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- PDB-2glx: Crystal Structure Analysis of bacterial 1,5-AF Reductase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2glx
タイトルCrystal Structure Analysis of bacterial 1,5-AF Reductase
要素1,5-anhydro-D-fructose reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP(H) dependent reductase / Rossmann-fold / bacterial 1 / 5-anhydro-D-fructose reductase / sugar metabolism / 1 / 5-anhydro-D-fructose / 5-anhydro-D-mannitol
機能・相同性
機能・相同性情報


1,5-anhydro-D-fructose reductase (1,5-anhydro-D-mannitol-forming) / 1,5-anhydro-D-fructose reductase (1,5-anhydro-D-mannitol-forming) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...: / : / GFO/IDH/MocA C-terminal domain / Oxidoreductase family, C-terminal alpha/beta domain / Gfo/Idh/MocA-like oxidoreductase, N-terminal / Oxidoreductase family, NAD-binding Rossmann fold / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-NDP / 1,5-anhydro-D-fructose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Ensifer adhaerens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dambe, T.R. / Scheidig, A.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: Crystal Structure of NADP(H)-Dependent 1,5-Anhydro-d-fructose Reductase from Sinorhizobium morelense at 2.2 A Resolution: Construction of a NADH-Accepting Mutant and Its Application in Rare Sugar Synthesis
著者: Dambe, T.R. / Kuehn, A.M. / Brossette, T. / Giffhorn, F. / Scheidig, A.J.
#1: ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2006
タイトル: Catabolism of 1,5-anhydro-D-fructose in Sinorhizobium morelense S-30.7.5: discovery, characterization, and overexpression of a new 1,5-anhydro-D-fructose reductase and its application ...タイトル: Catabolism of 1,5-anhydro-D-fructose in Sinorhizobium morelense S-30.7.5: discovery, characterization, and overexpression of a new 1,5-anhydro-D-fructose reductase and its application in sugar analysis and rare sugar synthesis
著者: Kuehn, A.M. / Yu, S. / Giffhorn, F.
履歴
登録2006年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
B: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
C: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
D: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
E: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
F: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,67818
ポリマ－209,8516
非ポリマー4,82712
水23,4921304
1
A: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7803
ポリマ－34,9751
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7803
ポリマ－34,9751
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7803
ポリマ－34,9751
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7803
ポリマ－34,9751
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7803
ポリマ－34,9751
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: 1,5-anhydro-D-fructose reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7803
ポリマ－34,9751
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.190, 84.900, 150.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.30, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
1,5-anhydro-D-fructose reductase / 1 / 5-AF-Reductase


分子量: 34975.246 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ensifer adhaerens (バクテリア) / 株: S-30.7.5 / 遺伝子: afr / プラスミド: pET24a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2I8V6, EC: 1.1.1.263
#2: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 100mM NaCitrat, 200mM Ammoniumacetat, 30% MPEG 5000, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06SA10.9788
シンクロトロンESRF ID14-220.933
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2004年4月20日
ADSC QUANTUM 42CCD2004年5月14日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2mirrorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97881
20.9331
反射解像度: 2.2→19 Å / Num. all: 123108 / Num. obs: 123108 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 38.236 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 8.56
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.437 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. measured obs: 52622 / Num. unique all: 15426 / Num. unique obs: 14875 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 0.99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
ProDCデータ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.687 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 6155 5 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.193 123085 --
obs0.193 123085 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.652 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.06 Å20 Å2-2.28 Å2
2--2.47 Å20 Å2
3---0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14736 0 312 1304 16352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02115324
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.96620868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0151986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.40623.611648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.099152334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.08815120
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.22394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211622
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2690.27665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3240.210312
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.230.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2230.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1890.243
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8541.510017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.69215594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.97935898
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.9424.55274
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.322 452 -
Rwork0.26 8581 -
obs-9033 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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