PDB-2gl0: Structure of PAE2307 in complex with adenosine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gl0

タイトル

Structure of PAE2307 in complex with adenosine

要素

conserved hypothetical protein

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / histidine phosphorylation /

putative kinase (キナーゼ) / protein-adenosine complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrobaculum aerophilum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Lott, J.S. / Paget, B. / Johnston, J.M. / Baker, E.N.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: The Structure of an Ancient Conserved Domain Establishes a Structural Basis for Stable Histidine Phosphorylation and Identifies a New Family of Adenosine-specific Kinases.
著者: Lott, J.S. / Paget, B. / Johnston, J.M. / Delbaere, L.T. / Sigrell-Simon, J.A. / Banfield, M.J. / Baker, E.N.

履歴

登録	2006年4月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年6月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gl0.cif.gz	209.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gl0.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gl0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/2gl0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gl/2gl0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1wvqSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2jb7-1 1wvq-1 1vgg-d 2d16-2 2d16-3 7c6z-d 3lt5-1 7c64-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: conserved hypothetical protein

B: conserved hypothetical protein

C: conserved hypothetical protein

D: conserved hypothetical protein

E: conserved hypothetical protein

F: conserved hypothetical protein

ヘテロ分子

114 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.862, 109.825, 112.484
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	conserved hypothetical protein 分子量: 18669.756 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrobaculum aerophilum (古細菌) / 株: IM2 / 遺伝子: PAE2307 / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZVF7, adenosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 21% (w/v) MPEG 5000, 0.2M AMPSO/KOH, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月28日 / 詳細: silicon monochromator
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→112.509 Å / Num. obs: 45062 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.071 / R_sym value: 0.071 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	解像度: 2.25→2.37 Å / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. measured all: 19415 / Num. unique all: 6169 / Num. unique obs: 6169 / R_sym value: 0.238 / % possible all: 94.6

-
位相決定

Phasing MR

R_factor: 0.434 / Cor.coef. F_o:F_c: 0.599

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4 Å	49.35 Å
Translation	4 Å	49.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.701	データ抽出
ADSC		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1WVQ

1wvq

解像度: 2.25→49.33 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 15.497 / SU ML: 0.199 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.357 / ESU R Free: 0.248 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.245	2273	5 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
all	0.174	45951	-	-
obs	-	45058	98.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.323 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7686	0	124	407	8217

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	7960
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.297	1.99	10804
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.215	5	970
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.754	23.86	342
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.896	15	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.246	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.151	0.2	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5872
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.234	0.2	3670
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	5286
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.215	0.2	502
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.313	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.196	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.041	1.5	5089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.601	2	7938
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.816	3	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.115	4.5	2866

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	166	-
R_work	0.213	2942	-
obs	-	3108	93.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6728	0.2772	-0.1331	1.2523	-0.0774	0.9502	-0.0232	-0.3489	0.0524	0.0215	0.0033	-0.1248	0.0687	0.1699	0.0199	0.0814	0.038	-0.0311	0.074	0.0183	0.0287	19.6161	-1.8049	14.4038
2	2.4269	0.0001	-0.0667	0.6027	0.0857	1.5622	-0.0035	0.3015	0.646	-0.0133	0.0392	-0.1	-0.0587	0.1387	-0.0357	0.073	-0.0067	-0.0009	0.0505	0.1298	0.215	14.1184	14.4328	-0.0647
3	2.3155	-0.2559	0.0464	0.6707	-0.3231	1.4239	-0.0459	0.5445	-0.1311	-0.1279	0.0219	-0.0575	0.2135	0.0453	0.0239	0.0687	-0.0095	-0.0009	0.0744	-0.0211	-0.0026	11.3306	-7.1348	-5.834
4	2.6872	-0.3124	-0.2705	0.9552	-0.007	0.6838	-0.0393	0.3328	0.0593	-0.0538	0.0893	0.1301	0.0963	-0.2235	-0.0499	0.0706	-0.0296	-0.0417	0.1124	0.0949	0.0423	-19.2062	-2.0234	3.2928
5	2.4241	-0.0646	-0.1033	0.7456	-0.1921	1.354	-0.013	-0.2524	0.6654	0.0851	0.1256	0.0567	-0.1033	-0.1786	-0.1126	0.061	0.0731	-0.0135	0.0461	-0.0211	0.2174	-13.6199	15.0936	16.7722
6	2.9657	0.2683	0.1969	1.066	0.0513	1.122	-0.0771	-0.6669	-0.1221	0.1236	0.0889	0.1082	0.1158	-0.1098	-0.0118	0.1016	0.0441	0.0082	0.1695	0.0947	0.0329	-10.97	-6.2105	23.8046

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL

ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	A	A	5 - 167	5 - 167
2	2	B	B	5 - 167	5 - 167
3	3	C	C	6 - 167	6 - 167
4	4	D	D	5 - 167	5 - 167
5	5	E	E	5 - 167	5 - 167
6	6	F	F	6 - 167	6 - 167

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関連情報:EMDBヘッダ

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