PDB-2gl1: NMR solution structure of Vigna radiata Defensin 2 (VrD2)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gl1

タイトル

NMR solution structure of Vigna radiata Defensin 2 (VrD2)

要素

PDF1

キーワード

PLANT PROTEIN / ANTIMICROBIAL / PLANT DEFENSIN / CYSTEINE-STABILIZED ALFA/BETA MOTIF

機能・相同性

機能・相同性情報

defense response to fungus / killing of cells of another organism
類似検索 - 分子機能

生物種

Vigna radiata (リョクトウ)

手法

溶液NMR / SIMULATED ANNEALING with torsion angle dynamics, subsequent refinement with RECOORD

データ登録者

Lin, K.F. / Lee, T.R. / Tsai, P.H. / Hsu, M.P. / Chen, C.S. / Lyu, P.C.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Structure-based protein engineering for alpha-amylase inhibitory activity of plant defensin.
著者: Lin, K.F. / Lee, T.R. / Tsai, P.H. / Hsu, M.P. / Chen, C.S. / Lyu, P.C.

履歴

登録	2006年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2007年11月19日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gl1.cif.gz	252.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gl1.ent.gz	219.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gl1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2gl1_validation.pdf.gz	330.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2gl1_full_validation.pdf.gz	406.2 KB	表示
XML形式データ	2gl1_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	2gl1_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/2gl1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/2gl1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2l1q-d 1q8h-d 1eit-d 4n7h-d 1mr4-d 1bub-d 1qdf-d 1woe-d 2idh-4 1qdh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PDF1

5.51 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	18 / 100	structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	PDF1 / Defensin 2 分子量: 5514.213 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-47 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Vigna radiata (リョクトウ) / 参照: GenBank: 18146788, UniProt: Q8W434*PLUS

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	DQF-COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: 2mM VrD2, 50mM sodium phosphate NA; 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 50mM sodium phosphate NA; 90% H2O, 10% D2O
試料状態	イオン強度: 50mM sodium phosphate / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 288 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5		解析
Sparky	3.111	T. D. Goddard and D. G. Kneller	データ解析
CNS	1.1	Nilges M, Gronenborn AM, Brunger AT, Clore GM, Stein EG, Rice LM etc.	構造決定
RECOORD		Aart J. Nederveen, Jurgen F. Doreleijers, Wim Vranken, Zachary Miller, Chris A.E.M. Spronk Sander B. Nabuurs, Peter Gu ntert, Miron Livny, John L. Markley, Michael Nilges, Eldon L. Ulrich,Robert Kaptein, and Alexandre M.J.J. Bonvin	精密化

精密化

手法: SIMULATED ANNEALING with torsion angle dynamics, subsequent refinement with RECOORD
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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関連情報:EMDBヘッダ

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