ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB SCALAデータスケーリング Show MOLREP位相決定 Show REFMAC精密化 Show PDB_EXTRACT1.701 データ抽出 Show ADSCデータ収集 CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB entry 1WVQ解像度 : 2.25→49.33 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.958 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.917 / SU B : 15.497 / SU ML : 0.199 / TLS residual ADP flag : LIKELY RESIDUAL / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.357 / ESU R Free : 0.248 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細 : HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.245 2273 5 % RANDOM Rwork 0.17 - - - all 0.174 45951 - - obs - 45058 98.06 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso mean : 18.323 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.35 Å2 0 Å2 0 Å2 2- - 0.37 Å2 0 Å2 3- - - -0.03 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.25→49.33 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 7686 0 124 407 8217
拘束条件 大きな表を表示 (5 x 17) 大きな表を隠す Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.027 0.022 7960 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg2.297 1.99 10804 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg8.215 5 970 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg38.754 23.86 342 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg18.896 15 1410 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg18.246 15 60 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.151 0.2 1270 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.009 0.02 5872 X-RAY DIFFRACTION r_nbd_refined0.234 0.2 3670 X-RAY DIFFRACTION r_nbtor_refined0.312 0.2 5286 X-RAY DIFFRACTION r_xyhbond_nbd_refined0.215 0.2 502 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_vdw_refined0.313 0.2 26 X-RAY DIFFRACTION r_symmetry_hbond_refined0.196 0.2 6 X-RAY DIFFRACTION r_mcbond_it1.041 1.5 5089 X-RAY DIFFRACTION r_mcangle_it1.601 2 7938 X-RAY DIFFRACTION r_scbond_it2.816 3 3330 X-RAY DIFFRACTION r_scangle_it4.115 4.5 2866
LS精密化 シェル 解像度 : 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.315 166 - Rwork 0.213 2942 - obs - 3108 93.03 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 6) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.6728 0.2772 -0.1331 1.2523 -0.0774 0.9502 -0.0232 -0.3489 0.0524 0.0215 0.0033 -0.1248 0.0687 0.1699 0.0199 0.0814 0.038 -0.0311 0.074 0.0183 0.0287 19.6161 -1.8049 14.4038 2 2.4269 0.0001 -0.0667 0.6027 0.0857 1.5622 -0.0035 0.3015 0.646 -0.0133 0.0392 -0.1 -0.0587 0.1387 -0.0357 0.073 -0.0067 -0.0009 0.0505 0.1298 0.215 14.1184 14.4328 -0.0647 3 2.3155 -0.2559 0.0464 0.6707 -0.3231 1.4239 -0.0459 0.5445 -0.1311 -0.1279 0.0219 -0.0575 0.2135 0.0453 0.0239 0.0687 -0.0095 -0.0009 0.0744 -0.0211 -0.0026 11.3306 -7.1348 -5.834 4 2.6872 -0.3124 -0.2705 0.9552 -0.007 0.6838 -0.0393 0.3328 0.0593 -0.0538 0.0893 0.1301 0.0963 -0.2235 -0.0499 0.0706 -0.0296 -0.0417 0.1124 0.0949 0.0423 -19.2062 -2.0234 3.2928 5 2.4241 -0.0646 -0.1033 0.7456 -0.1921 1.354 -0.013 -0.2524 0.6654 0.0851 0.1256 0.0567 -0.1033 -0.1786 -0.1126 0.061 0.0731 -0.0135 0.0461 -0.0211 0.2174 -13.6199 15.0936 16.7722 6 2.9657 0.2683 0.1969 1.066 0.0513 1.122 -0.0771 -0.6669 -0.1221 0.1236 0.0889 0.1082 0.1158 -0.1098 -0.0118 0.1016 0.0441 0.0082 0.1695 0.0947 0.0329 -10.97 -6.2105 23.8046
精密化 TLSグループ Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Selection : ALL
ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Label asym-ID Auth seq-ID Label seq-ID 1 1 AA5 - 167 5 - 167 2 2 BB5 - 167 5 - 167 3 3 CC6 - 167 6 - 167 4 4 DD5 - 167 5 - 167 5 5 EE5 - 167 5 - 167 6 6 FF6 - 167 6 - 167