonia-lyase / L-serine ammonia-lyase activity / L-serine catabolic process / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Threonine dehydratase, catabolic / : / Serine/threonine dehydratase, pyridoxal-phosphate-binding site / Serine/threonine dehydratases pyridoxal-phosphate attachment site. / Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L-threonine dehydratase catabolic TdcB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Crystal structures of Salmonella typhimurium biodegradative threonine deaminase and its complex with CMP provide structural insights into ligand-induced oligomerization and enzyme activation.
著者: Simanshu, D.K. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of biodegradative threonine deaminase (TdcB) from Salmonella typhimurium
著者: Simanshu, D.K. / Chittori, S. / Savithri, H.S. / Murthy, M.R.
履歴
登録2006年4月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Threonine dehydratase catabolic
B: Threonine dehydratase catabolic
C: Threonine dehydratase catabolic
D: Threonine dehydratase catabolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,5946
ポリマ－147,5484
非ポリマー462
水14,052780
1
A: Threonine dehydratase catabolic
B: Threonine dehydratase catabolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7973
ポリマ－73,7742
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2180 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area23300 Å2
手法PISA
2
C: Threonine dehydratase catabolic
D: Threonine dehydratase catabolic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,7973
ポリマ－73,7742
非ポリマー231
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2060 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area23000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.675, 76.827, 78.501
Angle α, β, γ (deg.)66.12, 89.16, 77.08
Int Tables number1
Space group name H-MP1
モデル数2
詳細The biological assembly is a dimer. In this crystal form, asymmetric unit contains four subunits A, B, C and D. AB and CD form two independent biological assembly.

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要素

#1: タンパク質
Threonine dehydratase catabolic / Threonine deaminase


分子量: 36887.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
株: IFO 12529 / 遺伝子: tdcB / プラスミド: pRSET C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P11954, threonine ammonia-lyase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 780 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.19 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M citrate buffer pH 6.0, 20% PEG 3350 and 15% t-butanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年8月30日 / 詳細: Osmic mirror
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. all: 128680 / Num. obs: 128680 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 15.64 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 26.58
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.76 / Num. unique all: 11167 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0009精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Biosynthetic threonine deaminase (1TDJ)

1tdj


解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.769 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22154 5998 5 %RANDOM
Rwork0.18842 ---
obs0.1901 113742 92.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.819 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8 Å20.33 Å20.31 Å2
2---0.64 Å20.01 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9636 0 2 780 10418
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02212264
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0211542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.97916618
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.712326850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.10651638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.14824.696460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.49152145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.5261570
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21974
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0213726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.22247
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.160.210150
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.25485
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0790.25702
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1170.2612
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0780.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1810.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.190.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.0340.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1030.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3671.58008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0921.53373
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.666212882
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.18734313
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.9794.53723
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 389 -
Rwork0.315 7473 -
obs-7473 83.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5021-0.2372-0.36561.970.15910.95980.04060.0051-0.09910.0425-0.07370.08110.0433-0.09350.0331-0.1226-0.0126-0.0256-0.10590.0011-0.143156.2783-0.6124-0.0704
21.1388-0.0743-0.3452.00760.21941.3470.04140.00010.0425-0.1135-0.0495-0.1837-0.06470.0570.0081-0.08650.0120.0015-0.10.0223-0.128355.955734.60763.8479
31.6788-0.4617-0.49541.94980.28121.19890.02840.0443-0.10920.092-0.04940.13540.0217-0.11860.0209-0.1236-0.0085-0.018-0.10830.0035-0.12637.243152.838635.8201
41.08530.1912-0.45841.2175-0.03941.06540.0201-0.0574-0.00120.0296-0.0043-0.0152-0.01980.0403-0.0158-0.1039-0.0134-0.0257-0.08630.024-0.124538.161489.119339.7866
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2B6 - 325
3X-RAY DIFFRACTION3C-2 - 325
4X-RAY DIFFRACTION4D6 - 325

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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