PDB-2gkt: Crystal structure of the P14'-Ala32 variant of the N-terminally t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2gkt

タイトル

Crystal structure of the P14'-Ala32 variant of the N-terminally truncated OMTKY3-del(1-5)

要素

Ovomucoid

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / reactive-site loop / alpha-helix / antiparallel beta-sheet

機能・相同性

機能・相同性情報

molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Meleagris gallopavo (シチメンチョウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.23 Å

データ登録者

Lee, T.W. / Qasim, M.A. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Structural Insights into the Non-additivity Effects in the Sequence-to-Reactivity Algorithm for Serine Peptidases and their Inhibitors.
著者: Lee, T.W. / Qasim, M.A. / Laskowski, M. / James, M.N.

履歴

登録	2006年4月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2gkt.cif.gz	31.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2gkt.ent.gz	23.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2gkt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gkt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gk/2gkt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2gkrC 2gkvC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2gkr-d 1ds3-d 2gkv-2 1iy6-d 2vus-18 1be7-d 2kq0-d 6nnb-d 5oh3-3 1iy5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (7)

登録構造単位

I: Ovomucoid

5.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	23.049, 34.692, 25.795
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.30, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit of this protein is a monomer which is completely included in each asymmetric unit.

#1: タンパク質	Ovomucoid 分子量: 5599.314 Da / 分子数: 1 / 断片: turkey ovomucoid third domain del (1-5) / 変異: G32A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES-Na pH 7.5, 10% v/v isopropanol, 20% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.954 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.23→40 Å / Num. obs: 11526 / % possible obs: 97.7 %
反射シェル	解像度: 1.23→1.27 Å / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.23→25.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 1.06 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15067	1131	9.8 %	RANDOM
R_work	0.12971	-	-	-
obs	0.13183	10393	97.56 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.525 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.44 Å²	0 Å²	0.05 Å²
2-	-	0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.23→25.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	393	0	0	64	457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	401
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.011	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.895	1.968	546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.358	3	785
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.176	5	50
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.849	25.294	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.041	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	2.384	15	1
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.138	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.018	0.02	446
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	75
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.174	0.13	69
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.112	0.13	313
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.145	0.1	210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.062	0.1	227
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.076	0.1	65
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.05	0.13	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.162	0.13	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.055	0.1	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.238	2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.912	2	104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.502	3	414
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.682	2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.28	3	132
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.23→1.262 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201	68	-
R_work	0.17	716	-
obs	-	-	91.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 9.138 Å / Origin y: -0.048 Å / Origin z: 3.471 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0212 Å²	0.005 Å²	0.0086 Å²	-	-0.0296 Å²	-0.0039 Å²	-	-	-0.0375 Å²
L	2.1979 °²	0.6432 °²	-0.426 °²	-	1.3634 °²	-0.4622 °²	-	-	1.968 °²
S	-0.0388 Å °	0.0098 Å °	-0.0547 Å °	0.001 Å °	0.0506 Å °	-0.0081 Å °	0.0535 Å °	-0.0577 Å °	-0.0118 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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