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- PDB-2gmx: Selective Aminopyridine-Based C-Jun N-terminal Kinase inhibitors ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gmx
タイトルSelective Aminopyridine-Based C-Jun N-terminal Kinase inhibitors with cellular activity
要素
  • C-jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
  • Mitogen-activated protein kinase 8
キーワードTRANSCRIPTION / JNK1 / c-jun N-Terminal Kinase / Protein Kinase Jnk1 inhibitors / Aminopyridine-Based c-Jun N-Terminal Kinase Inhibitors
機能・相同性
機能・相同性情報


dentate gyrus mossy fiber / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / JUN kinase activity ...dentate gyrus mossy fiber / JUN phosphorylation / positive regulation of cell killing / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / Interleukin-38 signaling / Activation of BMF and translocation to mitochondria / basal dendrite / Activation of BIM and translocation to mitochondria / positive regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / JUN kinase activity / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / positive regulation of cyclase activity / histone deacetylase regulator activity / NRAGE signals death through JNK / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / protein kinase inhibitor activity / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Fc-epsilon receptor signaling pathway / kinesin binding / regulation of JNK cascade / mitogen-activated protein kinase / regulation of macroautophagy / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / response to mechanical stimulus / response to UV / protein serine/threonine kinase binding / stress-activated MAPK cascade / energy homeostasis / vesicle-mediated transport / JNK cascade / positive regulation of protein metabolic process / cellular response to cadmium ion / cellular response to amino acid starvation / NRIF signals cell death from the nucleus / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / negative regulation of protein binding / peptidyl-threonine phosphorylation / FCERI mediated MAPK activation / positive regulation of JNK cascade / mitochondrial membrane / regulation of circadian rhythm / histone deacetylase binding / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to reactive oxygen species / cellular senescence / rhythmic process / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of protein localization / cellular response to oxidative stress / peptidyl-serine phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / protein phosphatase binding / Oxidative Stress Induced Senescence / response to oxidative stress / positive regulation of apoptotic process / protein phosphorylation / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / neuronal cell body / dendrite / synapse / endoplasmic reticulum membrane / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...JIP1, SH3 domain / : / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, JNK / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Variant SH3 domain / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-877 / Mitogen-activated protein kinase 8 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Abad-Zapatero, C.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2006
タイトル: Aminopyridine-Based c-Jun N-Terminal Kinase Inhibitors with Cellular Activity and Minimal Cross-Kinase Activity.
著者: Szczepankiewicz, B.G. / Kosogof, C. / Nelson, L.T. / Liu, G. / Liu, B. / Zhao, H. / Serby, M.D. / Xin, Z. / Liu, M. / Gum, R.J. / Haasch, D.L. / Wang, S. / Clampit, J.E. / Johnson, E.F. / ...著者: Szczepankiewicz, B.G. / Kosogof, C. / Nelson, L.T. / Liu, G. / Liu, B. / Zhao, H. / Serby, M.D. / Xin, Z. / Liu, M. / Gum, R.J. / Haasch, D.L. / Wang, S. / Clampit, J.E. / Johnson, E.F. / Lubben, T.H. / Stashko, M.A. / Olejniczak, E.T. / Sun, C. / Dorwin, S.A. / Haskins, K. / Abad-Zapatero, C. / Fry, E.H. / Hutchins, C.W. / Sham, H.L. / Rondinone, C.M. / Trevillyan, J.M.
#1: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2006
タイトル: Synthesis and SAR of 1,9-dihydro-9-hydroxypyrazolo[3,4-b]quinolin-4-ones as novel, selective c-Jun N-terminal kinase inhibitors.
著者: Liu, M. / Xin, Z. / Clampit, J.E. / Wang, S. / Gum, R.J. / Haasch, D.L. / Trevillyan, J.M. / Abad-Zapatero, C. / Fry, E.H. / Sham, H.L. / Liu, G.
履歴
登録2006年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE THE NATIVE, UNMUTATED SEQUENCE IS THE SAME AS THE P45983-2 ISOFORM. THE INTRODUCED ...SEQUENCE THE NATIVE, UNMUTATED SEQUENCE IS THE SAME AS THE P45983-2 ISOFORM. THE INTRODUCED MUTATIONS (THR183>GLU, TYR185>GLU) ARE INTENDED TO MIMIC THE ACTIVATED FORM OF THE KINASE UPON PHOSPHORYLATION OF THOSE TWO RESIDUES.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 8
F: C-jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
B: Mitogen-activated protein kinase 8
G: C-jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,78510
ポリマ－88,5304
非ポリマー1,2556
水00
1
A: Mitogen-activated protein kinase 8
F: C-jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8935
ポリマ－44,2652
非ポリマー6273
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17120 Å2
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 8
G: C-jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8935
ポリマ－44,2652
非ポリマー6273
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16950 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6340 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area32490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.786, 150.786, 118.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 8 / Stress-activated protein kinase JNK1 / c-Jun N-terminal kinase 1 / JNK-46


分子量: 42919.559 Da / 分子数: 2 / 変異: T183E,Y185E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8, JNK1, PRKM8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P45983, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド C-jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 / JNK-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Islet-brain-1 / IB-1 / ...JNK-interacting protein 1 / JIP-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Islet-brain-1 / IB-1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1


分子量: 1345.612 Da / 分子数: 2 / Fragment: PepJIP1 peptide / 由来タイプ: 合成
詳細: THE SEQUENCE IS FOUND NATURALLY IN HOMO SAPIENS (HUMAN)
参照: UniProt: Q9UQF2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-877 / N-(4-AMINO-5-CYANO-6-ETHOXYPYRIDIN-2-YL)-2-(4-BROMO-2,5-DIMETHOXYPHENYL)ACETAMIDE


分子量: 435.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19BrN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.02 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: Protein was preincubated with the JIP1 peptide at a 5x molar excess. Protein concentration 9-12.6 mg/mL. Hanging drops consisted of 2uL protein plus 2 uL well solution. Well solution:2.8-3.1 ...詳細: Protein was preincubated with the JIP1 peptide at a 5x molar excess. Protein concentration 9-12.6 mg/mL. Hanging drops consisted of 2uL protein plus 2 uL well solution. Well solution:2.8-3.1 M Ammonium Sulfate, 10-14% glycerol. For Co-crystallization experiment with the compound, the compound was dissolved in DMSO at 100 mM concentration. Allow to incubate for at least an hour on ice. Solution was spun for 5 minutes at 2000g prior to setting up for crystallization, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. all: 19198 / Num. obs: 17550 / % possible obs: 87.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 21.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 21
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 4.62 / Num. unique all: 1942 / Rsym value: 0.385 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNX2002精密化
ADSCデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2g01

2g01


解像度: 3.5→19.91 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 337281.36 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.351 1658 10 %RANDOM
Rwork0.266 ---
all0.278 17547 --
obs0.278 16575 83.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.202359 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 56.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å234.46 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---1.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.64 Å0.51 Å
Luzzati d res low-6 Å
Luzzati sigma a1.09 Å0.78 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5892 0 74 0 5966
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.96
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.438 119 10 %
Rwork0.365 1073 -
obs--60.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1ACCELRYS_CNX_TOPPAR:protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ACCELRYS_CNX_TOPPAR:water_rep.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION3ACCELRYS_CNX_TOPPAR:ion.param877.top
X-RAY DIFFRACTION4877.parso4.par
X-RAY DIFFRACTION5so4.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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