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- PDB-2gm4: An activated, tetrameric gamma-delta resolvase: Hin chimaera boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2gm4
タイトルAn activated, tetrameric gamma-delta resolvase: Hin chimaera bound to cleaved DNA
要素
  • 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*G)-3'
  • Transposon gamma-delta resolvase
キーワードRECOMBINATION / DNA / Gamma delta resolvase / Protein DNA complex / site specific recombination
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA strand exchange activity / DNA integration / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #10 / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #10 / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / : / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Homeodomain-like / Helix non-globular / Special / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transposon gamma-delta resolvase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kamtekar, S. / Ho, R.S. / Li, W. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2006
タイトル: Implications of structures of synaptic tetramers of gamma delta resolvase for the mechanism of recombination.
著者: Kamtekar, S. / Ho, R.S. / Cocco, M.J. / Li, W. / Wenwieser, S.V. / Boocock, M.R. / Grindley, N.D. / Steitz, T.A.
履歴
登録2006年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
Z: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
Y: 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*G)-3'
J: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
I: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
K: 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*G)-3'
A: Transposon gamma-delta resolvase
B: Transposon gamma-delta resolvase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,3898
ポリマ－74,3898
非ポリマー00
水00
1
X: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
Z: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
Y: 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*G)-3'
J: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
I: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
K: 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*G)-3'
A: Transposon gamma-delta resolvase
B: Transposon gamma-delta resolvase

X: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
Z: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
Y: 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*G)-3'
J: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
I: 5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'
K: 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*G)-3'
A: Transposon gamma-delta resolvase
B: Transposon gamma-delta resolvase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,77816
ポリマ－148,77816
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-x+2,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.138, 137.687, 83.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B
14A
24B
15A
25B
16A
26B
17A
27B
18X
28J
19Y
29K
110I
210Z

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1

Component-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALALYSLYS6AG2 - 562 - 56
21ALAALALYSLYS6BH2 - 562 - 56
12GLYGLYGLYGLY6AG58 - 7058 - 70
22GLYGLYGLYGLY6BH58 - 7058 - 70
13ASPASPASPASP6AG72 - 9472 - 94
23ASPASPASPASP6BH72 - 9472 - 94
14ASPASPILEILE2AG95 - 9795 - 97
24ASPASPILEILE2BH95 - 9795 - 97
15ASPASPALAALA6AG98 - 10298 - 102
25ASPASPALAALA6BH98 - 10298 - 102
16METMETLYSLYS6AG103 - 145103 - 145
26METMETLYSLYS6BH103 - 145103 - 145
17ILEILEASNASN6AG146 - 183146 - 183
27ILEILEASNASN6BH146 - 183146 - 183
18DADADTDT6XA3 - 192 - 18
28DADADTDT6JD3 - 192 - 18
19DTDTDCDC6YC23 - 331 - 11
29DTDTDCDC6KF23 - 331 - 11
110DADADADA6IE20 - 2219 - 21
210DADADADA6ZB20 - 2219 - 21

NCSアンサンブル:
ID詳細
1A B
2A B
3A B
4A B
5A B
6A B
7A B
8X J
9Y K
10I Z
詳細The biological assembly is a tetramer assembled using a crystallographic 2 fold axis: -x -y z

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*CP*GP*AP*TP*AP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*A)-3'


分子量: 6445.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*CP*AP*CP*TP*G)-3'


分子量: 3966.597 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 Transposon gamma-delta resolvase / Transposon Tn1000 resolvase


分子量: 20337.457 Da / 分子数: 2
Mutation: R2A, E56K, G96S, S98D, D100S, G101S, E102A, K105R, E124Q
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: tnpR / プラスミド: pET25b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 Star pLysS / 参照: UniProt: P03012
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PROTEIN: DNA stock in 300 mM NaCl, 15 mM Tris-HCl, 0.05-0.15 M Mg Formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12B / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月16日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. all: 16189 / Num. obs: 16189 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.091
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.759 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 1380 / % possible all: 84.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZR4

1zr4


解像度: 3.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 102.08 / SU ML: 0.691 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.606 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.32265 802 5 %RANDOM
Rwork0.28003 ---
all0.28213 15177 --
obs0.28213 15177 96.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 173.333 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.23 Å20 Å20 Å2
2---11.97 Å20 Å2
3---17.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2788 1344 0 0 4132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1572.3596059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5825353
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.14623.281128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.04415571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7061534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.21773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2980.22677
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1730.2130
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2340.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.00221819
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7642816
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.75843255
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.24663243
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
4A12tight positional0.030.05
4A10medium positional0.240.5
1A398loose positional0.525
2A99loose positional0.445
3A183loose positional0.395
5A32loose positional0.445
6A338loose positional0.815
7A298loose positional0.535
8X349loose positional0.515
9Y221loose positional0.345
10I63loose positional0.275
4A12tight thermal0.060.5
4A10medium thermal0.722
1A398loose thermal1.8810
2A99loose thermal5.5910
3A183loose thermal4.2110
5A32loose thermal4.5910
6A338loose thermal3.6310
7A298loose thermal2.3310
8X349loose thermal2.0510
9Y221loose thermal1.5310
10I63loose thermal2.3910
LS精密化 シェル解像度: 3.5→3.588 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.395 55 -
Rwork0.445 947 -
obs--86.23 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
124.9609-2.1664-5.876716.97430.057318.9314-0.62-0.13831.50281.15440.32892.0292-0.1004-0.29090.2912-0.86210.33140.1333-0.99080.026-0.833592.563977.460434.5492
212.6309-3.8572-1.27937.6643-1.65930.77740.76952.4481-1.5772-1.39540.36752.08730.2623-0.7303-1.137-0.38750.1388-0.1244-0.1434-0.0508-0.198190.671168.892412.6625
346.06574.4388-5.209817.97695.966512.56280.21063.8415-0.00360.2791-0.86630.04960.5679-3.36360.65570.20710.175-1.034-0.06830.551.147256.895482.3892-1.4622
414.25622.6218-1.254223.4112-9.707714.79440.34590.78031.1283-1.3454-0.08410.0092-0.95220.0461-0.2618-0.3895-0.1630.1745-0.92060.2684-0.303112.581988.06718.74
55.32893.75943.181418.12177.1054.2450.4987-0.59910.18182.24670.3919-2.52091.22140.6713-0.8905-0.3657-0.1849-0.1829-0.74640.0139-0.081120.965986.161229.7873
615.5856-10.239417.206883.18159.657124.74391.4470.62991.5202-1.1601-1.65161.3547-1.89210.53030.2046-0.7389-0.3892-0.0916-0.5006-0.33850.2027129.9271123.389839.0383
717.6487-13.25210.345910.7-9.200310.4031-0.5803-0.97-1.11830.78272.15422.6891-1.0963-0.8477-1.57390.20970.0518-0.555-0.2210.56270.866269.694885.81446.3144
80.53373.08660.079918.66142.61635.7462-0.061-0.02250.7316-1.07360.16081.9282-0.203-0.2842-0.0998-0.6009-0.3399-0.6234-0.1286-0.24380.8066120.0428112.104933.1474
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AG1 - 1001 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2AG101 - 145101 - 145
3X-RAY DIFFRACTION3AG146 - 183146 - 183
4X-RAY DIFFRACTION4BH2 - 1002 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5BH101 - 145101 - 145
6X-RAY DIFFRACTION6BH146 - 183146 - 183
7X-RAY DIFFRACTION7XA2 - 191 - 18
8X-RAY DIFFRACTION7ZB20 - 2219 - 21
9X-RAY DIFFRACTION7YC23 - 351 - 13
10X-RAY DIFFRACTION8JD3 - 192 - 18
11X-RAY DIFFRACTION8IE20 - 2219 - 21
12X-RAY DIFFRACTION8KF23 - 341 - 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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